PDB-7mu3: human carbonic anhydrase 9 mimic with compound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mu3

タイトル

human carbonic anhydrase 9 mimic with compound

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / human carbonic anhydrase II / drug discovery / privileged scaffolds

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Peat, T.S.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Privileged scaffolds in medicinal chemistry: Studies on pyrazolo[1,5-a]pyrimidines on sulfonamide containing Carbonic Anhydrase inhibitors.
著者: Gumus, A. / Bozdag, M. / Angeli, A. / Peat, T.S. / Carta, F. / Supuran, C.T. / Selleri, S.

履歴

登録	2021年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mu3.cif.gz	133.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mu3.ent.gz	99.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mu3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/7mu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/7mu3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g03S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ti0-d 3pjj-d 4e49-d 6e91-d 4jss-d 4q8x-d 1avn-d 6yzw-d 2cbe-d 3kon-d 5llh-d 4ruy-d 4zwy-d 5eh8-d 2h4n-d 6t4n-d 4m2w-d 4q87-d 6sks-d 4qiy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.016, 41.612, 72.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.844, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29226.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 6種, 278分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ZOA / ethyl (8R)-7-methyl-3-({[(4-sulfamoylphenyl)methyl]carbamothioyl}amino)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-6-carboxylate 分子量: 448.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀N₆O₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein at 5.9 mg/mL; 200 nL plus 200 nL drops with the reservoir being 2.7 M ammonium sulfate and 50 mM Tris buffer at pH 8.2 PH範囲: 8-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953733026981 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953733026981 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→41.61 Å / Num. obs: 52509 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / R_merge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 2048 / CC_1/2: 0.9 / R_pim(I) all: 0.205 / % possible all: 78.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5g03

5g03

解像度: 1.35→40.829 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.491 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1475	2575	4.906 %
R_work	0.1192	49917	-
all	0.121	-	-
obs	-	52492	98.486 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.032 Å²	0 Å²	0.625 Å²
2-	-	-0.157 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.163 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→40.829 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2060	0	57	271	2388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2375
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.651	1.658	3255
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.456	1.603	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.83	5	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.142	24.159	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.275	15	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.302	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	531
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.291	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.319	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.076	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.54	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.616	1.338	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.602	1.335	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.101	2.013	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.101	2.015	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.204	1.633	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.199	1.626	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.623	2.337	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.614	2.323	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.168	27.017	10527
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.027	26.52	10301
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.493	3	4551

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.385	0.216	158	0.192	3027	X-RAY DIFFRACTION	81.6248
1.385-1.423	0.196	201	0.161	3508	X-RAY DIFFRACTION	98.2517
1.423-1.464	0.152	184	0.137	3559	X-RAY DIFFRACTION	99.9733
1.464-1.509	0.149	169	0.105	3439	X-RAY DIFFRACTION	99.9723
1.509-1.559	0.148	169	0.103	3338	X-RAY DIFFRACTION	100
1.559-1.613	0.133	179	0.092	3210	X-RAY DIFFRACTION	99.9705
1.613-1.674	0.124	123	0.097	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
1.674-1.743	0.155	164	0.098	2972	X-RAY DIFFRACTION	99.9044
1.743-1.82	0.132	155	0.099	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.909	0.113	113	0.096	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.9656
1.909-2.012	0.138	130	0.1	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.012-2.134	0.13	108	0.107	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.134-2.281	0.125	119	0.103	2341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.281-2.464	0.134	135	0.11	2171	X-RAY DIFFRACTION	99.9133
2.464-2.699	0.146	115	0.123	1973	X-RAY DIFFRACTION	99.8565
2.699-3.016	0.158	105	0.133	1824	X-RAY DIFFRACTION	100
3.016-3.482	0.16	93	0.131	1589	X-RAY DIFFRACTION	99.7036
3.482-4.262	0.13	71	0.121	1370	X-RAY DIFFRACTION	99.7232
4.262-6.016	0.179	52	0.142	1076	X-RAY DIFFRACTION	100
6.016-40.829	0.216	32	0.192	611	X-RAY DIFFRACTION	99.5356

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