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- PDB-7n4d: Translation initiation factor eif-5a family protein from Naegleri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n4d
タイトルTranslation initiation factor eif-5a family protein from Naegleria fowleri ATCC 30863
要素Eukaryotic translation initiation factor 5A
キーワードGENE REGULATION / SSGCID / eif5a / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / translation elongation factor activity / ribosome binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / : / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Translation initiation factor eif-5a family protein from Naegleria fowleri ATCC 30863
著者: Sroge, C.D. / Davies, D.R. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.
履歴
登録2021年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 5A
B: Eukaryotic translation initiation factor 5A
C: Eukaryotic translation initiation factor 5A
D: Eukaryotic translation initiation factor 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9224
ポリマ－68,9224
非ポリマー00
水99155
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2301
ポリマ－17,2301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2301
ポリマ－17,2301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Eukaryotic translation initiation factor 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2301
ポリマ－17,2301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Eukaryotic translation initiation factor 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2301
ポリマ－17,2301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.570, 58.940, 102.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 16 through 27 or (resid 28...
21(chain B and (resid 16 through 26 or (resid 27...
31(chain C and (resid 16 through 27 or (resid 28...
41(chain D and (resid 16 through 26 or (resid 27...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 16 through 27 or (resid 28...A16 - 27
121(chain A and (resid 16 through 27 or (resid 28...A28
131(chain A and (resid 16 through 27 or (resid 28...A16 - 157
141(chain A and (resid 16 through 27 or (resid 28...A16 - 157
151(chain A and (resid 16 through 27 or (resid 28...A16 - 157
161(chain A and (resid 16 through 27 or (resid 28...A16 - 157
211(chain B and (resid 16 through 26 or (resid 27...B16 - 26
221(chain B and (resid 16 through 26 or (resid 27...B27 - 28
231(chain B and (resid 16 through 26 or (resid 27...B16 - 157
241(chain B and (resid 16 through 26 or (resid 27...B16 - 157
251(chain B and (resid 16 through 26 or (resid 27...B16 - 157
261(chain B and (resid 16 through 26 or (resid 27...B0
271(chain B and (resid 16 through 26 or (resid 27...B16 - 157
281(chain B and (resid 16 through 26 or (resid 27...B16 - 157
291(chain B and (resid 16 through 26 or (resid 27...B16 - 157
2101(chain B and (resid 16 through 26 or (resid 27...B16 - 157
311(chain C and (resid 16 through 27 or (resid 28...C16 - 27
321(chain C and (resid 16 through 27 or (resid 28...C28
331(chain C and (resid 16 through 27 or (resid 28...C16 - 157
341(chain C and (resid 16 through 27 or (resid 28...C16 - 157
351(chain C and (resid 16 through 27 or (resid 28...C16 - 157
361(chain C and (resid 16 through 27 or (resid 28...C16 - 157
411(chain D and (resid 16 through 26 or (resid 27...D16 - 26
421(chain D and (resid 16 through 26 or (resid 27...D27 - 28
431(chain D and (resid 16 through 26 or (resid 27...D16 - 157
441(chain D and (resid 16 through 26 or (resid 27...D16 - 157
451(chain D and (resid 16 through 26 or (resid 27...D16 - 157
461(chain D and (resid 16 through 26 or (resid 27...D16 - 157

