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万見
- PDB-7n1c: SARS-CoV-2 RLQ peptide-specific TCR pRLQ3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n1c
タイトルSARS-CoV-2 RLQ peptide-specific TCR pRLQ3
要素
  • pRLQ3 T cell receptor alpha chain
  • pRLQ3 T cell receptor beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / SARS-CoV-2 / SPIKE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.881 Å
データ登録者Wu, D. / Mariuzza, R.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI129893 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126299 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural assessment of HLA-A2-restricted SARS-CoV-2 spike epitopes recognized by public and private T-cell receptors.
著者: Wu, D. / Kolesnikov, A. / Yin, R. / Guest, J.D. / Gowthaman, R. / Shmelev, A. / Serdyuk, Y. / Dianov, D.V. / Efimov, G.A. / Pierce, B.G. / Mariuzza, R.A.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structural basis for recognition of two HLA-A2-restricted SARS-CoV-2 spike epitopes by public and private T cell receptors
著者: Wu, D. / Kolesnikov, A. / Yin, R. / Guest, J.D. / Gowthaman, R. / Shmelev, A. / Serdyuk, Y. / Efimov, G.A. / Pierce, B.G. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2021年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: pRLQ3 T cell receptor alpha chain
E: pRLQ3 T cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2462
ポリマ－50,2462
非ポリマー00
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.084, 101.921, 104.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 pRLQ3 T cell receptor alpha chain


分子量: 22986.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCR alpha / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 pRLQ3 T cell receptor beta chain


分子量: 27259.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCR BETA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M Imidazole (pH 8.0), 17% (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→46.557 Å / Num. obs: 239229 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / Num. unique obs: 21569 / CC1/2: 0.937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TFK, 3FFC

3tfk

3ffc


解像度: 1.881→46.557 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2387 1909 5.11 %
Rwork0.2014 35462 -
obs0.2034 37371 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.52 Å2 / Biso mean: 41.3995 Å2 / Biso min: 20.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.881→46.557 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3462 0 0 267 3729
Biso mean---42.19 -
残基数----440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.881-1.92780.2851170.2534244697
1.9278-1.97990.25531460.24332477100
1.9799-2.03820.31200.22232501100
2.0382-2.10390.22721580.21622508100
2.1039-2.17910.25591510.21612459100
2.1791-2.26640.29861250.21472511100
2.2664-2.36950.28481340.2262528100
2.3695-2.49450.24841440.22952524100
2.4945-2.65070.26541340.22182512100
2.6507-2.85540.26721180.2282551100
2.8554-3.14270.26041170.21392570100
3.1427-3.59730.24871230.19682582100
3.5973-4.53160.20971360.17412595100
4.5316-46.5570.21281860.18332698100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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