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万見
- PDB-7n12: Crystal structure of the M. abscessus LeuRS editing domain in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n12
タイトルCrystal structure of the M. abscessus LeuRS editing domain in complex with epetraborole-AMP adduct
要素Leucine--tRNA ligase
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / oxaborole / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / ANTIBIOTIC (抗生物質) / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ロイシンtRNAリガーゼ / leucine-tRNA ligase activity / leucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / ロイシンtRNAリガーゼ / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site ...Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / ロイシンtRNAリガーゼ / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-365 / Leucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kalthoff, E. / Schmeing, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: Efficacy of epetraborole against Mycobacterium abscessus is increased with norvaline.
著者: Sullivan, J.R. / Lupien, A. / Kalthoff, E. / Hamela, C. / Taylor, L. / Munro, K.A. / Schmeing, T.M. / Kremer, L. / Behr, M.A.
履歴
登録2021年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Leucine--tRNA ligase
A: Leucine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2755
ポリマ－42,0492
非ポリマー1,2273
水6,918384
1
B: Leucine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6863
ポリマ－21,0241
非ポリマー6612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Leucine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5902
ポリマ－21,0241
非ポリマー5651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.439, 37.107, 100.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.279, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-726-

HOH

21A-716-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Leucine--tRNA ligase / Leucyl-tRNA synthetase / LeuRS


分子量: 21024.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
遺伝子: leuS, D2E76_19720 / プラスミド: pMabsED / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0U0XQP3, ロイシンtRNAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-365 / [(1S,5R,6R,7'S,8R)-7'-(aminomethyl)-6-(6-aminopurin-9-yl)-2'-(3-oxidanylpropoxy)spiro[2,4,7-trioxa-3-boranuidabicyclo[3.3.0]octane-3,9'-8-oxa-9-boranuidabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-triene]-8-yl]methyl dihydrogen phosphate / 3-AMINOMETHYL-7-(3-HYDROXY-PROPOXY)-3H-BENZO[C][1,2]OXABOROL-1-OL modified adenosine


分子量: 565.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27BN6O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 ul 7.5 mg/ml protein solution (50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl. 2 mM BME) was mixed with crystallization solution (100 mM HEPES, pH 7.5, 2% PEG400, 2.1 M ammonium sulfate, 10 mM AMP, 1 mM ...詳細: 2 ul 7.5 mg/ml protein solution (50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl. 2 mM BME) was mixed with crystallization solution (100 mM HEPES, pH 7.5, 2% PEG400, 2.1 M ammonium sulfate, 10 mM AMP, 1 mM epetraborole, 15% glycerol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.52131 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.52131 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→92.97 Å / Num. obs: 56594 / % possible obs: 94.21 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.11 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / 冗長度: 5.35 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2931 / CC1/2: 0.833 / Rpim(I) all: 0.214 / Rrim(I) all: 0.506 / % possible all: 99.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
DIALS3.4.3データ削減
DIALS3.4.3データスケーリング
PHASER1.15.2_3472位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AGR

5agr


解像度: 1.7→92.8 Å / SU ML: 0.2045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 20.9308
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 4142 5.01 %Random selection
Rwork0.184 78589 --
obs0.1861 56594 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→92.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2845 0 5 384 3234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01282936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21614035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0686454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.34471057
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.33191260.29972575X-RAY DIFFRACTION99.52
1.72-1.740.27621130.2782660X-RAY DIFFRACTION99.28
1.74-1.760.29931590.25082669X-RAY DIFFRACTION99.16
1.76-1.780.2961450.24342564X-RAY DIFFRACTION98.9
1.78-1.810.28581270.23352595X-RAY DIFFRACTION99.2
1.81-1.830.26231370.22422612X-RAY DIFFRACTION98.92
1.83-1.860.26111400.21372686X-RAY DIFFRACTION99.3
1.86-1.890.30021500.21832531X-RAY DIFFRACTION99.3
1.89-1.910.24231410.20452578X-RAY DIFFRACTION99.45
1.91-1.950.24041490.20092671X-RAY DIFFRACTION99.09
1.95-1.980.22541280.18352614X-RAY DIFFRACTION99.06
1.98-2.020.24481590.18612530X-RAY DIFFRACTION98.03
2.02-2.050.2061360.17092676X-RAY DIFFRACTION98.7
2.05-2.10.25511360.17812580X-RAY DIFFRACTION99.85
2.1-2.140.21381440.17812664X-RAY DIFFRACTION99.57
2.14-2.190.20731200.16672645X-RAY DIFFRACTION99.86
2.19-2.250.2331290.17452567X-RAY DIFFRACTION99.89
2.25-2.310.25391480.17322673X-RAY DIFFRACTION99.72
2.31-2.380.22211410.16432609X-RAY DIFFRACTION99.75
2.38-2.450.21581500.17682613X-RAY DIFFRACTION99.64
2.45-2.540.19081410.1692601X-RAY DIFFRACTION99.67
2.54-2.640.22981450.17192659X-RAY DIFFRACTION99.47
2.64-2.760.2241280.17482624X-RAY DIFFRACTION99.85
2.76-2.910.20861530.1842610X-RAY DIFFRACTION99.86
2.91-3.090.21911160.17452662X-RAY DIFFRACTION98.86
3.09-3.330.211670.17232629X-RAY DIFFRACTION99.93
3.33-3.660.19371490.15732563X-RAY DIFFRACTION99.2
3.66-4.190.23291190.16622647X-RAY DIFFRACTION99.03
4.19-5.280.18931120.17062644X-RAY DIFFRACTION99.67
5.28-92.80.23691340.22942638X-RAY DIFFRACTION99.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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