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- PDB-7mso: Crystal Structure of Polo Box Domain in Complex with Cyclic Pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mso
タイトルCrystal Structure of Polo Box Domain in Complex with Cyclic Peptide Inhibitor
要素
  • Cyclic Peptide Inhibitor ZO1-GLN-SER-TPO-45W-MLL
  • Serine/threonine-protein kinase PLK1
キーワードTRANSFERASE/Inhibitor / phosphopeptide binding domain / TRANSFERASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / synaptonemal complex disassembly / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / polo kinase / mitotic nuclear membrane disassembly / homologous chromosome segregation / protein localization to nuclear envelope / Phosphorylation of Emi1 ...Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / synaptonemal complex disassembly / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / polo kinase / mitotic nuclear membrane disassembly / homologous chromosome segregation / protein localization to nuclear envelope / Phosphorylation of Emi1 / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / female meiosis chromosome segregation / nuclear membrane disassembly / synaptonemal complex / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / Golgi inheritance / outer kinetochore / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / microtubule bundle formation / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / mitotic chromosome condensation / Polo-like kinase mediated events / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / regulation of mitotic spindle assembly / centrosome cycle / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / sister chromatid cohesion / regulation of mitotic cell cycle phase transition / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic spindle pole / spindle midzone / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / mitotic cytokinesis / positive regulation of proteolysis / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / protein localization to chromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of mitotic cell cycle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Condensation of Prophase Chromosomes / AURKA Activation by TPX2 / regulation of cytokinesis / mitotic spindle organization / establishment of protein localization / RHO GTPases Activate Formins / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / protein destabilization / peptidyl-serine phosphorylation / kinetochore / positive regulation of protein localization to nucleus / centriolar satellite / G2/M transition of mitotic cell cycle / spindle / spindle pole / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / double-strand break repair / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / protein phosphorylation / protein kinase activity / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein kinase PLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lim, D.C. / Yaffe, M.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R35-ES028374 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Novel Macrocyclic Peptidomimetics Targeting the Polo-Box Domain of Polo-Like Kinase 1.
著者: Ryu, S. / Park, J.E. / Ham, Y.J. / Lim, D.C. / Kwiatkowski, N.P. / Kim, D.H. / Bhunia, D. / Kim, N.D. / Yaffe, M.B. / Son, W. / Kim, N. / Choi, T.I. / Swain, P. / Kim, C.H. / Lee, J.Y. / ...著者: Ryu, S. / Park, J.E. / Ham, Y.J. / Lim, D.C. / Kwiatkowski, N.P. / Kim, D.H. / Bhunia, D. / Kim, N.D. / Yaffe, M.B. / Son, W. / Kim, N. / Choi, T.I. / Swain, P. / Kim, C.H. / Lee, J.Y. / Gray, N.S. / Lee, K.S. / Sim, T.
履歴
登録2021年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
B: Serine/threonine-protein kinase PLK1
E: Cyclic Peptide Inhibitor ZO1-GLN-SER-TPO-45W-MLL
F: Cyclic Peptide Inhibitor ZO1-GLN-SER-TPO-45W-MLL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2804
ポリマ－56,2804
非ポリマー00
水5,909328
1
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
E: Cyclic Peptide Inhibitor ZO1-GLN-SER-TPO-45W-MLL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1402
ポリマ－28,1402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase PLK1
F: Cyclic Peptide Inhibitor ZO1-GLN-SER-TPO-45W-MLL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1402
ポリマ－28,1402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.282, 64.652, 70.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK1 / Polo-like kinase 1 / PLK-1 / Serine/threonine-protein kinase 13 / STPK13


分子量: 27285.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK1, PLK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: P53350, polo kinase
#2: タンパク質・ペプチド Cyclic Peptide Inhibitor ZO1-GLN-SER-TPO-45W-MLL


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 854.761 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002479
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 % / Mosaicity: 0.5 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 2.75 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→15 Å / Num. obs: 43552 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 26.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.923.80.3842821.011198.7
1.92-1.993.80.27242861.008198.9
1.99-2.084.10.19343091.005198.9
2.08-2.194.20.14243630.976199.5
2.19-2.334.20.11243541.033199.7
2.33-2.514.20.09943581.042199.9
2.51-2.764.30.0843541.0441100
2.76-3.164.30.0643961.0311100
3.16-3.964.30.04943980.997199.9
3.96-154.20.04644521.025199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FVH

