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万見
- PDB-7mrj: Crystal structure of a novel ubiquitin-like TINCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mrj
タイトルCrystal structure of a novel ubiquitin-like TINCR
要素Ubiquitin domain-containing protein TINCR
キーワードUNKNOWN FUNCTION / novel ubiquitin-like protein
機能・相同性Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / ACETATE ION / TINCR ubiquitin domain containing
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Forouhar, F. / Morgado-Palacin, L. / Brown, J.A. / Martinez, T. / Pedrero, J.M.G. / Reglero, C. / Chaudhry, I. / Vaughan, J. / Rodriguez-Perales, S. / Allonca, E. ...Forouhar, F. / Morgado-Palacin, L. / Brown, J.A. / Martinez, T. / Pedrero, J.M.G. / Reglero, C. / Chaudhry, I. / Vaughan, J. / Rodriguez-Perales, S. / Allonca, E. / Granda-Diaz, R. / Quinn, S.A. / Fernandez, A.F. / Fraga, M.F. / Kim, A.L. / Santos-Juanes, J. / Owens, D.M. / Rodrigo, J.P. / Saghatelian, A. / Ferrando, A.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA210065 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The TINCR ubiquitin-like microprotein is a tumor suppressor in squamous cell carcinoma.
著者: Morgado-Palacin, L. / Brown, J.A. / Martinez, T.F. / Garcia-Pedrero, J.M. / Forouhar, F. / Quinn, S.A. / Reglero, C. / Vaughan, J. / Heydary, Y.H. / Donaldson, C. / Rodriguez-Perales, S. / ...著者: Morgado-Palacin, L. / Brown, J.A. / Martinez, T.F. / Garcia-Pedrero, J.M. / Forouhar, F. / Quinn, S.A. / Reglero, C. / Vaughan, J. / Heydary, Y.H. / Donaldson, C. / Rodriguez-Perales, S. / Allonca, E. / Granda-Diaz, R. / Fernandez, A.F. / Fraga, M.F. / Kim, A.L. / Santos-Juanes, J. / Owens, D.M. / Rodrigo, J.P. / Saghatelian, A. / Ferrando, A.A.
履歴
登録2021年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年6月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin domain-containing protein TINCR
B: Ubiquitin domain-containing protein TINCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2765
ポリマ－24,0892
非ポリマー1873
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.676, 67.676, 89.528
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin domain-containing protein TINCR


分子量: 12044.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TINCR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B0GVN0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Magnesium sulfate heptahydrate, 0.1 M Sodium Acetate, and 20% (w/v) PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→53.99 Å / Num. obs: 12340 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.4 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.12→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 1186 / CC1/2: 0.83 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HWI

4hwi


解像度: 2.12→53.99 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2362 1224 9.92 %
Rwork0.1882 11116 -
obs0.1928 12340 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.04 Å2 / Biso mean: 55.2554 Å2 / Biso min: 25.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→53.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1304 0 11 87 1402
Biso mean--77.41 55.22 -
残基数----160
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.12-2.210.33661390.257911861325
2.21-2.310.29711440.239312121356
2.31-2.430.27791260.23612111337
2.43-2.580.33681330.265612101343
2.58-2.780.30331270.243712151342
2.78-3.060.2521550.188912121367
3.06-3.50.21281210.186412541375
3.5-4.410.21181350.158412561391
4.41-53.990.19741440.163313601504
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.3715 Å / Origin y: -6.4594 Å / Origin z: -9.1476 Å
111213212223313233
T0.284 Å2-0.026 Å2-0.0233 Å2-0.3418 Å20.027 Å2--0.3225 Å2
L0.474 °2-0.4852 °2-0.1598 °2-0.5681 °2-0.2048 °2--1.2829 °2
S-0.0565 Å °0.0369 Å °-0.1628 Å °-0.0035 Å °0.0603 Å °0.0517 Å °0.0836 Å °-0.2439 Å °0.0071 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 86
2X-RAY DIFFRACTION1allB12 - 86
3X-RAY DIFFRACTION1allA101 - 103
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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