PDB-7mqn: Crystal structure of class C beta lactamase from Rhodobacter spha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mqn

タイトル

Crystal structure of class C beta lactamase from Rhodobacter sphaeroides

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase / AmpC / structural genomics / anti / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of class C beta lactamase from Rhodobacter sphaeroides
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2021年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mqn.cif.gz	284.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mqn.ent.gz	229.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mqn_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mqn_full_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示
XML形式データ	7mqn_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	7mqn_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6njkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o86-1 4u0t-6 5gsc-2 6tzh-3 1ke0-2 5e2g-1 5chj-1 4kg5-4 6yeo-3 5za2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97225

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

76.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.978, 72.090, 115.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 132.790, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 37937.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) 株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: ampC, RSP_3749 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3IVS9, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.12 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.2, 1.6M Sodium phosphate dibasic, 0.4M potassium phosphate monobasic

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97913 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97913 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 49810 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 30.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.119 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.138 / Χ²: 0.829 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 185389

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	3.8	0.665	2472	0.708	0.388	0.772	0.772	99
2.24-2.28	3.8	0.529	2464	0.686	0.313	0.617	0.934	99
2.28-2.32	3.8	0.514	2502	0.861	0.3	0.597	0.752	99.1
2.32-2.37	3.7	0.419	2470	0.87	0.246	0.487	0.737	99
2.37-2.42	3.8	0.363	2470	0.885	0.211	0.421	0.769	98.4
2.42-2.48	3.8	0.328	2493	0.893	0.191	0.381	0.787	98.6
2.48-2.54	3.7	0.304	2444	0.915	0.178	0.353	0.805	99
2.54-2.61	3.7	0.253	2507	0.931	0.149	0.294	0.786	99.4
2.61-2.69	3.7	0.221	2491	0.938	0.13	0.258	0.834	99.4
2.69-2.77	3.5	0.196	2452	0.941	0.119	0.23	0.859	97.7
2.77-2.87	3.5	0.177	2461	0.957	0.107	0.208	0.897	97.6
2.87-2.99	3.9	0.144	2486	0.971	0.082	0.166	0.877	99.4
2.99-3.12	3.8	0.131	2506	0.973	0.074	0.151	0.886	99.5
3.12-3.29	3.8	0.116	2518	0.977	0.066	0.134	0.952	99.5
3.29-3.49	3.8	0.104	2487	0.98	0.059	0.12	0.945	99.3
3.49-3.76	3.7	0.095	2523	0.984	0.054	0.11	0.897	99.1
3.76-4.14	3.4	0.089	2444	0.972	0.054	0.104	0.838	97.2
4.14-4.74	3.9	0.084	2523	0.983	0.047	0.096	0.739	99.5
4.74-5.97	3.8	0.083	2551	0.983	0.046	0.095	0.624	99.6
5.97-50	3.6	0.123	2546	0.958	0.072	0.143	0.913	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SBC-Collect		データ収集
PHENIX	1.19_4092	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NJK

6njk

解像度: 2.21→42.45 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2197	2261	4.94 %
R_work	0.182	43491	-
obs	0.1839	45752	90.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.05 Å² / B_iso mean: 33.7265 Å² / B_iso min: 15.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.21→42.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5348	0	30	386	5764
B_iso mean	-	-	37.53	34.67	-
残基数	-	-	-	-	702

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.21-2.25	0.2858	69	0.2112	1491	1560	49
2.25-2.31	0.2584	59	0.2089	1880	1939	62
2.31-2.36	0.2923	132	0.2156	2247	2379	77
2.36-2.43	0.2303	112	0.1969	2644	2756	88
2.43-2.5	0.2377	152	0.1999	2775	2927	93
2.5-2.58	0.2455	157	0.2098	2928	3085	98
2.58-2.67	0.2521	158	0.2033	2924	3082	98
2.67-2.78	0.2565	142	0.2156	2928	3070	98
2.78-2.91	0.2798	182	0.2161	2866	3048	97
2.91-3.06	0.2456	177	0.2092	2947	3124	99
3.06-3.25	0.2667	152	0.2	2977	3129	99
3.25-3.5	0.2059	151	0.1803	2994	3145	99
3.5-3.85	0.2064	143	0.1582	2970	3113	98
3.85-4.41	0.161	142	0.1434	2950	3092	97
4.41-5.55	0.1753	122	0.1479	3026	3148	99
5.55-42.45	0.2011	211	0.1851	2944	3155	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3731	-0.1003	-0.2048	0.4171	0.2603	0.3081	-0.1905	-0.703	-0.0248	0.5594	0.2421	-0.3072	0.5319	0.7357	0.3832	0.3341	0.1453	-0.3293	0.4614	0.0888	0.2945	-16.8447	33.6967	90.629
2	1.0402	0.2739	-0.5303	0.7898	0.1487	1.3206	-0.1743	0.0288	-0.0989	0.0938	0.0019	0.0652	0.1667	-0.0289	-0.0012	0.2022	0.0213	0.0087	0.1743	0.0167	0.1872	-34.0271	32.5878	73.6859
3	-0.0089	-0.0255	-0.0343	0.0213	0.0277	0.0824	-0.3058	-0.1785	-0.4807	0.2885	0.1738	-0.1478	0.3375	-0.0179	0.0003	0.5572	0.0673	0.1842	0.3533	0.1123	0.4531	-24.6153	19.2935	66.0652
4	0.0906	0.0219	0.0926	0.0239	0.0457	0.183	-0.0369	-0.0833	-0.1674	0.0171	0.0154	-0.2396	0.1468	0.2404	0.0081	0.2823	0.1008	0.0084	0.306	0.0817	0.3271	-19.5401	28.2782	81.9664
5	0.9287	-0.1668	-0.7053	0.8406	-0.063	0.9943	0.1119	0.0702	0.1148	0.0242	0.0394	-0.0639	-0.0368	-0.0459	0.0045	0.1574	-0.0225	-0.0292	0.1551	-0.0043	0.1785	-8.6073	38.1866	47.4983
6	0.3294	-0.2289	0.0408	0.3264	0.1524	0.4347	0.0917	-0.0432	0.0631	-0.0085	-0.0497	-0.0961	0.0007	0.1292	-0	0.2134	-0.0259	0.0187	0.2273	-0.0209	0.2377	1.8915	35.0093	45.0894
7	0.256	0.1463	-0.0966	0.2364	-0.1385	0.1396	0.0643	-0.0106	0.5177	0.2146	0.2085	-0.0156	-0.3825	-0.1536	0.0817	0.3118	0.012	0.0491	0.1967	-0.0746	0.2884	-9.3654	50.9037	55.7821
8	0.0597	0.0103	0.0051	0.0242	0.02	-0.0081	-0.0873	0.001	0.3765	0.1744	0.2012	-0.1717	-0.481	0.275	0.0001	0.4607	-0.0556	0.0637	0.2972	0.0368	0.5088	-15.163	52.6452	56.0384
9	0.2954	-0.1662	-0.0246	0.0574	0.027	0.065	0.0197	-0.1893	0.1442	0.2766	0.0423	-0.193	-0.0828	0.1415	-0	0.3074	-0.0478	0.0073	0.2596	-0.0836	0.269	1.1918	43.6148	59.7821

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 68 )	A	29 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 308 )	A	69 - 308
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 309 through 328 )	A	309 - 328
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 329 through 379 )	A	329 - 379
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 29 through 188 )	B	29 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 189 through 268 )	B	189 - 268
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 269 through 308 )	B	269 - 308
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 309 through 328 )	B	309 - 328
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 329 through 379 )	B	329 - 379

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