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- PDB-7n3t: TrkA ECD complex with designed miniprotein ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n3t
タイトルTrkA ECD complex with designed miniprotein ligand
要素
  • Designed TrkA-binding miniprotein
  • High affinity nerve growth factor receptor
キーワードDE NOVO PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotrophin p75 receptor binding / behavioral response to formalin induced pain / olfactory nerve development / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / programmed cell death involved in cell development / response to hydrostatic pressure / neurotrophin receptor activity / mechanoreceptor differentiation ...neurotrophin p75 receptor binding / behavioral response to formalin induced pain / olfactory nerve development / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / programmed cell death involved in cell development / response to hydrostatic pressure / neurotrophin receptor activity / mechanoreceptor differentiation / nerve growth factor receptor activity / neurotrophin binding / GPI-linked ephrin receptor activity / axonogenesis involved in innervation / nerve growth factor signaling pathway / nerve growth factor binding / Sertoli cell development / Retrograde neurotrophin signalling / sympathetic nervous system development / NGF-independant TRKA activation / Signalling to p38 via RIT and RIN / ARMS-mediated activation / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of synapse assembly / PI3K/AKT activation / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / Frs2-mediated activation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of GTPase activity / response to electrical stimulus / Signalling to RAS / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron development / response to axon injury / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / B cell differentiation / response to nutrient levels / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / circadian rhythm / cellular response to nerve growth factor stimulus / cellular response to nicotine / kinase binding / recycling endosome membrane / positive regulation of angiogenesis / neuron projection development / late endosome membrane / late endosome / protein autophosphorylation / neuron apoptotic process / protein tyrosine kinase activity / early endosome membrane / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / learning or memory / early endosome / endosome membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to xenobiotic stimulus / axon / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
High affinity nerve growth factor receptor NTRK1 / Tyrosine kinase receptor A, transmembrane domain / Tyrosine kinase receptor A trans-membrane domain / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor ...High affinity nerve growth factor receptor NTRK1 / Tyrosine kinase receptor A, transmembrane domain / Tyrosine kinase receptor A trans-membrane domain / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / : / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
High affinity nerve growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Jude, K.M. / Cao, L. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Design of protein-binding proteins from the target structure alone.
著者: Cao, L. / Coventry, B. / Goreshnik, I. / Huang, B. / Sheffler, W. / Park, J.S. / Jude, K.M. / Markovic, I. / Kadam, R.U. / Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Walsh, S.T.R. / Bennett, N. / ...著者: Cao, L. / Coventry, B. / Goreshnik, I. / Huang, B. / Sheffler, W. / Park, J.S. / Jude, K.M. / Markovic, I. / Kadam, R.U. / Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Walsh, S.T.R. / Bennett, N. / Phal, A. / Yang, A. / Kozodoy, L. / DeWitt, M. / Picton, L. / Miller, L. / Strauch, E.M. / DeBouver, N.D. / Pires, A. / Bera, A.K. / Halabiya, S. / Hammerson, B. / Yang, W. / Bernard, S. / Stewart, L. / Wilson, I.A. / Ruohola-Baker, H. / Schlessinger, J. / Lee, S. / Savvides, S.N. / Garcia, K.C. / Baker, D.
履歴
登録2021年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High affinity nerve growth factor receptor
B: High affinity nerve growth factor receptor
C: Designed TrkA-binding miniprotein
D: Designed TrkA-binding miniprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,40439
ポリマ－97,7774
非ポリマー5,62735
水4,684260
1
A: High affinity nerve growth factor receptor
C: Designed TrkA-binding miniprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,59319
ポリマ－48,8882
非ポリマー2,70417
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: High affinity nerve growth factor receptor
D: Designed TrkA-binding miniprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,81120
ポリマ－48,8882
非ポリマー2,92318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.203, 205.695, 72.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.422, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 35 through 49 or resid 51...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 35 through 49 or resid 51...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 1 through 22 or resid 24 through 59))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 22 or resid 24 through 59))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERARGA1 - 15
d_12ens_1THRPROA17 - 167
d_13ens_1SERPROA170 - 348
d_14ens_1NAGNAGB
d_15ens_1NAGNAGC
d_16ens_1NAGNAGD
d_17ens_1NAGNAGE
d_18ens_1NAGNAGF
d_19ens_1NAGNAGG
d_110ens_1NAGNAGH
d_111ens_1EDOEDOI
d_112ens_1EDOEDOJ
d_113ens_1EDOEDOO
d_21ens_1SERARGP1 - 15
d_22ens_1THRPROP17 - 346
d_23ens_1NAGNAGQ
d_24ens_1NAGNAGR
d_25ens_1NAGNAGS
d_26ens_1NAGNAGT
d_27ens_1NAGNAGU
d_28ens_1NAGNAGV
d_29ens_1NAGNAGW
d_210ens_1EDOEDOX
d_211ens_1EDOEDOY
d_212ens_1EDOEDOD
d_11ens_2ARGGLUE1 - 22
d_12ens_2LEUARGE24 - 59
d_21ens_2ARGGLUF1 - 22
d_22ens_2LEUARGF24 - 59

