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- PDB-5o8x: The X-ray Structure of Catenated Lytic Transglycosylase SltB1 fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o8x
タイトルThe X-ray Structure of Catenated Lytic Transglycosylase SltB1 from Pseudomonas aeruginosa
要素Soluble lytic transglycosylase B
キーワードLYASE / Lytic Transglycosylase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial muramidase / Lytic transglycosylase MltB / Transglycosylase SLT domain 2 / Membrane-bound lytic murein transglycosylase B-like / Transglycosylase SLT domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / : / Soluble lytic transglycosylase B
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dominguez-Gil, T. / Molina, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: X-ray Structure of Catenated Lytic Transglycosylase SltB1.
著者: Dominguez-Gil, T. / Molina, R. / Dik, D.A. / Spink, E. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2017年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble lytic transglycosylase B
B: Soluble lytic transglycosylase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3887
ポリマ－68,9412
非ポリマー4465
水1,31573
1
A: Soluble lytic transglycosylase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7404
ポリマ－34,4711
非ポリマー2693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Soluble lytic transglycosylase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6483
ポリマ－34,4711
非ポリマー1772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.064, 116.358, 54.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Soluble lytic transglycosylase B


分子量: 34470.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: B0B20_29725, BZY57_15515, BZY58_10660, BZY59_02470, BZY60_10655
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1T2V5N0, UniProt: Q9HX24*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1M Na-citrate, 0.1M Na-cacodylate pH=6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.26 Å / Num. obs: 21993 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 11.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→48.258 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 1163 5.3 %
Rwork0.177 --
obs0.1798 21953 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.258 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4832 0 18 73 4923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8386770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3752955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003895
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.61390.37171330.28912621X-RAY DIFFRACTION100
2.6139-2.75170.34891610.27332558X-RAY DIFFRACTION100
2.7517-2.92410.33291730.25532565X-RAY DIFFRACTION100
2.9241-3.14980.28371320.21942609X-RAY DIFFRACTION100
3.1498-3.46670.27731320.18392558X-RAY DIFFRACTION100
3.4667-3.96820.22281460.16032608X-RAY DIFFRACTION100
3.9682-4.99860.15681400.13352623X-RAY DIFFRACTION100
4.9986-48.26680.18171460.15192648X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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