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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mma | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of HCV NS3/4A protease in complex with NR01-145 | |||||||||
![]() | NS3 protease | |||||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / NS3/4a Protease / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() transformation of host cell by virus / host cell membrane / serine-type peptidase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zephyr, J. / Schiffer, C.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Deciphering the Molecular Mechanism of HCV Protease Inhibitor Fluorination as a General Approach to Avoid Drug Resistance. 著者: Zephyr, J. / Nageswara Rao, D. / Vo, S.V. / Henes, M. / Kosovrasti, K. / Matthew, A.N. / Hedger, A.K. / Timm, J. / Chan, E.T. / Ali, A. / Kurt Yilmaz, N. / Schiffer, C.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7mm2C ![]() 7mm3C ![]() 7mm4C ![]() 7mm5C ![]() 7mm6C ![]() 7mm7C ![]() 7mm8C ![]() 7mm9C ![]() 7mmbC ![]() 7mmcC ![]() 7mmdC ![]() 7mmfC ![]() 7mmgC ![]() 7mmhC ![]() 7mmiC ![]() 7mmjC ![]() 7mmkC ![]() 7mmlC ![]() 5vojS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 21262.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 215分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZKJ.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZKJ.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ZKJ / ( | ||||
#4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES Buffer pH 6.5, 4% (W/V) Ammonium Sulfate, 20-26% PEG 3350 The cryogenic condition is 100 mM MES Buffer pH 6.5, 4% (W/V) Ammonium Sulfate, 20-26% PEG 3350, 15% Ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.65→27.04 Å / Num. obs: 21861 / % possible obs: 93.26 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 12.61 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 25.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.709 Å / Num. unique obs: 1873 / CC1/2: 0.984 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5VOJ 解像度: 1.65→27.04 Å / SU ML: 0.1093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.1287 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→27.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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