-
要素

#1: タンパク質
Eukaryotic translation initiation factor 5A / eIF-5A


分子量: 17230.420 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
遺伝子: FDP41_013076 / プラスミド: NafoA.20237.a.D11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A6A5BRA8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Rigaku JCSG+ screen, D12:0.04M KPO4, 16% w/v PEG 8 000, 20% glycerol: NafoA.20237.a.D11.PD38375 NafoA.01541.a.B2.PW38668 (4:1) at 13.91 mg/ml + 4mM GC7,deoxyhypusine synthase inhibitor + 4mM ...詳細: Rigaku JCSG+ screen, D12:0.04M KPO4, 16% w/v PEG 8 000, 20% glycerol: NafoA.20237.a.D11.PD38375 NafoA.01541.a.B2.PW38668 (4:1) at 13.91 mg/ml + 4mM GC7,deoxyhypusine synthase inhibitor + 4mM NAD: cryo: direct: tray 320284d12, puck pvq5-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月25日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→31.36 Å / Num. obs: 24974 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.64 % / Biso Wilson estimate: 42.97 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.925 / Net I/σ(I): 11.39 / Num. measured all: 65938 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.45-2.512.6450.5272.114914186818580.7920.65799.5
2.51-2.582.6550.5152.174792181518050.7530.64399.4
2.58-2.662.6290.4422.644590176117460.8090.55499.1
2.66-2.742.6630.3453.264615174617330.8740.4399.3
2.74-2.832.6430.2564.154321164716350.9190.3299.3
2.83-2.932.6390.1985.214241162016070.9520.24899.2
2.93-3.042.6630.1596.574135156515530.9650.19999.2
3.04-3.162.6550.1268.183908148514720.980.15799.1
3.16-3.32.6420.09810.143775145614290.9870.12398.1
3.3-3.462.6390.07212.923573137213540.9920.0998.7
3.46-3.652.6450.06115.563402131212860.9930.07698
3.65-3.872.6330.04818.193215124312210.9960.05998.2
3.87-4.142.6360.04220.223026117611480.9970.05297.6
4.14-4.472.6350.03523.552798109710620.9980.04496.8
4.47-4.92.5930.03125.39252010089720.9980.03996.4
4.9-5.482.6410.03225.0623279148810.9980.03996.4
5.48-6.332.6680.03523.4720768167780.9970.04495.3
6.33-7.752.650.02925.5417256806510.9980.03695.7
7.75-10.962.5840.02531.2913365465170.9980.03294.7
10.96-31.362.440.02333.146493162660.9980.02984.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 5dlq as per Morda

