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- PDB-7mwc: ERAP1 binds peptide C-terminus of a LPF sequence (AAAAFKARKF) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mwc
タイトルERAP1 binds peptide C-terminus of a LPF sequence (AAAAFKARKF)
要素Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1,LPF sequence
キーワードHYDROLASE / Antigen presentation / ERAP1 molecular ruler mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-1, type II receptor binding / interleukin-6 receptor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / metalloexopeptidase activity / regulation of innate immune response / peptide catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / fat cell differentiation / metalloaminopeptidase activity / membrane protein ectodomain proteolysis ...interleukin-1, type II receptor binding / interleukin-6 receptor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / metalloexopeptidase activity / regulation of innate immune response / peptide catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / fat cell differentiation / metalloaminopeptidase activity / membrane protein ectodomain proteolysis / aminopeptidase activity / peptide binding / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / endopeptidase activity / adaptive immune response / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy ...Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Guo, H.C. / Sui, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R15GM128152-01 米国
引用ジャーナル: Immunobiology / 年: 2021
タイトル: ERAP1 binds peptide C-termini of different sequences and/or lengths by a common recognition mechanism.
著者: Sui, L. / Guo, H.C.
履歴
登録2021年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1,LPF sequence
B: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1,LPF sequence
C: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1,LPF sequence
D: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1,LPF sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,8094
ポリマ－195,8094
非ポリマー00
水2,180121
1
A: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1,LPF sequence
D: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1,LPF sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9042
ポリマ－97,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1,LPF sequence
C: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1,LPF sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9042
ポリマ－97,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.030, 66.680, 121.710
Angle α, β, γ (deg.)90.070, 101.810, 90.050
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A615 - 930
2114B615 - 930
3114C615 - 930
4114D615 - 930

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.364028, 0.08576, -0.927431), (-0.034584, -0.99631, -0.078555), (-0.930746, 0.003478, 0.36565)147.709564, 35.911919, 53.395222
3given(0.364406, 0.085087, 0.927345), (0.035782, -0.996361, 0.077358), (0.930553, 0.004992, -0.366124)-26.6245, 53.971081, -48.072239
4given(-0.999992, -0.00369, -0.001491), (-0.003693, 0.999991, 0.002005), (0.001483, 0.002011, -0.999997)125.332352, -33.16573, 3.92606

-
要素

#1: タンパク質
Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1,LPF sequence / ARTS-1 / Adipocyte-derived leucine aminopeptidase / A-LAP / Aminopeptidase PILS / Puromycin- ...ARTS-1 / Adipocyte-derived leucine aminopeptidase / A-LAP / Aminopeptidase PILS / Puromycin-insensitive leucyl-specific aminopeptidase / PILS-AP / Type 1 tumor necrosis factor receptor shedding aminopeptidase regulator


分子量: 48952.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Some residues are missing or truncated to the beta carbon, due to poor local density
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: ERAP1, APPILS, ARTS1, KIAA0525, UNQ584/PRO1154
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NZ08, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ, EC: 3.4.1.1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Residues 529-941 are ERAP1, and residues 942-951 constitute the LPF sequence

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Tris, pH 8.5, 12% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→58.2 Å / Num. obs: 31557 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.25 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4503 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RJO

3rjo


解像度: 3→55.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / SU B: 34.767 / SU ML: 0.623 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.69 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1677 5.5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.244 28852 86.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 136.47 Å2 / Biso mean: 51.57 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.62 Å20.13 Å24.22 Å2
2---1.15 Å20 Å2
3----3.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→55.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12886 0 0 121 13007
Biso mean---26.54 -
残基数----1591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01913087
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6271.94617680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.069328838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.30351575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.10524.226594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.547152367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3561570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4687 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.820.5
BMEDIUM POSITIONAL0.720.5
CMEDIUM POSITIONAL0.70.5
DMEDIUM POSITIONAL0.70.5
AMEDIUM THERMAL6.892
BMEDIUM THERMAL6.192
CMEDIUM THERMAL6.372
DMEDIUM THERMAL5.912
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 123 -
Rwork0.384 2054 -
all-2177 -
obs--85.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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