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- PDB-7n0v: Complex of recombinant Bet v 1 with Fab fragment of REGN5715 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n0v
タイトルComplex of recombinant Bet v 1 with Fab fragment of REGN5715
要素
  • Major pollen allergen Bet v 1-A
  • REGN5715 Fab heavy chain
  • REGN5715 Fab light chain
キーワードALLERGEN (アレルゲン) / Birch pollen / allergy / neutralizing antibody (中和抗体) / immunotherapy (免疫療法)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pollen allergen Bet v 1-A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Betula pendula (シダレカンバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Franklin, M.C. / Romero Hernandez, A.
引用ジャーナル: J Allergy Clin Immunol / 年: 2022
タイトル: Targeting immunodominant Bet v 1 epitopes with monoclonal antibodies prevents the birch allergic response.
著者: Amanda Atanasio / Matthew C Franklin / Vishal Kamat / Annabel Romero Hernandez / Ashok Badithe / Li-Hong Ben / Jennifer Jones / Joannie Bautista / George D Yancopoulos / William Olson / ...著者: Amanda Atanasio / Matthew C Franklin / Vishal Kamat / Annabel Romero Hernandez / Ashok Badithe / Li-Hong Ben / Jennifer Jones / Joannie Bautista / George D Yancopoulos / William Olson / Andrew J Murphy / Matthew A Sleeman / Jamie M Orengo
要旨: BACKGROUND: Blocking the major cat allergen, Fel d 1, with mAbs was effective in preventing an acute cat allergic response.
OBJECTIVES: This study sought to extend the allergen-specific antibody approach and demonstrate that a combination of mAbs targeting Bet v 1, the immunodominant and most abundant allergenic protein ...OBJECTIVES: This study sought to extend the allergen-specific antibody approach and demonstrate that a combination of mAbs targeting Bet v 1, the immunodominant and most abundant allergenic protein in birch pollen, can prevent the birch allergic response.
手法: Bet v 1-specific mAbs, REGN5713, REGN5714, and REGN5715, were isolated using the VelocImmune platform. Surface plasmon resonance, x-ray crystallography, and cryo-electron microscopy ...手法: Bet v 1-specific mAbs, REGN5713, REGN5714, and REGN5715, were isolated using the VelocImmune platform. Surface plasmon resonance, x-ray crystallography, and cryo-electron microscopy determined binding kinetics and structural data. Inhibition of IgE-binding, basophil activation, and mast cell degranulation were assessed via blocking ELISA, flow cytometry, and the passive cutaneous anaphylaxis mouse model.
RESULTS: REGN5713, REGN5714, and REGN5715 bind with high affinity and noncompetitively to Bet v 1. A cocktail of all 3 antibodies, REGN5713/14/15, blocks IgE binding to Bet v 1 and inhibits Bet v 1- ...RESULTS: REGN5713, REGN5714, and REGN5715 bind with high affinity and noncompetitively to Bet v 1. A cocktail of all 3 antibodies, REGN5713/14/15, blocks IgE binding to Bet v 1 and inhibits Bet v 1- and birch pollen extract-induced basophil activation ex vivo and mast cell degranulation in vivo. Crystal structures of the complex of Bet v 1 with immunoglobulin antigen-binding fragments of REGN5713 or REGN5715 show distinct interaction sites on Bet v 1. Cryo-electron microscopy reveals a planar and roughly symmetrical complex formed by REGN5713/14/15 bound to Bet v 1.
CONCLUSIONS: These data confirm the immunodominance of Bet v 1 in birch allergy and demonstrate blockade of the birch allergic response with REGN5713/14/15. Structural analyses show simultaneous ...CONCLUSIONS: These data confirm the immunodominance of Bet v 1 in birch allergy and demonstrate blockade of the birch allergic response with REGN5713/14/15. Structural analyses show simultaneous binding of REGN5713, REGN5714, and REGN5715 with substantial areas of Bet v 1 exposed, suggesting that targeting specific epitopes is sufficient to block the allergic response.
履歴
登録2021年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: REGN5715 Fab heavy chain
L: REGN5715 Fab light chain
C: Major pollen allergen Bet v 1-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5123
ポリマ－68,5123
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.105, 133.105, 145.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)

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要素

#1: 抗体 REGN5715 Fab heavy chain


分子量: 24322.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 REGN5715 Fab light chain


分子量: 23446.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Major pollen allergen Bet v 1-A / Allergen Bet v I-A


分子量: 20743.148 Da / 分子数: 1 / Mutation: F63L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Betula pendula (シダレカンバ) / 遺伝子: BETVIA, BETVI
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P15494

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, PEG 400, Mg acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→100 Å / Num. obs: 8574 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 68.1 % / Biso Wilson estimate: 34.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.302 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.305 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 3.7→3.76 Å / Rmerge(I) obs: 2.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 404 / CC1/2: 0.674 / Rpim(I) all: 0.384 / Rrim(I) all: 2.706 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BV1 plus in-house Fab models

