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Yorodumi- PDB-7n7z: Structure of Acetyl-CoA acetyltransferase from Syntrophomonas wolfei -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n7z | ||||||
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Title | Structure of Acetyl-CoA acetyltransferase from Syntrophomonas wolfei | ||||||
Components | Acetyl-CoA C-acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Acetyl-CoA / Syntroph | ||||||
Function / homology | acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like / Acetyl-CoA C-acetyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.02 Å | ||||||
Authors | Arbing, M.A. / Gunsalus, R.P. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Front Microbiol / Year: 2022 Title: Dynamic acylome reveals metabolite driven modifications in Syntrophomonas wolfei. Authors: Fu, J.Y. / Muroski, J.M. / Arbing, M.A. / Salguero, J.A. / Wofford, N.Q. / McInerney, M.J. / Gunsalus, R.P. / Loo, J.A. / Ogorzalek Loo, R.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7n7z.cif.gz | 515.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7n7z.ent.gz | 359.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7n7z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7n7z_validation.pdf.gz | 434.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7n7z_full_validation.pdf.gz | 439.1 KB | Display | |
Data in XML | 7n7z_validation.xml.gz | 29.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7n7z_validation.cif.gz | 41.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7z | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4wysS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42268.012 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei (strain DSM 2245B / Goettingen) (bacteria) Strain: DSM 2245B / Goettingen / Gene: Swol_0675 / Plasmid: pMAPLe4 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q0AZ52, acetyl-CoA C-acetyltransferase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: Protein buffer: 20 mM Tris pH 8, 150 mM NaCl, 5 mM B-ME. Crystallization buffer: 0.1 M Sodium formate pH 7.0, 12% PEG 3350. Cryo buffer: 23% PEG 3350, 5% PEG 400. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.02→41.64 Å / Num. obs: 53598 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1041 / Rpim(I) all: 0.04584 / Rrim(I) all: 0.1141 / Net I/σ(I): 10.47 |
Reflection shell | Resolution: 2.02→2.094 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.8022 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 5118 / CC1/2: 0.511 / CC star: 0.822 / Rpim(I) all: 0.3867 / Rrim(I) all: 0.8933 / % possible all: 96.93 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4WYS Resolution: 2.02→41.64 Å / SU ML: 0.3131 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.765 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.02→41.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 50.7728525071 Å / Origin y: 79.4941478838 Å / Origin z: 102.708502199 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |