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- PDB-7m1u: Crystal structure of an archaeal CNNM, MtCorB, R235L mutant with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m1u
タイトルCrystal structure of an archaeal CNNM, MtCorB, R235L mutant with C-terminal deletion
要素Hemolysin, contains CBS domains
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CorB / CNNM / DUF21 / magnesium transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. ...Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemolysin, contains CBS domains
類似検索 - 構成要素
生物種Methanoculleus thermophilus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Chen, Y.S. / Kozlov, G. / Gehring, K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2020-07195 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of an archaeal CorB magnesium transporter.
著者: Chen, Y.S. / Kozlov, G. / Moeller, B.E. / Rohaim, A. / Fakih, R. / Roux, B. / Burke, J.E. / Gehring, K.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2021年6月16日ID: 7LJ8
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin, contains CBS domains
B: Hemolysin, contains CBS domains


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1822
ポリマ－73,1822
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area29940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.168, 124.024, 86.261
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.813, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin, contains CBS domains


分子量: 36591.164 Da / 分子数: 2 / 変異: R235L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanoculleus thermophilus (古細菌)
遺伝子: SAMN04488571_101329 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A1G8XA46

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5; 50 mM Li2SO4; 11% PEG4000; 10 mM MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.52154 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月14日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.52154 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 15203 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.965 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 152 / CC1/2: 0.51 / % possible all: 78.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000v7.20データ削減
HKL-2000v7.20データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LJ6, 7LJ7

7lj6
PDB 未公開エントリ

7lj7
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.8→46.27 Å / SU ML: 0.6517 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.632
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 741 4.9 %
Rwork0.2426 14372 -
obs0.2448 10821 53.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→46.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4289 0 0 0 4289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00234340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43825944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0374795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0027746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2171424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-4.10.3275500.2683964X-RAY DIFFRACTION17.88
4.1-4.510.2824890.23721746X-RAY DIFFRACTION32.43
4.51-5.160.26021250.21322219X-RAY DIFFRACTION41.2
5.16-6.50.35272020.26784067X-RAY DIFFRACTION75.79
6.5-46.270.25762750.23925376X-RAY DIFFRACTION99.28
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.7023134885 Å / Origin y: -30.0606052659 Å / Origin z: 23.9817900124 Å
111213212223313233
T0.633406380267 Å2-0.161621211985 Å2-0.0497215702869 Å2-0.880499039805 Å20.213168678047 Å2--0.626159223487 Å2
L0.720134707771 °2-0.534531863165 °20.0404677884708 °2-0.678996176286 °20.155788694607 °2--0.122841075342 °2
S0.0114315532564 Å °-0.15799547717 Å °-0.184172816174 Å °-0.181697482535 Å °0.0486718623698 Å °0.249748335253 Å °0.157468704409 Å °0.0645026804083 Å °-0.100869067574 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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