1bv1


解像度: 3.71→49.09 Å / SU ML: 0.4684 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.6328
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3777 380 4.68 %
Rwork0.3268 7731 -
obs0.3294 8111 94.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.71→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4483 0 0 0 4483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00194588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61516232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0435692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044800
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7248625
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.71-4.240.39321040.35922223X-RAY DIFFRACTION84.43
4.24-5.340.39211450.31392667X-RAY DIFFRACTION99.96
5.34-49.090.35321310.31592841X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0009496085718330.01223126285190.005676306467570.02554624094030.01597398840760.0231327274617-0.1055360361480.0211578501697-0.0118078805406-0.00918364101595-0.122920768550.00435373801647-0.07811253684230.0277690216714-0.0550242888770.297783790221-0.047744426911-0.91590530471-0.00340540247775-0.6474085812950.0252178936279-32.674595574722.0701411861-31.1873529125
20.0177209892263-0.0150555891940.00714059946680.00954543102629-0.00126558890220.001112220949670.02481157396670.0102541403795-0.00885824563004-0.0211467321632-0.0435252217202-0.01696159573070.0121831025930.0519415855416-0.000673891220260.0706444986940.133769348687-0.1033881326020.3023380540790.09115902223010.326079889264-21.860481511422.5449814498-36.2114353761
30.006041147183920.05625148496720.02243563215340.2543684731590.05913569256460.0145681444984-0.00665399737410.03818836090350.06247660819850.0520951269997-0.0563287329659-0.0394749313305-0.06430198636670.02003801777030.02840945310680.1850743811780.336996666916-0.40217125295-0.122622503172-0.1627330159740.116545750689-27.056674056119.4268932068-27.5067092724
4-0.00916007079466-0.0390432911475-0.02272262358790.007189086661080.00158119817956-0.01702104320.195093474966-0.08078866103730.1561795422770.1098278371560.3807793197890.1043504596330.0644142735613-0.2740821055680.391456877628-0.04568635262770.0757165634805-0.583030199956-0.277407934872-0.873971300864-0.30208281463-44.485530681835.7212612111-12.2125545862
5-0.000122609070223-0.001239395520060.003138510835790.00239229671420.006372119442010.00425895354246-0.03152845289730.01334524949880.0104359371263-0.0166771625719-0.02049393046280.0252231121579-0.09424202904810.002059214422366.67168348293E-60.323928454253-0.0865954275797-0.1503702217560.194862029169-0.0475732219840.25894601982-41.29607436946.460094258-39.2463824793
60.003959517038770.0270390822747-0.007451237330250.04166726650350.01365179995530.0519092049075-0.06316497637020.008741689658150.0369925991336-0.0246020274151-0.1340694067480.002513908393110.01361238201330.0198010491427-0.1256990728980.26813426291-0.178873962143-0.349163148732-0.195579854561-0.225795237519-0.0463785900967-35.792001285839.507452723-45.4434314324
7-0.001282202589310.001740430363520.01228541212710.00303182972352-0.004989983347870.02786986335690.02004522693820.00845573079750.015928202013-0.04353708274410.03153708241290.03922949642370.01239219418310.003218499347440.0226505006570.171047559918-0.2404111825-0.3261133924630.00759852553461-0.2377968657110.129429964002-46.254027897232.8132519906-42.4513249121
8-0.006070782889870.00665911502098-0.01699217204750.00478424347947-0.00236539200406-0.007850351307820.13171830237-0.01604823822730.04139003447080.000803635482423-0.1070328987840.04118067202230.04298474141260.001475110846970.08847612224860.406967950188-0.0943913492922-0.447234797104-0.433403369504-0.3327811385470.262739804752-42.640883694142.0493996267-39.4719880828
9-0.00413927454371-0.01086645964540.00275577161113-0.0001484527794020.007704988413510.0007573356594640.0349825876868-0.0684489981274-0.04457353923080.0323614599937-0.016676896183-0.001068949985640.01146219537390.00192373515843-0.007897520399430.05256199042630.1906817065660.02322302042280.0376923818077-0.5932567975030.149678175787-43.457667083249.36528024751.68470217218
100.0515395066462-0.02041362653180.01333284548360.02930936751960.01703611379170.01254425928560.007420808775960.04522671994870.02444158156540.0236660568918-0.00785649302052-0.0146438190302-0.03053209592550.06039277781220.00690899120764-0.02158629537270.3160884962490.0646632658646-0.0338941112445-0.5911502210460.199723225484-40.141923069254.5401850855-11.5907153198
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 52 )HA1 - 521 - 52
22chain 'H' and (resid 53 through 67 )HA53 - 6753 - 67
33chain 'H' and (resid 68 through 91 )HA68 - 9168 - 91
44chain 'H' and (resid 92 through 219 )HA92 - 21992 - 210
55chain 'L' and (resid 1 through 18 )LB1 - 181 - 18
66chain 'L' and (resid 19 through 39 )LB19 - 3919 - 39
77chain 'L' and (resid 40 through 62 )LB40 - 6240 - 62
88chain 'L' and (resid 63 through 114 )LB63 - 11463 - 114
99chain 'L' and (resid 115 through 129 )LB115 - 129115 - 129
1010chain 'L' and (resid 130 through 164 )LB130 - 164130 - 164
1111chain 'L' and (resid 165 through 175 )LB165 - 175165 - 175
1212chain 'L' and (resid 176 through 199 )LB176 - 199176 - 199
1313chain 'L' and (resid 200 through 215 )LB200 - 215200 - 215
1414chain 'C' and (resid 1 through 11 )CC1 - 111 - 11
1515chain 'C' and (resid 12 through 22 )CC12 - 2212 - 22
1616chain 'C' and (resid 23 through 57 )CC23 - 5723 - 57
1717chain 'C' and (resid 58 through 65 )CC58 - 6558 - 65
1818chain 'C' and (resid 66 through 129 )CC66 - 12966 - 129
1919chain 'C' and (resid 130 through 159 )CC130 - 159130 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る