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- PDB-7n3u: Crystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with ZN-c3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n3u
タイトルCrystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with ZN-c3
要素Wee1-like protein kinase
キーワードTRANSFERASE / phosphotransferase / protein kinase-like / alpha and beta proteins (a+b) / cell division
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry ...negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / neuron projection morphogenesis / positive regulation of DNA replication / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / microtubule cytoskeleton organization / G2/M transition of mitotic cell cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein tyrosine kinase activity / phosphorylation / cell division / nucleolus / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Wee1-like protein kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-05J / Wee1-like protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lee, C.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of ZN-c3, a Highly Potent and Selective Wee1 Inhibitor Undergoing Evaluation in Clinical Trials for the Treatment of Cancer.
著者: Huang, P.Q. / Boren, B.C. / Hegde, S.G. / Liu, H. / Unni, A.K. / Abraham, S. / Hopkins, C.D. / Paliwal, S. / Samatar, A.A. / Li, J. / Bunker, K.D.
履歴
登録2021年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02022年4月13日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Wee1-like protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6952
ポリマ－32,1691
非ポリマー5271
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.920, 50.510, 119.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Wee1-like protein kinase / WEE1hu / Wee1A kinase


分子量: 32168.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WEE1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus
参照: UniProt: P30291, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-05J / 1-[(7R)-7-ethyl-7-hydroxy-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[b]pyridin-2-yl]-6-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)anilino]-2-(prop-2-en-1-yl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one


分子量: 526.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H34N8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12723 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→46.57 Å / Num. obs: 8565 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.65-2.7810.80.7831188510980.930.2470.8222.799.7
8.79-46.538.80.0425182870.9980.0130.04243.899.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V5Y

5v5y


解像度: 2.65→46.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 39.736 / SU ML: 0.396 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2668 430 5 %RANDOM
Rwork0.2169 ---
obs0.2196 8095 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.18 Å2 / Biso mean: 71.916 Å2 / Biso min: 45.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å2-0 Å2-0 Å2
2---6.69 Å20 Å2
3---8.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→46.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2079 0 39 29 2147
Biso mean--57.98 64.19 -
残基数----261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0132167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.6662930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1261.5964684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0765259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.93821.441118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.30415378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7791517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02466
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 36 -
Rwork0.369 580 -
all-616 -
obs--99.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63640.17150.73315.92473.71083.03070.24770.18530.0067-0.1412-0.3558-0.25010.1963-0.14840.10810.1531-0.00570.16230.213-0.24190.592220.2339-17.6821-22.5563
20.52131.2548-0.77513.279-1.68291.64980.1434-0.0313-0.28310.4911-0.2646-0.7809-0.19780.12270.12110.2587-0.07380.03610.25930.01310.44324.6852-12.3186-21.5655
30.6563-0.6942-1.84921.0261.28458.4086-0.0283-0.01030.11790.04750.0848-0.28280.11920.3698-0.05640.1072-0.0414-0.01120.2548-0.0220.211826.73181.165-16.0557
41.267-1.0471-0.31574.18630.54140.10240.18450.3542-0.24530.3714-0.23310.0988-0.0041-0.08220.04860.2268-0.02950.03820.2208-0.11120.139912.0691-8.9284-16.5905
55.4782-0.11291.86344.15890.91960.85850.10070.137-0.22490.6103-0.0169-0.09470.20370.0271-0.08370.346-0.07230.07520.1433-0.03220.046211.93760.8118-9.9469
61.9275-1.1408-0.2133.1784-0.10970.052-0.02040.38820.16840.09970.0204-0.1631-0.007-0.1037-0.00010.2469-0.05330.0280.3455-0.03850.04487.254312.4884-18.0611
74.23092.2195-0.09126.1715-0.49270.0415-0.16490.39660.55251.4730.22950.9284-0.1352-0.0093-0.06460.4947-0.02010.18410.1758-0.04930.2305-0.298211.0507-7.3418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A293 - 318
2X-RAY DIFFRACTION2A319 - 337
3X-RAY DIFFRACTION3A338 - 353
4X-RAY DIFFRACTION4A354 - 399
5X-RAY DIFFRACTION5A400 - 479
6X-RAY DIFFRACTION6A480 - 528
7X-RAY DIFFRACTION7A529 - 570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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