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- PDB-7mu0: MtbEttA in the ADP bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mu0
タイトルMtbEttA in the ADP bound state
要素Energy-dependent translational throttle protein EttA
キーワードHYDROLASE / mycobacterium tuberculosis / ribosome / ABCF ribosome complex / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of translational elongation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / peptidoglycan-based cell wall / ribosome binding / tRNA binding / rRNA binding / translation / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Energy-dependent translational throttle protein EttA / ABC-transporter extension domain / ABC transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities ...Energy-dependent translational throttle protein EttA / ABC-transporter extension domain / ABC transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Energy-dependent translational throttle protein EttA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cui, Z. / Zhang, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI095208 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U24GM116787 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Interplay between an ATP-binding cassette F protein and the ribosome from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Zhicheng Cui / Xiaojun Li / Joonyoung Shin / Howard Gamper / Ya-Ming Hou / James C Sacchettini / Junjie Zhang /
要旨: EttA, energy-dependent translational throttle A, is a ribosomal factor that gates ribosome entry into the translation elongation cycle. A detailed understanding of its mechanism of action is limited ...EttA, energy-dependent translational throttle A, is a ribosomal factor that gates ribosome entry into the translation elongation cycle. A detailed understanding of its mechanism of action is limited due to the lack of high-resolution structures along its ATPase cycle. Here we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of EttA from Mycobacterium tuberculosis (Mtb), referred to as MtbEttA, in complex with the Mtb 70S ribosome initiation complex (70SIC) at the pre-hydrolysis (ADPNP) and transition (ADP-VO) states, and the crystal structure of MtbEttA alone in the post-hydrolysis (ADP) state. We observe that MtbEttA binds the E-site of the Mtb 70SIC, remodeling the P-site tRNA and the ribosomal intersubunit bridge B7a during the ribosomal ratcheting. In return, the rotation of the 30S causes conformational changes in MtbEttA, forcing the two nucleotide-binding sites (NBSs) to alternate to engage each ADPNP in the pre-hydrolysis states, followed by complete engagements of both ADP-VO molecules in the ATP-hydrolysis transition states. In the post-hydrolysis state, the conserved ATP-hydrolysis motifs of MtbEttA dissociate from both ADP molecules, leaving two nucleotide-binding domains (NBDs) in an open conformation. These structures reveal a dynamic interplay between MtbEttA and the Mtb ribosome, providing insights into the mechanism of translational regulation by EttA-like proteins.
履歴
登録2021年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Energy-dependent translational throttle protein EttA
B: Energy-dependent translational throttle protein EttA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,75210
ポリマ－123,9462
非ポリマー1,8068
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area50540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.060, 106.960, 269.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 4 through 602)
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 through 551 or resid 601 through 602))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PHETHRA2 - 549
d_12ens_1ADPADPB
d_13ens_1ADPADPC
d_21ens_1PHETHRD1 - 548
d_22ens_1ADPADPE
d_23ens_1ADPADPF

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999098351545, -0.0420029622425, 0.00618345388994), (-0.0423581585359, 0.996040194888, -0.0781646759939), (-0.00287582068315, -0.0783561186548, -0.996921284919) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999098351545, -0.0420029622425, 0.00618345388994), (-0.0423581585359, 0.996040194888, -0.0781646759939), (-0.00287582068315, -0.0783561186548, -0.996921284919)
ベクター: 52.4726915104, 6.64220633757, 144.484277489)

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要素

#1: タンパク質 Energy-dependent translational throttle protein EttA / Translational regulatory factor EttA


分子量: 61972.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ettA, Rv2477c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WQK3, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES, 0.2M MgCl2, 10% PEG 4000 / PH範囲: 6.0-6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50.06 Å / Num. obs: 33131 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 67.88 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.16
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / Num. unique obs: 3255 / CC1/2: 0.553

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX0.9精密化
REFMAC1.19.1_4122精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FIN

