[日本語] English
万見
- PDB-7myg: M. tb Ag85C modified by THL-10d -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7myg
タイトルM. tb Ag85C modified by THL-10d
要素Diacylglycerol acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Mycolyltransferase / Alpha/Beta-hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose O-mycolyltransferase / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Diacylglycerol acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Sudasinghe, T.D. / Ronning, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI105084 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Total Synthesis of Tetrahydrolipstatin, Its Derivatives, and Evaluation of Their Ability to Potentiate Multiple Antibiotic Classes against Mycobacterium Species.
著者: Khan, S.S. / Sudasinghe, T.D. / Landgraf, A.D. / Ronning, D.R. / Sucheck, S.J.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diacylglycerol acyltransferase
B: Diacylglycerol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,47916
ポリマ－61,1902
非ポリマー1,28914
水2,198122
1
A: Diacylglycerol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2398
ポリマ－30,5951
非ポリマー6457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Diacylglycerol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2398
ポリマ－30,5951
非ポリマー6457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.458, 70.606, 68.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 259 or resid 261 through 282))
21(chain B and (resid 7 through 259 or resid 261 through 282))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTHRTHR(chain A and (resid 7 through 259 or resid 261 through 282))AA7 - 2593 - 255
12SERSERGLYGLY(chain A and (resid 7 through 259 or resid 261 through 282))AA261 - 282257 - 278
21PROPROTHRTHR(chain B and (resid 7 through 259 or resid 261 through 282))BB7 - 2593 - 255
22SERSERGLYGLY(chain B and (resid 7 through 259 or resid 261 through 282))BB261 - 282257 - 278

-
要素

#1: タンパク質 Diacylglycerol acyltransferase / Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85A / Diacylglycerol ...Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85A / Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C / Esterase family protein / Secreted antigen 85-C FbpC (85C) (Antigen 85 complex C) (Ag58C) (Mycolyl transferase 85C) (Fibronectin-binding protein C)


分子量: 30594.809 Da / 分子数: 2 / 変異: S152G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: fbpC, fbpC_1, DSI38_14625, E5M05_00190, E5M52_01085, E5M78_01085, ERS007657_00618, ERS007663_00913, ERS007665_00182, ERS007703_02124, ERS007722_01715, ERS007741_01210, ERS013471_00870, ...遺伝子: fbpC, fbpC_1, DSI38_14625, E5M05_00190, E5M52_01085, E5M78_01085, ERS007657_00618, ERS007663_00913, ERS007665_00182, ERS007703_02124, ERS007722_01715, ERS007741_01210, ERS013471_00870, ERS024276_00850, ERS027659_01767, ERS094182_00158, F6W99_02771, FRD82_05760, GCL30_02455, SAMEA2683035_00278
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045JX50, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8% v/v Tacsimate (pH 7.0) and 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→59.46 Å / Num. obs: 19458 / % possible obs: 97.98 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.822 / Net I/σ(I): 15.35
反射 シェル解像度: 2.51→2.6 Å / 冗長度: 5.2 % / Num. unique obs: 1920 / CC1/2: 0.222 / % possible all: 94.32

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DQZ

1dqz


解像度: 2.51→59.46 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 1947 10.13 %
Rwork0.1555 17279 -
obs0.1623 19226 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.39 Å2 / Biso mean: 28.7354 Å2 / Biso min: 13.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→59.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4145 0 84 122 4351
Biso mean--42.76 34.16 -
残基数----530
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2430X-RAY DIFFRACTION4.966TORSIONAL
12B2430X-RAY DIFFRACTION4.966TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.51-2.570.28581310.13991159129093
2.57-2.640.28931310.14191191132295
2.64-2.720.24421270.15081210133795
2.72-2.810.23981350.15081220135597
2.81-2.910.22571440.15451190133497
2.91-3.020.24321390.14941221136097
3.02-3.160.231300.15281236136698
3.16-3.330.18811400.14161245138599
3.33-3.530.22351410.135712591400100
3.53-3.810.19181370.144912661403100
3.81-4.190.22561470.157912651412100
4.19-4.80.21191460.16112561402100
4.8-6.040.19641380.181412831421100
6.04-59.460.2311610.17371278143999

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る