3fvh


解像度: 1.85→14.83 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 2003 4.6 %
Rwork0.1629 41516 -
obs0.165 43519 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.31 Å2 / Biso mean: 32.3968 Å2 / Biso min: 13.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→14.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3539 0 1634 328 5501
Biso mean--29.84 39.99 -
残基数----254
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.90.25661400.20992851299198
1.9-1.950.24741520.19322932308499
1.95-20.25811410.17492931307299
2-2.070.23411360.16452980311699
2.07-2.140.20481480.1482924307299
2.14-2.230.18721470.14932967311499
2.23-2.330.20221280.151729943122100
2.33-2.450.20721430.167129653108100
2.45-2.60.24711450.174629773122100
2.6-2.80.25561410.178929973138100
2.8-3.080.22671510.171929793130100
3.08-3.520.22011410.155929873128100
3.52-4.420.18481450.139530173162100
4.42-14.830.17331450.17473015316099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4410.402-0.02091.2549-0.41770.6012-0.28750.3262-0.1129-0.47510.09920.31950.1708-0.1134-0.00460.40660.0341-0.08990.3015-0.03370.2712-13.0616-2.765925.2301
20.11830.130.12340.14440.05850.1553-0.0751-0.5009-0.13160.2680.25960.32970.0442-0.01340.00010.31110.02880.01250.2839-0.03980.3546-14.6031-9.706137.8682
31.305-0.31830.27440.2410.5740.50570.06450.0047-0.13950.04060.0027-0.1440.00990.125500.17830.02160.00930.2060.02450.245513.34290.271440.3746
41.10940.84430.40282.86750.39840.4403-0.30170.1978-1.4359-1.14490.1877-0.40350.4960.2088-0.04850.30920.1237-0.06190.4057-0.07920.561422.5672-6.724432.8198
50.33740.0251-0.12180.00930.01010.0541-0.1431-0.20360.1984-0.0599-0.0308-0.3373-0.0808-0.0652-0.15480.20190.2083-0.01570.78740.15590.64228.9679-5.975844.9586
60.36150.485-0.06750.56530.62450.09430.0355-0.48090.03280.10760.1056-0.2029-0.06220.35970.00220.19480.02070.01320.34950.00150.28219.76464.878746.212
70.0985-0.1087-0.04680.0740.10950.12740.0951-0.11770.0142-0.0062-0.39670.13450.2567-0.1156-0.00060.3057-0.02920.03190.24670.01490.1988-0.0617-2.330448.9942
80.01770.0311-0.00010.04580.00090.0095-0.02020.1523-0.8696-0.0803-0.237-0.55960.043-0.04310.00070.31220.03310.08350.3031-0.01250.507911.3484-9.327135.6977
90.96380.68760.16040.5109-0.46630.5822-0.02920.15340.0671-0.1585-0.05790.01290.05530.1234-0.00040.25320.03920.00070.21230.00450.17463.84274.395832.6549
101.56360.5626-0.29750.4586-0.34560.34830.1212-0.13910.0757-0.0342-0.0796-0.05970.0771-0.02660.00010.23310.0237-0.02280.2325-0.02950.1961-6.24790.814438.4373
111.36120.29640.54191.65210.21280.3973-0.0285-0.06130.1345-0.1089-0.0090.3685-0.01460.00830.00010.28780.025-0.0260.2345-0.00880.2242-10.10680.177830.0842
120.5285-0.4566-0.09740.51970.40210.4547-0.4234-0.20510.20930.33930.272-0.17260.1920.012-0.01350.33980.0324-0.05880.30360.01030.245965.6851-1.08980.1243
130.1242-0.03810.13020.16710.08220.082-0.57220.3063-0.0028-0.66130.3802-0.01830.19660.17180.0010.3133-0.02770.040.27460.04030.335667.2984-8.520168.1476
142.03920.1047-0.47220.5155-0.19630.97250.01860.0017-0.249-0.01670.02610.12110.0703-0.15220.00010.1693-0.0231-0.01260.1881-0.00970.246436.7181-0.21766.0225
150.4925-0.5279-0.24690.5416-0.29540.0013-0.05030.50630.0223-0.13690.13340.1747-0.0229-0.31010.00070.1737-0.007-0.01720.34520.00110.242132.65985.435458.8697
160.09680.0740.01410.0228-0.06240.23560.3453-0.0025-0.0622-0.5433-0.4841-0.07240.23360.14990.00030.28880.0327-0.00340.24430.00140.18652.7239-1.992856.5883
170.3273-0.05830.38320.27670.19470.6603-0.17310.1134-0.17170.05960.46390.50850.6576-0.04520.06810.45-0.0570.00030.2206-0.00630.363143.9492-12.272566.9658
180.9059-0.47010.49290.37020.08160.5345-0.0441-0.21210.00470.0988-0.02190.03440.0511-0.0261-00.2142-0.01730.0070.1972-0.00810.163948.83855.710972.3212
191.6026-0.2430.10610.26010.2970.48920.11380.13610.01230.1093-0.04970.05210.05480.071-0.00010.2164-0.00510.00430.21460.02930.199958.76831.474167.0327
201.465-0.41150.17391.3449-0.29070.5999-0.1053-0.03940.12040.01940.0546-0.2128-0.1052-0.0539-00.2857-0.0019-0.02730.23670.00860.231461.77821.930275.7955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 373 through 396 )A373 - 396
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 397 through 405 )A397 - 405
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 406 through 454 )A406 - 454
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 455 through 464 )A455 - 464
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 465 through 469 )A465 - 469
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 470 through 489 )A470 - 489
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 490 through 499 )A490 - 499
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 506 through 510 )A506 - 510
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 511 through 534 )A511 - 534
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 535 through 558 )A535 - 558
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 559 through 592 )A559 - 592
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 373 through 396 )B373 - 396
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 397 through 405 )B397 - 405
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 406 through 469 )B406 - 469
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 470 through 489 )B470 - 489
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 490 through 499 )B490 - 499
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 501 through 510 )B501 - 510
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 511 through 534 )B511 - 534
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 535 through 558 )B535 - 558
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 559 through 594 )B559 - 594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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