4fin


解像度: 2.9→50.06 Å / SU ML: 0.4457 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1454
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 1646 4.97 %
Rwork0.2003 31456 -
obs0.2026 33102 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8573 0 112 0 8685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00288850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.736612009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04371320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00531568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.87763319
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 7.87726721023 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.990.42141560.33992563X-RAY DIFFRACTION99.74
2.99-3.080.33941340.29172561X-RAY DIFFRACTION99.81
3.08-3.190.31881310.26132586X-RAY DIFFRACTION99.74
3.19-3.320.29871330.24652576X-RAY DIFFRACTION99.96
3.32-3.470.26861270.23512587X-RAY DIFFRACTION99.93
3.47-3.650.28041360.22372582X-RAY DIFFRACTION99.89
3.65-3.880.25211100.20272627X-RAY DIFFRACTION99.82
3.88-4.180.241390.1862625X-RAY DIFFRACTION99.93
4.18-4.60.23011590.16542599X-RAY DIFFRACTION100
4.6-5.270.181270.15962641X-RAY DIFFRACTION99.93
5.27-6.630.23441460.19542679X-RAY DIFFRACTION99.89
6.63-50.060.21071480.17562830X-RAY DIFFRACTION99.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88975602074-0.2659737167570.620285509223.035023486610.28779984693.36299083225-0.01698680593050.2322212664910.432632488818-0.00753393959879-0.09638859141030.220081228606-0.1072356510530.2021495077290.1561779722760.330848205-0.011110997471-0.01815358054610.327295766270.02348717759530.31243164123623.450288103580.824894830491.3632059797
20.731195964866-0.618870408828-1.213905637142.003003664812.034712063933.728399462750.153533008927-0.5586951756650.4045689024680.9549248458340.0195238176122-0.0335555781431-0.6370890362350.302467500586-0.04215325570431.11106601703-0.02181963335330.09297852859190.725609769479-0.1095418826350.53767770231925.626112292780.9218917259121.740595573
30.194190560232-0.275002996234-0.32244674581.326936446581.135219872290.838367046883-0.05538876443950.0940129667808-0.03407706525580.106025569824-0.02478254590940.08843342488340.0610202588036-0.0535189446890.09952133515890.371415433318-0.00837221612070.03171561047790.442550490739-0.003916599341660.37650088428323.643301914862.086100244787.6622427326
41.51997190829-0.338612535174-1.002133620941.289218670390.2307065223921.45088644474-0.0591690623132-0.08334991000110.0619594931379-0.150720777006-0.003221519906190.161870195797-0.0201709941959-0.09644217000980.03862053498710.331177491048-0.019568570838-0.08766255215860.35361921978-0.05556183038830.4147256198254.1478005345349.842364907143.0972378909
52.583014553060.1421118015641.3935051072.43313321039-0.3981921266832.0536494304-0.586666324909-0.2206491452721.19448772223-0.367577981349-0.1300357824290.15503743268-1.03120299830.1645831185570.4596451955191.0993646423-0.0151365178328-0.184824819830.454369623036-0.05123706276230.76995449562426.28689286777.30079981345.2668024388
61.91213420403-0.166998673724-0.2049810178613.00918208311-1.342009119914.777414695280.746223807745-0.8267976888140.122638232154-0.284423815543-0.515330594179-0.210806959204-1.253096076090.0454605653675-0.05433078632472.027923788-0.127414837610.1012913516140.9920626267730.1475441235490.7954312433132.115727564582.43426133137.42680851073
72.98256509856-0.3080646064821.025320915712.34949387341-0.1846640957992.61417960283-0.3888282150590.1787479190320.51960504027-0.914022098610.2043754719680.527033195369-0.573036379111-0.0164289282759-0.01191941464510.778645301546-0.0101718037246-0.1682795585790.4126910459220.0623312670070.55849183474621.185361396368.527965451930.7094536624
80.233771689020.347009038849-0.802327548570.794280325498-0.4790810122742.637641816530.0979086387816-0.177460165263-0.2087493587690.259877858437-0.145483959107-0.230024497028-0.2228116037950.3322289313930.01247460955730.408891610155-0.0289645876244-0.1177242957620.5624312173950.0008574731888320.49490311484229.050424588955.755496377262.8140852089
92.157905507590.706899678278-0.7353064766130.7428031177160.0406031289092.01821243141-0.0940385223909-0.214074972733-0.3500108818590.3127765505290.135547724946-0.1655759183320.2216588885530.162997300686-0.02483682915840.4329952670050.117086477636-0.06723602921390.3623174800160.01362282298580.47383838230146.084331297853.752244851896.7689709738
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 84 )AA3 - 841 - 82
22chain 'A' and (resid 85 through 176 )AA85 - 17683 - 174
33chain 'A' and (resid 177 through 273 )AA177 - 273175 - 271
44chain 'A' and (resid 274 through 549 )AA274 - 549272 - 547
55chain 'B' and (resid 4 through 95 )BD4 - 951 - 92
66chain 'B' and (resid 96 through 130 )BD96 - 13093 - 127
77chain 'B' and (resid 131 through 215 )BD131 - 215128 - 212
88chain 'B' and (resid 216 through 274 )BD216 - 274213 - 271
99chain 'B' and (resid 275 through 549 )BD275 - 549272 - 546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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