[日本語] English
万見
- PDB-5w5x: Crystal structure of BAXP168G in complex with an activating antibody -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w5x
タイトルCrystal structure of BAXP168G in complex with an activating antibody
要素
  • 3C10 Fab' heavy chain
  • 3C10 Fab' light chain
  • Apoptosis regulator BAX
キーワードAPOPTOSIS/IMMUNE SYSTEM / Fab' / BAX activation / unfolding / APOPTOSIS / APOPTOSIS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX ...T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / spermatid differentiation / NTRK3 as a dependence receptor / Sertoli cell proliferation / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of B cell apoptotic process / development of secondary sexual characteristics / glycosphingolipid metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / retinal cell programmed cell death / B cell homeostatic proliferation / B cell negative selection / BAK complex / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / Transcriptional regulation by RUNX2 / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / regulation of nitrogen utilization / B cell apoptotic process / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / fertilization / calcium ion transport into cytosol / mitochondrial fusion / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / motor neuron apoptotic process / execution phase of apoptosis / thymocyte apoptotic process / pore complex / hypothalamus development / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / BH3 domain binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / vagina development / negative regulation of mitochondrial membrane potential / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of apoptotic signaling pathway / blood vessel remodeling / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to unfolded protein / ectopic germ cell programmed cell death / Pyroptosis / response to axon injury / ovarian follicle development / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein binding / response to salt stress / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of sequestered calcium ion into cytosol / homeostasis of number of cells within a tissue / Hsp70 protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / response to gamma radiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / kidney development / apoptotic signaling pathway / cerebral cortex development / cellular response to virus / response to toxic substance / neuron migration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / positive regulation of neuron apoptotic process / nuclear envelope / retina development in camera-type eye / channel activity / regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Robin, A.Y. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Ensemble Properties of Bax Determine Its Function.
著者: Robin, A.Y. / Iyer, S. / Birkinshaw, R.W. / Sandow, J. / Wardak, A. / Luo, C.S. / Shi, M. / Webb, A.I. / Czabotar, P.E. / Kluck, R.M. / Colman, P.M.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: 3C10 Fab' light chain
H: 3C10 Fab' heavy chain
A: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,30413
ポリマ－69,6803
非ポリマー62410
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
2
L: 3C10 Fab' light chain
H: 3C10 Fab' heavy chain
A: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子

L: 3C10 Fab' light chain
H: 3C10 Fab' heavy chain
A: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,60926
ポリマ－139,3616
非ポリマー1,24820
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area13270 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area52010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.309, 68.309, 288.643
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-307-

ZN

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 4 / Bcl2-L-4


分子量: 21306.316 Da / 分子数: 1 / Mutation: C62S C126S P168G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAX, BCL2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07812

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 3C10 Fab' light chain


分子量: 23457.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#2: 抗体 3C10 Fab' heavy chain


分子量: 24917.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: N-terminus glutamate is converted into a pyroglutamate residue. C-terminus residues not seen in structure.
由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 108分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.502→47.639 Å / Num. obs: 24112 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1018 / Net I/σ(I): 13.37
反射 シェル最高解像度: 2.502 Å / Rmerge(I) obs: 0.9118 / CC1/2: 0.558

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZAN

1zan


解像度: 2.502→47.639 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 1204 4.99 %
Rwork0.1871 --
obs0.1899 24112 97.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→47.639 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4442 0 37 98 4577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5936212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9582678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004784
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5016-2.60170.34451320.28152518X-RAY DIFFRACTION98
2.6017-2.72010.32111330.2612509X-RAY DIFFRACTION99
2.7201-2.86350.31811360.23952541X-RAY DIFFRACTION99
2.8635-3.04290.29981340.22082528X-RAY DIFFRACTION99
3.0429-3.27780.27111310.20092546X-RAY DIFFRACTION98
3.2778-3.60750.24281310.18572537X-RAY DIFFRACTION98
3.6075-4.12930.22981300.16222526X-RAY DIFFRACTION97
4.1293-5.20140.18071360.14672560X-RAY DIFFRACTION96
5.2014-47.6480.231410.1822643X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.95580.6779-0.39951.5638-0.47111.99350.1786-0.2559-0.1330.1627-0.1312-0.00110.2092-0.0243-0.0360.2513-0.023-0.04270.32640.00870.302-33.483-22.8092-22.6287
21.78080.36120.61732.24410.85854.31460.0762-0.29980.10840.0883-0.28960.2046-0.336-0.61360.16720.3261-0.0135-0.03140.3672-0.03280.3304-15.20076.1562-12.5405
33.90490.6820.13656.23970.72353.08220.1781-0.06890.14580.0796-0.1622-0.5929-0.00190.4066-0.01690.3614-0.06530.01120.44970.08340.4884-54.8691-51.1524-25.097
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain H and resid 1:117 or chain L and resid 1:109 or chain A and resid 31:45
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 118:212 or chain L and resid 110:214
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 1:30 or chain A and resid 46:200

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る