PDB-3ivp: The structure of a possible transposon-related DNA-binding protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ivp

タイトル

The structure of a possible transposon-related DNA-binding protein from Clostridium difficile 630.

要素

Putative transposon-related DNA-binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / APC62618 / transposon-related DNA-binding / Clostridium difficile 630 / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / DNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Tan, K. / Marshall, N. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of a possible transposon-related DNA-binding protein from Clostridium difficile 630.
著者: Tan, K. / Marshall, N. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ivp.cif.gz	105.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ivp.ent.gz	83.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ivp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1fje-d 6q3w-4 6zgx-3 6q90-4 6qje-4 6q4q-2 6ban-4 1fi2-d 3l8q-3 6ban-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC62618

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative transposon-related DNA-binding protein

B: Putative transposon-related DNA-binding protein

C: Putative transposon-related DNA-binding protein

D: Putative transposon-related DNA-binding protein

ヘテロ分子

58.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative transposon-related DNA-binding protein

B: Putative transposon-related DNA-binding protein

ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative transposon-related DNA-binding protein

D: Putative transposon-related DNA-binding protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.326, 69.829, 170.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Authors state that biological unit is experimentally unknown. It is likely that the chains A and B, C and D form dimers respectively.

#1: タンパク質	Putative transposon-related DNA-binding protein 分子量: 14559.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD3330, Clostridium difficile / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: Q180H4
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ca Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, 40% v/w PEG300, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937, 0.97953

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月3日 / 詳細: Mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97937	1
2	0.97953	1

反射

解像度: 2.02→48 Å / Num. all: 39518 / Num. obs: 39518 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 25.8

反射シェル

解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1894 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.02→47.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 9.561 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23498	1985	5 %	RANDOM
R_work	0.19968	-	-	-
all	0.20152	37448	-	-
obs	0.20152	37448	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.808 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→47.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3595	0	39	136	3770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	3711
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.505	1.991	4975
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.765	5	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.588	25.281	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.14	15	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.791	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.345	2	2264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.997	3	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.645	2	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.454	3	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.018→2.07 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	155	-
R_work	0.271	2602	-
obs	-	2757	94.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9215	1.1686	-1.0597	4.41	-0.7996	2.3728	0.2306	-0.122	0.2492	0.4082	-0.1036	0.2349	-0.2266	-0.046	-0.127	0.0582	-0.0037	0.0267	0.0136	-0.0234	0.4876	52.917	66.057	5.283
2	4.2061	0.6731	5.716	1.435	2.8577	12.2223	-0.6836	-0.2619	0.8546	-0.3509	-0.6087	0.8248	-1.7279	-1.7173	1.2923	0.9589	0.2267	-0.11	0.9886	-0.057	1.0178	47.862	68.463	-23.229
3	2.7478	0.8949	-1.2451	10.4534	-7.9301	18.7725	-0.0345	0.3643	-0.0153	0.1005	-0.1608	-0.4736	-0.3717	0.6996	0.1954	0.4697	-0.0932	0.0112	0.3094	-0.0932	0.4196	59.069	61.048	-31.05
4	3.0643	0.3686	-0.4556	3.6654	-0.2613	2.4627	0.003	0.0066	-0.0537	-0.2559	-0.0377	-0.2957	-0.0822	0.1629	0.0347	0.0225	-0.0034	0.0053	0.0118	-0.0106	0.4901	69.226	61.953	-6.591
5	0.1859	0.0793	1.6761	10.6221	-7.8355	23.8834	-0.1274	-0.0423	0.089	-0.663	0.3905	0.4931	-0.7211	-1.1857	-0.263	0.2332	0.0673	-0.0974	0.3374	0.0061	0.4732	55.048	63.898	-19.221
6	5.6427	5.6179	-1.0493	24.175	-3.7226	7.9403	-0.1174	0.0805	0.0408	-0.9093	-0.1467	0.9722	0.2042	-0.7606	0.2641	0.322	-0.0796	-0.0095	0.3757	-0.0107	0.2824	49.027	59.966	-32.73
7	2.8855	-0.6285	0.601	6.5988	0.6539	4.7298	0.0203	0.1389	0.1604	0.0663	-0.1059	-0.152	0.09	0.2207	0.0856	0.077	-0.0119	0.0303	0.0217	0.0359	0.4767	73.338	84.991	-12.468
8	5.4577	-5.2495	-2.3562	16.0475	0.577	7.4093	-0.0237	-0.4155	-0.154	0.4333	-0.6445	0.0579	0.6531	0.6084	0.6682	0.8413	0.2574	-0.0014	0.6984	0.1341	0.4309	94.2	82.137	-36.043
9	5.6507	1.7411	2.8635	15.0389	10.2758	21.6655	-0.1496	-0.6732	-0.3684	0.0925	0.137	0.5523	0.5599	-0.8891	0.0126	0.5348	0.0488	0.1325	0.3919	0.1452	0.4466	87.232	90.308	-48.27
10	4.1857	0.233	1.3406	8.1819	1.4684	4.8972	0.0701	0.7645	0.2656	-1.875	-0.2976	0.3491	-0.3558	-0.1939	0.2275	0.6707	0.0915	-0.0733	0.3101	0.1321	0.5381	68.152	90.421	-31.253
11	8.1545	-3.9468	-6.9701	17.1351	11.405	11.2402	0.4927	0.4425	0.2817	-0.1463	0.0654	-0.8074	0.3904	0.0891	-0.5581	0.7046	0.1093	0.1653	0.5797	0.148	0.5184	85.187	87.581	-34.603
12	2.7214	1.2513	1.4822	13.9423	1.2304	10.412	-0.2183	-0.6114	-0.1062	1.1458	0.1002	-0.695	0.2665	0.5979	0.1181	0.4833	0.1895	-0.0012	0.4661	0.0618	0.3649	97.031	90.154	-45.125

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	74 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	94 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	5 - 73
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	74 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	94 - 115
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	6 - 73
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	74 - 93
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	94 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 73
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	74 - 93
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	94 - 115

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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