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- PDB-7msu: Crystal structure of an archaeal CNNM, MtCorB, CBS-pair domain in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7msu
タイトルCrystal structure of an archaeal CNNM, MtCorB, CBS-pair domain in complex with Mg2+-ATP
要素Hemolysin, contains CBS domains
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CorB / CNNM / DUF21 / magnesium transporter / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. ...Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Hemolysin, contains CBS domains
類似検索 - 構成要素
生物種Methanoculleus thermophilus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Chen, Y.S. / Gehring, K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2020-07195 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of an archaeal CorB magnesium transporter.
著者: Chen, Y.S. / Kozlov, G. / Moeller, B.E. / Rohaim, A. / Fakih, R. / Roux, B. / Burke, J.E. / Gehring, K.
履歴
登録2021年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2021年6月16日ID: 7LJ6
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin, contains CBS domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8305
ポリマ－15,2121
非ポリマー6184
水1,00956
1
A: Hemolysin, contains CBS domains
ヘテロ分子

A: Hemolysin, contains CBS domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,66010
ポリマ－30,4252
非ポリマー1,2368
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.100, 52.100, 112.284
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

MG

21A-529-

HOH

31A-553-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin, contains CBS domains


分子量: 15212.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanoculleus thermophilus (古細菌)
遺伝子: SAMN04488571_101329 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A1G8XA46
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MOPS, pH 7.0; 9% PEG 8000; 20 mM MgCl2, 5 mM ATP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 11974 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 22 % / Biso Wilson estimate: 24.01 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 38.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 12.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 294 / CC1/2: 0.721 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000v720データ削減
HKL-2000v720データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YZ2

5yz2


解像度: 2.07→38.19 Å / SU ML: 0.2655 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.2179
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2517 601 5.02 %
Rwork0.206 11369 -
obs0.2083 11970 66.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→38.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数930 0 37 56 1023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0017978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54191335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.021341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.280.2763670.25311281X-RAY DIFFRACTION30.09
2.28-2.610.34641190.24812260X-RAY DIFFRACTION53.34
2.61-3.290.22291830.21483575X-RAY DIFFRACTION84.18
3.29-38.190.24392320.18984253X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.4148336107 Å / Origin y: -9.85326114007 Å / Origin z: -3.16444258 Å
111213212223313233
T0.137857412517 Å20.0261138735591 Å20.0695205941717 Å2-0.399779513185 Å20.0301408973382 Å2--0.23487970648 Å2
L0.549112507789 °20.0576008462619 °2-0.120351226288 °2-0.281037031875 °20.252917614052 °2--0.44528882517 °2
S0.140530210982 Å °0.00990749859315 Å °0.173888610292 Å °-0.0798853692139 Å °0.0194215750072 Å °-0.124491983986 Å °-0.126667644096 Å °-0.042129524262 Å °0.00549688255522 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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