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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n2s | |||||||||
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タイトル | AS3.1-PRPF3-HLA*B27 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yang, X. / Jude, K.M. / Garcia, K.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Autoimmunity-associated T cell receptors recognize HLA-B*27-bound peptides. 著者: Yang, X. / Garner, L.I. / Zvyagin, I.V. / Paley, M.A. / Komech, E.A. / Jude, K.M. / Zhao, X. / Fernandes, R.A. / Hassman, L.M. / Paley, G.L. / Savvides, C.S. / Brackenridge, S. / Quastel, M.N. ...著者: Yang, X. / Garner, L.I. / Zvyagin, I.V. / Paley, M.A. / Komech, E.A. / Jude, K.M. / Zhao, X. / Fernandes, R.A. / Hassman, L.M. / Paley, G.L. / Savvides, C.S. / Brackenridge, S. / Quastel, M.N. / Chudakov, D.M. / Bowness, P. / Yokoyama, W.M. / McMichael, A.J. / Gillespie, G.M. / Garcia, K.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 399.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 268.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7n2nC ![]() 7n2oC ![]() 7n2pC ![]() 7n2qC ![]() 7n2rC ![]() 8cx4C ![]() 1jgeS ![]() 5ksbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#2: タンパク質 | 分子量: 32086.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | ![]() 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-T cell receptor ... , 2種, 2分子 DF
#4: タンパク質 | 分子量: 22682.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 27327.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 C![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 984.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#7: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
-非ポリマー , 2種, 5分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() |
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#8: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 25% PEG3350 with 0.2M Ammonium tartrate dibasic dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.37→47.56 Å / Num. obs: 23506 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.76 Å2 / CC1/2: 0.974 / Net I/σ(I): 4.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.88 Å / Num. unique obs: 2936 / CC1/2: 0.506 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5KSB, 1JGE 解像度: 2.37→47.18 Å / SU ML: 0.3344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.7777 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.37→47.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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