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- PDB-7ml9: The Mpp75Aa1.1 beta-pore-forming protein from Brevibacillus later... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ml9
タイトルThe Mpp75Aa1.1 beta-pore-forming protein from Brevibacillus laterosporus
要素Insecticidal protein
キーワードTOXIN / beta-pore-forming protein
機能・相同性Aerolysin-like toxin / Clostridium epsilon toxin ETX/Bacillus mosquitocidal toxin MTX2 / ACETATE ION / SAMARIUM (III) ION / Insecticidal protein
機能・相同性情報
生物種Brevibacillus laterosporus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Rydel, T.J. / Zheng, M. / Evdokimov, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Structural and functional characterization of Mpp75Aa1.1, a putative beta-pore forming protein from Brevibacillus laterosporus active against the western corn rootworm.
著者: Kouadio, J.L. / Duff, S. / Aikins, M. / Zheng, M. / Rydel, T. / Chen, D. / Bretsnyder, E. / Xia, C. / Zhang, J. / Milligan, J. / Evdokimov, A. / Nageotte, J. / Yin, Y. / Moar, W. / Giddings, ...著者: Kouadio, J.L. / Duff, S. / Aikins, M. / Zheng, M. / Rydel, T. / Chen, D. / Bretsnyder, E. / Xia, C. / Zhang, J. / Milligan, J. / Evdokimov, A. / Nageotte, J. / Yin, Y. / Moar, W. / Giddings, K. / Park, Y. / Jerga, A. / Haas, J.
履歴
登録2021年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_sheet_hbond / struct_sheet ...pdbx_struct_sheet_hbond / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
改定 1.22021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insecticidal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4949
ポリマ－35,8631
非ポリマー6318
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.791, 69.791, 241.237
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Insecticidal protein


分子量: 35862.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus laterosporus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E. coli Rosetta2 DE3 / 参照: UniProt: A0A249JQG5

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非ポリマー , 5種, 212分子

#2: 化合物 ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Structure-quality crystals were obtained using the Wizard34 reagent A2 (30% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate buffer-pH 4.6, 0.2M calcium chloride)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→39.69 Å / Num. obs: 45222 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.162 / Net I/σ(I): 42.9
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 2066 / Χ2: 0.56 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.94→39.69 Å / SU ML: 0.2104 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.6309
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 2278 5.04 %
Rwork0.2193 42944 -
obs0.2207 45222 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→39.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2283 0 23 204 2510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00722393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83013247
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0546354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2281333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.980.31251540.28662576X-RAY DIFFRACTION99.13
1.98-2.030.33331470.27012612X-RAY DIFFRACTION99.96
2.03-2.080.2981430.26512640X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.140.26081230.25312645X-RAY DIFFRACTION99.96
2.14-2.20.27291350.24762652X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.270.26721420.24812643X-RAY DIFFRACTION99.96
2.27-2.350.30641290.25032670X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.450.28291200.24662648X-RAY DIFFRACTION99.96
2.45-2.560.29411550.24792678X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.690.28591460.2462660X-RAY DIFFRACTION99.96
2.69-2.860.26711490.24262652X-RAY DIFFRACTION99.96
2.86-3.080.26191640.23352683X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.390.24361290.21632730X-RAY DIFFRACTION99.97
3.39-3.880.21591490.19182734X-RAY DIFFRACTION99.93
3.88-4.890.21631500.16882760X-RAY DIFFRACTION99.9
4.89-39.690.19351430.2032961X-RAY DIFFRACTION99.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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