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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mwc | ||||||
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タイトル | ERAP1 binds peptide C-terminus of a LPF sequence (AAAAFKARKF) | ||||||
![]() | Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1,LPF sequence | ||||||
![]() | HYDROLASE / Antigen presentation / ERAP1 molecular ruler mechanism | ||||||
機能・相同性 | ![]() interleukin-1, type II receptor binding / interleukin-6 receptor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / metalloexopeptidase activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / peptide catabolic process / regulation of innate immune response / fat cell differentiation / metalloaminopeptidase activity / membrane protein ectodomain proteolysis ...interleukin-1, type II receptor binding / interleukin-6 receptor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / metalloexopeptidase activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / peptide catabolic process / regulation of innate immune response / fat cell differentiation / metalloaminopeptidase activity / membrane protein ectodomain proteolysis / aminopeptidase activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / adaptive immune response / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, H.C. / Sui, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: ERAP1 binds peptide C-termini of different sequences and/or lengths by a common recognition mechanism. 著者: Sui, L. / Guo, H.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 324.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 263.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48952.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Some residues are missing or truncated to the beta carbon, due to poor local density 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ERAP1, APPILS, ARTS1, KIAA0525, UNQ584/PRO1154 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9NZ08, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ, EC: 3.4.1.1 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | Residues 529-941 are ERAP1, and residues 942-951 constitute the LPF sequence | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Tris, pH 8.5, 12% w/v PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→58.2 Å / Num. obs: 31557 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.25 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4503 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 87.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3RJO 解像度: 3→55.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / SU B: 34.767 / SU ML: 0.623 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.69 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 136.47 Å2 / Biso mean: 51.57 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→55.12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4687 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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