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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7n2o | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | AS4.2-YEIH-HLA*B27 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / TCR MHC HLA-B27 | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Yang, X. / Jude, K.M. / Garcia, K.C. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2022Title: Autoimmunity-associated T cell receptors recognize HLA-B*27-bound peptides. Authors: Yang, X. / Garner, L.I. / Zvyagin, I.V. / Paley, M.A. / Komech, E.A. / Jude, K.M. / Zhao, X. / Fernandes, R.A. / Hassman, L.M. / Paley, G.L. / Savvides, C.S. / Brackenridge, S. / Quastel, M. ...Authors: Yang, X. / Garner, L.I. / Zvyagin, I.V. / Paley, M.A. / Komech, E.A. / Jude, K.M. / Zhao, X. / Fernandes, R.A. / Hassman, L.M. / Paley, G.L. / Savvides, C.S. / Brackenridge, S. / Quastel, M.N. / Chudakov, D.M. / Bowness, P. / Yokoyama, W.M. / McMichael, A.J. / Gillespie, G.M. / Garcia, K.C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7n2o.cif.gz | 417.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7n2o.ent.gz | 283.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7n2o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7n2o_validation.pdf.gz | 485.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7n2o_full_validation.pdf.gz | 489.6 KB | Display | |
| Data in XML | 7n2o_validation.xml.gz | 29.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 7n2o_validation.cif.gz | 39.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/7n2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/7n2o | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7n2nC ![]() 7n2pC ![]() 7n2qC ![]() 7n2rC ![]() 7n2sC ![]() 8cx4C ![]() 1jgeS ![]() 5ksbS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
| Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/914 / Data set type: diffraction image data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
| #2: Protein | Mass: 32086.250 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C67S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
|---|---|
| #3: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Production host: ![]() |
-T-cell receptor ... , 2 types, 2 molecules DF
| #4: Protein | Mass: 22869.102 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
|---|---|
| #5: Protein | Mass: 27311.295 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 4 molecules C

| #1: Protein/peptide | Mass: 1078.413 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
|---|---|
| #7: Sugar |
-Non-polymers , 2 types, 62 molecules 


| #6: Chemical | | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.9 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG3350 with 0.2M Ammonium acetate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-1 / Wavelength: 0.97946 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 28, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→42.38 Å / Num. obs: 42906 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 50.25 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 3962 / CC1/2: 0.175 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5KSB, 1JGE Resolution: 2.3→42.38 Å / SU ML: 0.4201 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 31.5542 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 61.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→42.38 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi




Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation







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