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999849710755, -0.015589301546, 0.0075848257337), (-0.0156044793273, -0.999876348969, 0.0019460208509), (0.00755355075632, -0.00206408564126, -0.999969341241)-21.6405110748, -30.5882151468, 41.8392619726
2given(0.999954719666, 0.00725010990729, -0.00616396986934), (0.00727764250683, -0.99996358904, 0.00445606476035), (-0.00613143847402, -0.00450072215738, -0.999971074063)-20.8900369336, -30.5606327798, 41.8304118224

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 High affinity nerve growth factor receptor / Neurotrophic tyrosine kinase receptor type 1 / TRK1-transforming tyrosine kinase protein / ...Neurotrophic tyrosine kinase receptor type 1 / TRK1-transforming tyrosine kinase protein / Tropomyosin-related kinase A / Tyrosine kinase receptor / Tyrosine kinase receptor A / Trk-A / gp140trk / p140-TrkA


分子量: 39318.297 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular domain, UNP residues 36-382 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTRK1, MTC, TRK, TRKA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04629, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Designed TrkA-binding miniprotein


分子量: 9570.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 3種, 16分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 279分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.4 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris pH 6.2, 16% PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→48.85 Å / Num. obs: 99914 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 33.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.21 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.84→1.88 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 5.786 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 4360 / CC1/2: 0.094 / Rpim(I) all: 2.572 / Rrim(I) all: 6.354 / Χ2: 0.93 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122+SVN精密化
XDSMar 15, 2019データ削減
XDSMar 15, 2019データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ifg

2ifg


解像度: 1.84→41.36 Å / SU ML: 0.3162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.4688
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 2429 2.49 %
Rwork0.2143 95219 -
obs0.215 97648 96.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→41.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6264 0 349 260 6873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01146731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14279130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06761078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00911168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.41412485
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS8.85551698869
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.505446253256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.880.4286850.38873633X-RAY DIFFRACTION62.43
1.88-1.920.37341470.35035489X-RAY DIFFRACTION93.98
1.92-1.970.37011450.32125665X-RAY DIFFRACTION97.94
1.97-2.020.32451450.31215790X-RAY DIFFRACTION98.69
2.02-2.070.34051440.30745668X-RAY DIFFRACTION98.74
2.07-2.130.33431470.2895732X-RAY DIFFRACTION98.15
2.13-2.20.33071490.27445701X-RAY DIFFRACTION98.02
2.2-2.280.30391470.26045767X-RAY DIFFRACTION99.65
2.28-2.370.30441390.24695775X-RAY DIFFRACTION99.24
2.37-2.480.3031530.24535769X-RAY DIFFRACTION98.73
2.48-2.610.32391460.24795637X-RAY DIFFRACTION97.41
2.61-2.770.30171490.23655763X-RAY DIFFRACTION99.09
2.77-2.990.2491530.22735779X-RAY DIFFRACTION99.41
2.99-3.290.23611450.22075746X-RAY DIFFRACTION98.46
3.29-3.760.23361420.19025744X-RAY DIFFRACTION98.25
3.76-4.740.16091440.15555784X-RAY DIFFRACTION99.03
4.74-41.360.17921490.16885777X-RAY DIFFRACTION98.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.387945524311.86563583336-0.8056473008033.49029153461-1.601210996123.374603331960.04602081152060.06096093270260.0862749350614-0.0649444057670.1158620714990.1593954687710.235227257744-0.245683757131-0.1625144463760.316989469322-0.0166369240521-0.01907483404530.3382245787340.07324025317070.303717813334-8.84301041181-41.0681028321-38.954610498
22.435454742511.04363311963-1.88517455174.70775029406-3.416250530245.104461221830.01354144074620.0783444113050.0671957218582-0.09090257890.1752617078050.3181361896770.180176319103-0.156408805366-0.1881245628820.265864050669-0.023629699562-0.02543120674680.2970848295170.02217372181280.238832215101-14.372955935-53.68192594-23.8373850071
35.477600908621.12144745634.246018682912.600180238932.129274810855.595305132370.05319265848-0.00141993704941-0.0886433048471-0.237255311765-0.0275716455735-0.115250040290.0342272184821-0.171375850474-0.005487326615990.295082243452-0.00695123323850.03260131898450.2345235055590.04939830355040.2173749594969.42415533434-58.2283370473-5.08847085675
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 35:88)AA35 - 881 - 54
22(chain A and resid 89:192)AA89 - 19255 - 158
33(chain A and resid 193:283)AA193 - 283159 - 249
44(chain A and resid 284:382)AA284 - 382250 - 348
55(chain B and resid 35:190)BP35 - 1901 - 156
66(chain B and resid 191:283)BP191 - 283157 - 247
77(chain B and resid 284:382)BP284 - 382248 - 346
88(chain C and resid 1:17)CC1 - 171 - 17
99(chain C and resid 18:27)CC18 - 2718 - 27
1010(chain C and resid 28:44)CC28 - 4428 - 44
1111(chain C and resid 45:52)CC45 - 5245 - 52
1212(chain C and resid 53:60)CC53 - 6053 - 60
1313(chain D and resid 1:17)DD1 - 171 - 17
1414(chain D and resid 18:27)DD18 - 2718 - 27
1515(chain D and resid 28:52)DD28 - 5228 - 52
1616(chain D and resid 53:59)DD53 - 5953 - 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る