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万見
- PDB-7n0e: Co-complex of the histidine kinase region of RetS and the dimeriz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n0e
タイトルCo-complex of the histidine kinase region of RetS and the dimerization and histidine phosphotransfer domain of GacS
要素(Histidine kinase) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Co-complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 2 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 1 / 7TM diverse intracellular signalling / 7TMR-DISM extracellular 2 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain ...7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 2 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 1 / 7TM diverse intracellular signalling / 7TMR-DISM extracellular 2 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ryan Kaler, K. / Schubot, F.D. / Nix, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: RetS inhibits Pseudomonas aeruginosa biofilm formation by disrupting the canonical histidine kinase dimerization interface of GacS.
著者: Ryan Kaler, K.M. / Nix, J.C. / Schubot, F.D.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Histidine kinase
A: Histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6262
ポリマ－31,6262
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.360, 103.360, 61.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-714-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase /


分子量: 24854.898 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 414-639 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: GNQ20_09825 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A9JSD6, histidine kinase
#2: タンパク質 Histidine kinase /


分子量: 6770.674 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 121-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: C0044_06730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V3GQV5, histidine kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.5, 30% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年3月20日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→44.76 Å / Num. obs: 17507 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 369869
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.29-2.3721.19.9917080.3973.04514.059100
8.87-44.7619.50.02334110.0050.02499.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DK7

6dk7


解像度: 2.3→39.69 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 939 5.63 %
Rwork0.2475 15736 -
obs0.2486 16675 96.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.1 Å2 / Biso mean: 89.5913 Å2 / Biso min: 38.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→39.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1966 0 0 20 1986
Biso mean---78.57 -
残基数----255
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.420.42231080.38241772188077
2.42-2.570.3291320.327322802412100
2.57-2.770.32611360.320722822418100
2.77-3.050.32451420.29623162458100
3.05-3.490.27221360.281123132449100
3.49-4.40.24761380.231423502488100
4.4-39.690.23921470.212824232570100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.4857 Å / Origin y: -17.0119 Å / Origin z: 0.8211 Å
111213212223313233
T0.5385 Å20.0707 Å2-0.0682 Å2-0.4808 Å20.043 Å2--0.3982 Å2
L3.1299 °21.9799 °2-1.1074 °2-3.9377 °2-0.6129 °2--1.4921 °2
S-0.0329 Å °-0.1467 Å °0.116 Å °0.1705 Å °-0.0641 Å °-0.5636 Å °0.029 Å °0.1045 Å °0.0801 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB415 - 639
2X-RAY DIFFRACTION1allA285 - 344
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る