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- PDB-7n2r: AS4.3-PRPF3-HLA*B27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n2r
タイトルAS4.3-PRPF3-HLA*B27
要素
  • (AS4.3 T cell receptor ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • Human leukocyte antigen (HLA) B27
  • Pre-MRNA Processing Factor 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR MHC HLA-B27
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Yang, X. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI103867 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Autoimmunity-associated T cell receptors recognize HLA-B*27-bound peptides.
著者: Yang, X. / Garner, L.I. / Zvyagin, I.V. / Paley, M.A. / Komech, E.A. / Jude, K.M. / Zhao, X. / Fernandes, R.A. / Hassman, L.M. / Paley, G.L. / Savvides, C.S. / Brackenridge, S. / Quastel, M.N. ...著者: Yang, X. / Garner, L.I. / Zvyagin, I.V. / Paley, M.A. / Komech, E.A. / Jude, K.M. / Zhao, X. / Fernandes, R.A. / Hassman, L.M. / Paley, G.L. / Savvides, C.S. / Brackenridge, S. / Quastel, M.N. / Chudakov, D.M. / Bowness, P. / Yokoyama, W.M. / McMichael, A.J. / Gillespie, G.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2021年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: AS4.3 T cell receptor alpha chain
F: AS4.3 T cell receptor beta chain
A: Human leukocyte antigen (HLA) B27
B: Beta-2-microglobulin
C: Pre-MRNA Processing Factor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,30015
ポリマ－94,7115
非ポリマー1,58910
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12400 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area38070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.680, 94.423, 178.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
AS4.3 T cell receptor ... , 2種, 2分子 DF

#1: タンパク質 AS4.3 T cell receptor alpha chain


分子量: 22399.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 AS4.3 T cell receptor beta chain


分子量: 27361.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Human leukocyte antigen (HLA) B27 / HLA-B27


分子量: 32086.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3F718
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 6分子 C

#5: タンパク質・ペプチド Pre-MRNA Processing Factor 3


分子量: 984.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 68分子

#7: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG3350 with 0.2M Ammonium sulfate and 0.1M BIS-TRIS pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→41.81 Å / Num. obs: 42767 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 54.33 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / Num. unique obs: 4065 / CC1/2: 0.339

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4080精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JGE, 5KSB

1jge

5ksb


解像度: 2.28→40.26 Å / SU ML: 0.426 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.9783
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 1991 4.68 %
Rwork0.2477 40530 -
obs0.2497 42521 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6432 0 98 63 6593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00296707
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53719117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0405989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.93892453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.340.43571340.4272717X-RAY DIFFRACTION94.84
2.34-2.40.41481370.40462838X-RAY DIFFRACTION98.61
2.4-2.480.45641410.38982843X-RAY DIFFRACTION98.97
2.48-2.560.471410.37142853X-RAY DIFFRACTION98.81
2.56-2.650.42221400.34012848X-RAY DIFFRACTION99.87
2.65-2.750.37591430.3182894X-RAY DIFFRACTION99.87
2.75-2.880.3671430.30542905X-RAY DIFFRACTION99.87
2.88-3.030.3751410.30582892X-RAY DIFFRACTION99.87
3.03-3.220.33981420.29692888X-RAY DIFFRACTION99.54
3.22-3.470.31341410.25472885X-RAY DIFFRACTION99.93
3.47-3.820.28421440.23662938X-RAY DIFFRACTION99.97
3.82-4.370.241440.20352938X-RAY DIFFRACTION99.77
4.37-5.50.23481470.18152996X-RAY DIFFRACTION100
5.5-40.260.22441530.21563095X-RAY DIFFRACTION99.27
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70248528862-0.0291403415131-0.1672024825010.167283062173-0.3393977517150.493592048956-0.0770885132442-0.116852464285-0.3052552624720.009727120825950.06056632289610.02561685518250.04630258419180.1602730961895.17387419737E-50.481096135029-0.0330376585342-0.004808278698260.3579512304610.02315073717170.730097888334-14.2-9.15946.879
20.252622073188-0.006009852692320.04038159040870.1611406788790.2517360064150.3600845606790.2203934501380.436146945119-0.2246789146180.1490576391450.108048367831-0.0210696732840.5792745167660.4939294657450.09063272366780.792608921948-0.06452629769910.1576042700760.857623367377-0.2387311423470.8901424659529.807-15.6723.743
3-0.01744982001780.0502970018323-0.04770277821680.231720452-0.2921520457310.3250395609760.5057635628970.437474875485-0.05197746497370.577548724438-0.2438547533970.4445563320080.385679995475-0.1371622517545.76353550775E-50.694922028868-0.08718819690540.03672342691760.813670163882-0.1374255043990.74652542096512.489-11.99224.203
40.8036510237630.00466913448985-0.2435717443680.0652641196845-0.1259129559060.8641519133360.008267698601310.02765864822890.2828645277730.011338585448-0.03827737048830.18893167179-0.1917812743290.126043551603-3.74774159112E-50.455743222256-0.0283662491443-0.02725376180480.3498955979410.07675072754140.51133065217-15.8512.0838.248
50.140053784825-0.44895621865-0.1138307076030.6206595608190.09889179298370.1800638113420.1026717540860.5564976739720.2071732097670.1340484253880.152618544603-0.0443039307675-0.0969556796066-0.02721498813110.00839798145410.660596413568-0.0263742577475-0.001049911563660.987665425112-0.03328296514790.5509061011742.4770.5617.185
61.995689094921.948213412281.962499396771.984945336351.967888042741.99053873891.200468363430.008484934568520.110479727694-2.97695410745-0.7719009833931.249801820192.141676506670.690351215817-0.4124806009352.268582030120.5028841552310.1968661531572.04785166808-0.2279470770222.033591390464.795-17.065-0.861
71.400401695450.339945249695-0.09215737139180.2563407681340.1287915235260.5371004869460.149268631309-0.214185943365-0.353458539277-0.162480069839-0.09450559250210.1331507613770.02099940024260.0101913341765-0.03040009626350.334878672828-0.0549616897288-0.04626706070340.439783264730.1328578790920.403504568912-39.2742.163.151
80.482233307811-0.2003898725780.0563119201060.239985210586-0.0679433732047-0.03073833045540.0979655703303-0.114263048591-0.944021536627-0.04087200616990.043062939750.284565195680.188340486693-0.0516928380502-0.0175544982920.487691799791-0.0214932270956-0.06218065774310.4079301632760.1481473344310.701547144504-42.186-6.92149.199
90.116789432765-0.1471379016250.01523395059420.332520429218-0.5681689370930.5879880621960.346124959292-0.303685422487-0.02296033825090.492340495929-0.517576029504-0.1559759572030.370726369077-0.1795940967270.1700574239880.892321377957-0.518226829607-0.1159830237690.9156945697760.6348047593530.542530812978-49.837-10.08781.637
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN D AND RESID 2:110 )D2 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN D AND RESID 111:147 )D111 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN D AND RESID 148:201 )D148 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN F AND RESID 2:122 )F2 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN F AND RESID 123:242 )F123 - 242
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 301:301 )F301
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 1:118 )A1 - 118
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 119:162 )A119 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 163:208 )A163 - 208
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 209:276 )A209 - 276
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 0:5 )B0 - 5
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 6:30 )B6 - 30
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 31:41 )B31 - 41
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 42:51 )B42 - 51
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 52:61 )B52 - 61
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 62:77 )B62 - 77
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 78:99 )B78 - 99
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 1:9 )C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る