5dlq


解像度: 2.45→31.36 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2939 2021 8.1 %
Rwork0.2339 22942 -
obs0.2387 24963 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.67 Å2 / Biso mean: 58.9055 Å2 / Biso min: 32.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→31.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4129 0 0 55 4184
Biso mean---52.83 -
残基数----551
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2409X-RAY DIFFRACTION10.286TORSIONAL
12B2409X-RAY DIFFRACTION10.286TORSIONAL
13C2409X-RAY DIFFRACTION10.286TORSIONAL
14D2409X-RAY DIFFRACTION10.286TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.510.38041480.32441641178999
2.51-2.580.36071330.32371657179099
2.58-2.650.40231540.31071620177499
2.66-2.740.29681480.29761663181199
2.74-2.840.35681540.28841603175799
2.84-2.950.34541650.29611639180499
2.95-3.090.33751760.25581610178699
3.09-3.250.33051150.25581673178899
3.25-3.450.31791060.25091694180098
3.45-3.720.28481670.21881602176998
3.72-4.090.23541540.21191626178097
4.09-4.680.25151520.19111606175897
4.68-5.890.2771350.19631642177796
5.89-31.360.26961140.20651666178094
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.24490.27853.92783.8541-0.74095.7208-0.0148-0.1892-0.275-0.15090.16940.1877-0.14690.1694-0.07630.42520.1257-0.01950.53380.12650.3881-9.58032.257734.6575
23.41360.78444.11442.1290.98175.06920.0662-0.8444-0.28820.06890.3220.5832-0.2365-0.4066-0.22810.35660.03330.04860.86160.16390.6691-20.84820.795936.7389
32.644-1.5851.51412.1366-0.15841.1517-0.0566-1.0589-0.10110.34370.27860.5037-0.0651-0.05240.01310.32440.06650.00640.88970.20740.5031-12.04573.623639.7633
44.5827-0.59261.01712.2135-0.25632.1882-0.179-0.1136-0.01090.3818-0.1209-0.08630.0030.16910.00520.3047-0.0667-0.07720.6198-0.05680.313215.7888-1.441546.6399
54.0048-0.95860.26971.83140.52361.2325-0.006-0.46820.43950.43560.0692-0.2985-0.3213-0.18780.03410.4040.0124-0.06080.4752-0.00620.373812.5075-0.355351.4907
65.2485-1.47562.09184.35210.97022.7184-0.2114-0.66280.17050.20940.54270.23610.5403-0.5645-0.05420.19460.00370.02660.5760.09570.367211.1204-4.28146.9568
76.1584-2.55190.61286.2465-1.83062.75510.1932-0.47940.0521-0.0974-0.2730.03290.4143-0.37790.02340.3699-0.0252-0.0170.66610.09360.17387.9553-3.973847.9642
89.20251.2207-5.42862.17390.03636.35470.08161.26290.777-0.21940.0151-0.1578-0.14840.0315-0.15620.37260.01960.06380.72650.21520.5608-39.409215.300212.5208
93.61340.72260.89232.94820.26315.2818-0.14190.4573-0.3598-0.25320.3277-0.1204-0.2870.0593-0.10760.3672-0.00330.09220.7483-0.04440.3918-13.067220.09231.5267
106.6434-6.07415.48675.4823-4.60945.74880.6527-0.0858-0.6259-0.62010.05020.63260.4177-0.5533-0.6390.59660.0623-0.03560.61090.13930.478718.9981-27.082137.449
111.9847-0.19790.55655.4446-1.10454.42520.19380.45650.1435-0.7918-0.4315-0.25270.287-0.07650.30010.33580.06080.06570.59140.04840.307212.4636-3.836125.3207
124.95440.0689-1.55027.1581-0.57273.7682-1.23471.17280.3296-1.17760.61280.1035-0.0234-0.01220.17730.8374-0.3528-0.06191.12620.35680.7559-5.8908-17.53335.6878
138.29871.8655-2.00814.7622-1.13164.6730.01080.36011.3773-0.52480.56010.6281-0.3656-0.10420.13640.4598-0.11220.0491.01730.32550.8149-7.019-15.552514.0322
143.24692.5202-1.01293.6482-1.10383.9951-0.00050.49010.9871.37690.21841.43980.02010.02850.06980.5398-0.19830.11260.69160.12460.6882-7.2281-14.029318.9796
154.03442.5533-1.80124.4232-0.17911.1157-0.0228-0.01850.5613-0.79930.4279-0.1372-0.8713-0.153-0.08420.7056-0.1634-0.10731.06260.34440.5796-3.4279-12.416111.9936
163.88780.64340.27847.201-1.94322.6545-0.0073-0.3678-0.19830.2460.119-0.0248-0.045-0.30520.01010.30360.017-0.07250.71130.04440.2887-12.1841-41.154822.9186
173.1180.6163-0.40826.49410.95851.58230.2162-0.0305-0.06240.16980.1426-0.6526-0.36110.1126-0.0140.3538-0.00470.04250.59490.01860.3526-8.5334-39.820421.9886
182.79881.94530.60472.90010.13310.91970.1908-0.7272-0.44461.7474-0.1165-0.4286-0.1337-0.1353-0.02470.6337-0.06260.00530.69860.00940.3295-14.8811-36.430234.1288
194.46871.2374-0.21394.1766-1.52852.59640.03490.3560.64850.08680.40980.5389-0.57560.0188-0.00510.3705-0.0501-0.01170.54810.04580.27-14.2623-35.568521.5984
207.011.6102-1.81566.9176-0.96933.76370.4345-0.72420.2088-0.0629-0.34940.3638-0.32550.42930.04940.35850.0432-0.02460.70720.12510.3572-14.638-33.146223.8501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 36 )A16 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 55 )A37 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 85 )A56 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 103 )A86 - 103
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 104 through 134 )A104 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 135 through 148 )A135 - 148
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 149 through 157 )A149 - 157
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 16 through 85 )B16 - 85
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 86 through 157 )B86 - 157
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 16 through 85 )C16 - 85
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 86 through 157 )C86 - 157
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 16 through 25 )D16 - 25
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 26 through 36 )D26 - 36
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 37 through 68 )D37 - 68
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 69 through 85 )D69 - 85
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 86 through 103 )D86 - 103
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 104 through 119 )D104 - 119
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 120 through 135 )D120 - 135
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 136 through 148 )D136 - 148
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 149 through 157 )D149 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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