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- PDB-7myl: Crystal structure of DfrA1 dihydrofolate reductase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7myl
タイトルCrystal structure of DfrA1 dihydrofolate reductase in complex with TRIMETHOPRIM
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Trimetoprim resistant dihydrofolate reductase / DfrA1
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIMETHOPRIM / dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Erlandsen, H. / Wright, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1 R01AI111957 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structure-guided functional studies of plasmid-encoded dihydrofolate reductases reveal a common mechanism of trimethoprim resistance in Gram-negative pathogens.
著者: Krucinska, J. / Lombardo, M.N. / Erlandsen, H. / Estrada, A. / Si, D. / Viswanathan, K. / Wright, D.L.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
C: Dihydrofolate reductase
D: Dihydrofolate reductase
E: Dihydrofolate reductase
F: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,40512
ポリマ－108,6646
非ポリマー1,7426
水88349
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子

D: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8024
ポリマ－36,2212
非ポリマー5812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
2
B: Dihydrofolate reductase
C: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8024
ポリマ－36,2212
非ポリマー5812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15110 Å2
手法PISA
3
E: Dihydrofolate reductase
F: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8024
ポリマ－36,2212
非ポリマー5812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.072, 72.890, 125.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Dihydrofolate reductase


分子量: 18110.588 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: dfrA1, AM447_11900, EXT45_00270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4GRC7, dihydrofolate reductase
#2: 化合物
ChemComp-TOP / TRIMETHOPRIM / トリメトプリム


分子量: 290.318 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 % / 解説: hexagonal crystals
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22% PEG3350, 0.1M Na-Cacodylate pH 6.5, 0.36M MgCl2 and 2 mM DTT
PH範囲: 6.1-5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→72.89 Å / Num. obs: 53224 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.206 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.905 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4327 / CC1/2: 0.558 / Rpim(I) all: 0.379 / Rrim(I) all: 0.983 / % possible all: 97.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ECC

5ecc


解像度: 2.15→63.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 8.427 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 2718 5.1 %RANDOM
Rwork0.2147 ---
obs0.2173 50486 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.6 Å2 / Biso mean: 29.331 Å2 / Biso min: 3.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å2-0.63 Å2
2--2.38 Å20 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→63.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7442 0 126 49 7617
Biso mean--26.73 16.63 -
残基数----940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0137749
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.63310519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.151.57817011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1535933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53824.011354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.029151314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2771524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021757
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 165 -
Rwork0.309 3755 -
all-3920 -
obs--97.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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