PDB-7n0w: Rigidity of loop 1 contributes to equipotency of globular and rib...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n0w

タイトル

Rigidity of loop 1 contributes to equipotency of globular and ribbon isomers of alpha-conotoxin AusIA

要素

Acetylcholine-binding protein
Ribbon alpha-conotoxin AusIA

キーワード

CHOLINE-BINDING PROTEIN/ANTAGONIST / Alpha-conotoxin / Complex / Acetylcholine-binding protein / CHOLINE-BINDING PROTEIN / CHOLINE-BINDING PROTEIN-ANTAGONIST complex

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

Conus australis (ナガイモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Ho, T.N.T. / Abraham, N. / Lewis, R.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Rigidity of loop 1 contributes to equipotency of globular and ribbon isomers of alpha-conotoxin AusIA.
著者: Ho, T.N.T. / Abraham, N. / Lewis, R.J.

履歴

登録	2021年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n0w.cif.gz	420 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n0w.ent.gz	351.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7n0w_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n0w_full_validation.pdf.gz	481.9 KB	表示
XML形式データ	7n0w_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	7n0w_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n0w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n0yC 5t90S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u8j-1 1uv6-2 1uw6-4 1i9b-d 4alx-2 1uv6-1 1uw6-1 1uw6-3 3wtn-2 1uw6-2 3wto-d 7n0y-d 3wip-1 2zju-d 5j5h-1 1ux2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

G: Ribbon alpha-conotoxin AusIA

118 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.331, 76.331, 352.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP 分子量: 23262.818 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58154
#2: タンパク質・ペプチド	Ribbon alpha-conotoxin AusIA 分子量: 1772.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus australis (ナガイモ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化	温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M calcium acetate hydrate, 12% PEG400, 0.1M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.459→48.3 Å / Num. obs: 44280 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 20 % / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2.46→2.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4459 / R_sym value: 1.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5t90

5t90

解像度: 2.46→48.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 21.205 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.504 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24046	1996	4.5 %	RANDOM
R_work	0.21126	-	-	-
obs	0.21262	42280	98.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.417 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0.31 Å²	0 Å²
2-	-	0.61 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→48.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8219	0	0	67	8286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.017	8407
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.019	7688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.683	1.846	11470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.102	2.661	17724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.614	5	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.446	22.122	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.157	15	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.867	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9473
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.13	4.493	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.129	4.493	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.764	6.74	5109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.763	6.74	5110
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.79	4.83	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.789	4.83	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.667	7.105	6362
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.497	52.288	8971
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.497	52.287	8971

LS精密化シェル

解像度: 2.46→2.523 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	137	-
R_work	0.306	2972	-
obs	-	-	96.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1927	-0.0669	0.3606	2.1026	-0.5607	4.1475	-0.0504	-0.4791	0.2426	0.26	0.0808	0.2529	-0.4858	-0.609	-0.0304	0.1818	0.1173	0.0391	0.3933	-0.0526	0.0614	12.722	-15.497	33.029
2	2.134	-0.2472	0.6453	2.4093	0.693	3.7434	-0.0981	-0.097	0.1784	0.0494	-0.0734	-0.2874	-0.1871	0.5999	0.1716	0.0687	-0.03	-0.0048	0.1912	0.0639	0.0723	53.169	-16.411	16.886
3	3.3736	-0.5474	-0.2165	1.726	0.1964	2.434	-0.0407	-0.5341	-0.0963	0.2668	0.1239	0.0048	0.1191	-0.2152	-0.0831	0.219	0.0075	-0.008	0.366	0.0676	0.0136	27.153	-30.451	49.797
4	2.5759	0.0768	-0.2975	2.7835	-0.7189	3.9346	0.0378	-0.3959	-0.0028	0.0984	-0.1378	-0.2681	-0.0053	0.4502	0.1	0.0997	0.0554	-0.0325	0.3157	0.0589	0.0559	52.265	-30.523	39.693
5	4.0675	0.8018	-0.1409	0.7308	-0.406	2.2317	-0.0432	-0.1849	0.5223	-0.0237	-0.0473	0.0563	-0.4805	0.0046	0.0905	0.1893	0.0339	-0.0329	0.0258	-0.0301	0.0772	28.501	-7.093	12.989
6	17.5852	14.1184	8.4056	17.3698	0.778	9.9285	-0.3811	-1.0555	1.8536	0.738	0.3096	2.3161	-1.2535	-1.645	0.0715	0.5156	0.192	0.1385	0.8612	0.0863	0.4042	6.905	-22.735	44.621

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 205
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 205
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 204
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	6	G	2 - 15

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関連情報:EMDBヘッダ

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