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- PDB-7mon: Structure of human RIPK3-MLKL complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mon
タイトルStructure of human RIPK3-MLKL complex
要素
  • Mixed lineage kinase domain-like protein
  • Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / pseudokinase / kinase / complex / necroptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of phosphatase activity / regulation of type II interferon production / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death ...regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of phosphatase activity / regulation of type II interferon production / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / programmed necrotic cell death / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / necroptotic signaling pathway / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / TRP channels / RIPK1-mediated regulated necrosis / activation of protein kinase activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / T cell homeostasis / protein homotrimerization / necroptotic process / lymph node development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / reactive oxygen species metabolic process / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / thymus development / apoptotic signaling pathway / protein modification process / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to hydrogen peroxide / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell junction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell differentiation in thymus / regulation of apoptotic process / defense response to virus / amyloid fibril formation / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / protein kinase binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZL1 / Mixed lineage kinase domain-like protein / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Meng, Y. / Davies, K.A. / Czabotar, P.E. / Murphy, J.M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1172929 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Human RIPK3 maintains MLKL in an inactive conformation prior to cell death by necroptosis.
著者: Meng, Y. / Davies, K.A. / Fitzgibbon, C. / Young, S.N. / Garnish, S.E. / Horne, C.R. / Luo, C. / Garnier, J.M. / Liang, L.Y. / Cowan, A.D. / Samson, A.L. / Lessene, G. / Sandow, J.J. / ...著者: Meng, Y. / Davies, K.A. / Fitzgibbon, C. / Young, S.N. / Garnish, S.E. / Horne, C.R. / Luo, C. / Garnier, J.M. / Liang, L.Y. / Cowan, A.D. / Samson, A.L. / Lessene, G. / Sandow, J.J. / Czabotar, P.E. / Murphy, J.M.
履歴
登録2021年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8064
ポリマ－67,8022
非ポリマー1,0052
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.495, 82.839, 104.842
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mixed lineage kinase domain-like protein / hMLKL


分子量: 32736.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLKL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NB16
#2: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3 / RIP-like protein kinase 3 / Receptor-interacting protein 3 / RIP-3


分子量: 35064.777 Da / 分子数: 1 / Mutation: C3S, C110A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIPK3, RIP3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y572, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-ZL1 / N-[4-({2-[(cyclopropanecarbonyl)amino]pyridin-4-yl}oxy)-3-fluorophenyl]-1-(4-fluorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide


分子量: 502.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H20F2N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.45 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate 30%w/v PEG 4000 0.1 M trisodium citrate-citric acid pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→45.78 Å / Num. obs: 28056 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 186701 / Scaling rejects: 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.23-2.36.61.3461601224290.6160.5551.4591.194.9
8.91-45.785.90.03629935110.9990.0150.03932.998

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.89 Å41.42 Å
Translation3.89 Å41.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JXU, 4M69

7jxu

4m69


解像度: 2.23→41.42 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2601 2000 7.15 %
Rwork0.2089 25990 -
obs0.2125 27990 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.84 Å2 / Biso mean: 43.6036 Å2 / Biso min: 19.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→41.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4365 0 74 105 4544
Biso mean--50.35 39.49 -
残基数----553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5196134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4411702
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.23-2.280.351320.29571715184793
2.28-2.340.30421410.287318281969100
2.34-2.410.35251400.267118331973100
2.41-2.490.33281420.256318351977100
2.49-2.580.3061420.248118541996100
2.58-2.680.2911430.241918431986100
2.68-2.810.32121410.231618371978100
2.81-2.950.27031420.228918431985100
2.95-3.140.26371430.221718561999100
3.14-3.380.291450.215518812026100
3.38-3.720.27031430.189118772020100
3.72-4.260.19331450.168818782023100
4.26-5.360.2331470.1719142061100
5.37-41.420.22381540.2011996215099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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