+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mwm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of MBD2 with DNA | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA binding protein-DNA complex / MBD / TAM / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / maternal behavior / NuRD complex / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / siRNA binding / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / cellular response to organic cyclic compound / positive regulation of Wnt signaling pathway ...satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / maternal behavior / NuRD complex / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / siRNA binding / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / cellular response to organic cyclic compound / positive regulation of Wnt signaling pathway / embryonic organ development / heterochromatin / response to mechanical stimulus / RNA Polymerase I Promoter Opening / response to nutrient levels / NoRC negatively regulates rRNA expression / Wnt signaling pathway / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, K. / Dong, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of MBD2 with DNA 著者: Liu, K. / Dong, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mwm.cif.gz | 132.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7mwm.ent.gz | 96.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mwm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mwm_validation.pdf.gz | 454.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7mwm_full_validation.pdf.gz | 456.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7mwm_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mwm_validation.cif.gz | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/7mwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/7mwm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8763.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 143-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBB5 #2: DNA鎖 | 分子量: 3677.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-UNX / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 % / Mosaicity: 0.16 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.96863 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.96863 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→41.81 Å / Num. obs: 86004 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 19.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 14.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6C2E 6c2e 解像度: 1.601→31.068 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.69 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.61 Å2 / Biso mean: 25.5719 Å2 / Biso min: 11.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.601→31.068 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|