[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7mwa: Crystal structure of 2-octaprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase Ubi... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mwa | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of 2-octaprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase UbiH from Acinetobacter baumannii, apoenzyme | ||||||
![]() | 2-polyprenyl-6-methoxyphenol 4-hydroxylase | ||||||
![]() | LYASE / 2-octaprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase / UBIH / UBIQUINONE BIOSYNTHESIS / FAD-BINDING STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASEES | ||||||
Function / homology | Ubiquinone biosynthesis hydroxylase UbiH/COQ6 / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / ubiquinone biosynthetic process / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / CITRIC ACID / Putative 2-polyprenyl-6-methoxyphenol 4-hydroxylase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Endres, M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: UbiH from Acinetobacter baumannii Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 360.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 262.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 471.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 480.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4k22S S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 44493.742 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81 Gene: HMPREF0010_02947 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.91 Å3/Da / Density % sol: 68.54 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate pH 5, 10% (w/v) PEG 20K. Cryoprotectant 25% (w/v) ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 24, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.548 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→30 Å / Num. obs: 42324 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 52.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 12.33 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 1940 / CC1/2: 0.838 / Rpim(I) all: 0.318 / % possible all: 89.8 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4k22 Resolution: 2.6→30 Å / SU ML: 0.3132 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 26.0206 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 63.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|