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- PDB-7mwa: Crystal structure of 2-octaprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase Ubi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mwa
タイトルCrystal structure of 2-octaprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase UbiH from Acinetobacter baumannii, apoenzyme
要素2-polyprenyl-6-methoxyphenol 4-hydroxylase
キーワードLYASE / 2-octaprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase / UBIH / UBIQUINONE BIOSYNTHESIS / FAD-BINDING STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASEES
機能・相同性
機能・相同性情報


2-octaprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase activity / ubiquinone biosynthetic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquinone biosynthesis hydroxylase UbiH/COQ6 / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Putative 2-polyprenyl-6-methoxyphenol 4-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Endres, M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: UbiH from Acinetobacter baumannii
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2021年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-polyprenyl-6-methoxyphenol 4-hydroxylase
B: 2-polyprenyl-6-methoxyphenol 4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4696
ポリマ－88,9872
非ポリマー4824
水6,900383
1
A: 2-polyprenyl-6-methoxyphenol 4-hydroxylase
ヘテロ分子

B: 2-polyprenyl-6-methoxyphenol 4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4696
ポリマ－88,9872
非ポリマー4824
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area5240 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area31680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.378, 71.680, 111.261
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-629-

HOH

21A-695-

HOH

31A-811-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-polyprenyl-6-methoxyphenol 4-hydroxylase / 2-octaprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase UbiH


分子量: 44493.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81
遺伝子: HMPREF0010_02947 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: D0CDW7
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate pH 5, 10% (w/v) PEG 20K. Cryoprotectant 25% (w/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.548 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.548 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 42324 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 52.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 12.33
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 1940 / CC1/2: 0.838 / Rpim(I) all: 0.318 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MrBUMP位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4k22

4k22


解像度: 2.6→30 Å / SU ML: 0.3132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.0206
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1999 4.74 %RANDOM
Rwork0.1999 40156 --
obs0.2021 42155 98.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5975 0 31 383 6389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00186109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49228280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413938
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00361085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.03412255
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.660.33171270.29572435X-RAY DIFFRACTION84.3
2.66-2.730.3541280.29572806X-RAY DIFFRACTION97.96
2.73-2.810.33061490.28042889X-RAY DIFFRACTION99.31
2.81-2.90.28931400.25412869X-RAY DIFFRACTION99.87
2.9-3.010.31631420.23332917X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.130.26521580.22712872X-RAY DIFFRACTION99.97
3.13-3.270.27121440.24052908X-RAY DIFFRACTION99.84
3.27-3.440.23381330.20052904X-RAY DIFFRACTION99.87
3.44-3.660.25091500.18892896X-RAY DIFFRACTION99.93
3.66-3.940.23051390.18962901X-RAY DIFFRACTION99.77
3.94-4.330.21441480.17212904X-RAY DIFFRACTION99.84
4.33-4.960.17791470.14962906X-RAY DIFFRACTION99.74
4.96-6.240.23811460.19242955X-RAY DIFFRACTION99.81
6.24-30.010.25421480.19152994X-RAY DIFFRACTION99.27
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.552508637481.374696393412.696291617212.062148363361.802221199344.77784172980.231423391412-0.719482406738-0.3220565307410.213410970685-0.1289563556150.2219909192770.357045841604-0.630623045899-0.07279889052840.359869317959-0.02915499345750.03114102109210.522701375620.1340979887270.48119000792547.70576888430.984196515743.5422734474
25.156375079190.226632311699-4.163956762441.598701499741.122814548254.36795126277-0.261150000134-0.291344403975-0.4490099587590.188424278753-0.102353579325-0.0137142161270.6996090462090.4288898801930.397083347580.32890436422-0.02973773111680.01316921217140.3310264361760.005669870499650.43449149439150.897262466724.904494855126.1191809388
33.300511319420.947120557434-0.898322848062.163700221630.7632512449033.004166312050.0810279042943-0.3338312511860.348298266224-0.03623667783380.2088436807520.305721691113-0.511150772299-0.783108733432-0.2716326718610.3407184569670.1359855932370.005716101506420.6110721753350.07778027488650.50315852849750.74708051847.621958467349.3967161813
42.398277520612.430170616621.312533126823.93378842620.8974617305552.10690708731-0.1718799503210.02481448760810.251353306904-0.2906765318180.07901766318630.112491526608-0.2154588653290.09549912607760.1019162369780.330899579654-0.03021309786390.06770135591690.3597671276010.018347073270.43146290390941.378338988234.455205680416.9719427196
50.741294009644-0.35355538438-0.05138476889530.6908427808390.8187066307421.67322031157-0.04006063034910.0123068661176-0.0510511484937-0.2343936903690.0713698498542-0.0826052679548-0.0715903673136-0.279789520423-0.02417532652580.365736356276-0.07280303065090.03976730427810.3895247460470.02969040328920.40900417958462.663639416140.420705281631.2372265976
63.36889013954-0.217912739324-0.559091435343.35175775328-1.239992704081.67657252670.05560326687030.588033851543-0.493913092423-0.760811465178-0.263132651421-0.4505170746380.5260640997030.1918654354060.2167744716440.5622295426970.09107863013840.04545983979180.56532799177-0.1492101594360.50911476500826.816819278933.893342884672.2426987784
74.801836784692.11204152494-5.163940057424.28457477228-4.874520608618.54836661768-0.1677593043820.337009738043-0.0536967627032-0.3563918274080.2890080401070.2863025197590.407232642331-0.554742454576-0.1012682062150.338578612332-0.0594845708468-0.01718287000390.335451552209-0.1280186432330.43495531193613.425951348927.745253355684.937299971
85.961212138530.452763077419-2.244793847153.680463816731.332230772216.805838067110.107067968029-0.0201481744130.170831159016-0.4202778794910.0197805879246-0.8746031056750.2313144136760.602584214615-0.1316311272190.3692649432760.1129907460460.101323077860.5918466634150.07936911336030.54084460907335.889764839147.325919969869.6433393987
91.732188945952.41977503959-0.1973373386047.73530456574-2.639708507291.516505076190.102541834301-0.216943298425-0.3786950720780.296324948869-0.259532730767-0.710145740070.06286626400140.2430218616070.1716272698210.3805399885150.03203095735730.03151039360120.456529516033-0.09743388612030.4478667093726.159273945223.605894301195.7077860297
101.946010093060.619255003699-1.355126869631.23411934579-1.024688563022.817871318960.0543832983039-0.249031719533-0.09760136482950.0626396172726-0.179461839346-0.0921385282260.209335478410.006121646379150.1346003532830.340052668431-0.0139926396053-0.0006362111058860.342079578781-0.07151899188630.33280434858519.25353449144.77527904390.4490082833
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 71 )AA3 - 711 - 69
22chain 'A' and (resid 72 through 127 )AA72 - 12770 - 125
33chain 'A' and (resid 128 through 191 )AA128 - 191126 - 189
44chain 'A' and (resid 192 through 284 )AA192 - 284190 - 282
55chain 'A' and (resid 285 through 385 )AA285 - 385283 - 383
66chain 'B' and (resid 3 through 59 )BB3 - 591 - 55
77chain 'B' and (resid 60 through 126 )BB60 - 12656 - 122
88chain 'B' and (resid 127 through 175 )BB127 - 175123 - 171
99chain 'B' and (resid 176 through 284 )BB176 - 284172 - 280
1010chain 'B' and (resid 285 through 385 )BB285 - 385281 - 381

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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