PDB-7n7z: Structure of Acetyl-CoA acetyltransferase from Syntrophomonas wolfei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n7z

タイトル

Structure of Acetyl-CoA acetyltransferase from Syntrophomonas wolfei

要素

Acetyl-CoA C-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Acetyl-CoA / Syntroph

機能・相同性

acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like / Acetyl-CoA C-acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Arbing, M.A. / Gunsalus, R.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022
タイトル: Dynamic acylome reveals metabolite driven modifications in Syntrophomonas wolfei.
著者: Fu, J.Y. / Muroski, J.M. / Arbing, M.A. / Salguero, J.A. / Wofford, N.Q. / McInerney, M.J. / Gunsalus, R.P. / Loo, J.A. / Ogorzalek Loo, R.R.

履歴

登録	2021年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n7z.cif.gz	515.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n7z.ent.gz	359.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n7z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7n7z_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n7z_full_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示
XML形式データ	7n7z_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	7n7z_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wysS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c2k-d 6arr-d 6art-d 4o99-d 6arf-d 1qfl-d 1nl7-d 4o9a-d 6aqp-d 5byv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (7) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA C-acetyltransferase

B: Acetyl-CoA C-acetyltransferase

84.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyl-CoA C-acetyltransferase

B: Acetyl-CoA C-acetyltransferase

A: Acetyl-CoA C-acetyltransferase

B: Acetyl-CoA C-acetyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.070, 81.070, 242.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Acetyl-CoA C-acetyltransferase 分子量: 42268.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei (strain DSM 2245B / Goettingen) (バクテリア) 株: DSM 2245B / Goettingen / 遺伝子: Swol_0675 / プラスミド: pMAPLe4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0AZ52, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Acetyl-CoA C-acetyltransferase

分子量: 42268.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei (strain DSM 2245B / Goettingen) (バクテリア)
株: DSM 2245B / Goettingen / 遺伝子: Swol_0675 / プラスミド: pMAPLe4 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0AZ52, acetyl-CoA C-acetyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein buffer: 20 mM Tris pH 8, 150 mM NaCl, 5 mM B-ME. Crystallization buffer: 0.1 M Sodium formate pH 7.0, 12% PEG 3350. Cryo buffer: 23% PEG 3350, 5% PEG 400.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→41.64 Å / Num. obs: 53598 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 33 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1041 / R_pim(I) all: 0.04584 / R_rim(I) all: 0.1141 / Net I/σ(I): 10.47
反射シェル	解像度: 2.02→2.094 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.8022 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 5118 / CC_1/2: 0.511 / CC star: 0.822 / R_pim(I) all: 0.3867 / R_rim(I) all: 0.8933 / % possible all: 96.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Coot		モデル構築
XDS	VERSION OCT 15, 2015	データ削減
XSCALE	VERSION OCT 15, 2015	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WYS

4wys

解像度: 2.02→41.64 Å / SU ML: 0.3131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.765
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2742	5360	10 %
R_work	0.2327	48238	-
obs	0.2369	53598	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→41.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5768	0	0	219	5987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	5843
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4799	7895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0417	921
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0025	1028
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.0883	840

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.05	0.3886	162	0.3534	1462	X-RAY DIFFRACTION	91.24
2.05-2.07	0.4202	172	0.3352	1550	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.07-2.09	0.3986	178	0.3292	1594	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.09-2.12	0.3657	176	0.3139	1590	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.12-2.15	0.3693	175	0.3132	1577	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.15-2.18	0.3372	177	0.3058	1587	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.18-2.21	0.3474	178	0.3018	1600	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.21-2.24	0.3364	176	0.3022	1583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.28	0.3354	173	0.2882	1562	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.28-2.31	0.3264	180	0.2816	1618	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.31-2.35	0.356	175	0.2687	1577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.4	0.3271	179	0.2757	1613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.44	0.326	177	0.2782	1588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.49	0.3641	177	0.2715	1594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.55	0.2962	178	0.2551	1603	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.55-2.61	0.3154	177	0.2662	1596	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.61-2.67	0.3146	177	0.2612	1588	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.67-2.74	0.2938	178	0.2581	1606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.82	0.2978	178	0.2434	1605	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.83-2.92	0.3172	181	0.2401	1623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.02	0.2853	180	0.2463	1617	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.02-3.14	0.2994	178	0.2552	1605	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.14-3.28	0.2939	181	0.2583	1627	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.28-3.46	0.2945	179	0.2252	1614	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.46-3.67	0.254	182	0.2241	1641	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.67-3.96	0.2411	182	0.2069	1640	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.96-4.35	0.2089	185	0.1886	1658	X-RAY DIFFRACTION	99.78
4.36-4.98	0.199	181	0.1759	1631	X-RAY DIFFRACTION	97.58
4.99-6.28	0.2582	187	0.1929	1680	X-RAY DIFFRACTION	98.63
6.28-41.64	0.2156	201	0.1907	1809	X-RAY DIFFRACTION	99.11

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 50.7728525071 Å / Origin y: 79.4941478838 Å / Origin z: 102.708502199 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.272282728895 Å²	-0.012880104467 Å²	-0.051167941378 Å²	-	0.240978290713 Å²	0.0798945712271 Å²	-	-	0.277441096687 Å²
L	0.493947750754 °²	0.189150731597 °²	-0.0924547927921 °²	-	1.32201085248 °²	-0.237576126359 °²	-	-	0.72423314868 °²
S	-0.0272436560345 Å °	0.0807465503042 Å °	0.040706340529 Å °	-0.183617493862 Å °	0.055675443534 Å °	0.0841824024723 Å °	0.0246529347876 Å °	-0.0904038536593 Å °	-0.0284855734642 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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