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- PDB-7ml0: RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ml0
タイトルRNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1)
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 9
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerases II subunit ...) x 2
  • (General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ...) x 2
  • (General transcription and DNA repair factor IIH subunit ...) x 2
  • (Transcription initiation factor IIE subunit ...) x 2
  • (Transcription initiation factor IIF subunit ...) x 2
  • BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1
  • DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2
  • RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
  • TATA-box-binding protein
  • Transcription initiation factor IIB
  • non-template strand DNA
  • template strand DNA
キーワードTRANSCRIPTION / PIC / TFIIH / ITC / RNA polymerase II
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / : / TFIIH-class transcription factor complex binding ...: / regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / : / TFIIH-class transcription factor complex binding / positive regulation of mitotic recombination / regulation of transcription by RNA polymerase III / nucleotide-excision repair factor 3 complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / transcription factor TFIIE complex / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription factor TFIIF complex / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / DNA 3'-5' helicase / transcription preinitiation complex / DNA binding, bending / poly(A)+ mRNA export from nucleus / DNA duplex unwinding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / 3'-5' DNA helicase activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase III activity / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase II complex binding / protein phosphatase activator activity / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / ATPase activator activity / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription-coupled nucleotide-excision repair / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II, core complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / translation initiation factor binding / DNA helicase activity / TBP-class protein binding / isomerase activity / DNA-templated transcription initiation / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / disordered domain specific binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / damaged DNA binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleotide binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre ...: / Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFB5-like superfamily / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / : / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 / HELICc2 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit HTH domain / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / TBP domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / Transcription initiation factor IIE subunit beta / RPB4 isoform 1 / TFA1 isoform 1 / RPC10 isoform 1 / TFG2 isoform 1 / RPB3 isoform 1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD ...IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / Transcription initiation factor IIE subunit beta / RPB4 isoform 1 / TFA1 isoform 1 / RPC10 isoform 1 / TFG2 isoform 1 / RPB3 isoform 1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RPB11 isoform 1 / RPB10 isoform 1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor IIB / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB/SSL2 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yang, C. / Fujiwara, R. / Kim, H.J. / Gorbea Colon, J.J. / Steimle, S. / Garcia, B.A. / Murakami, K.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123233 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA196539 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG031862 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD023592 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structural visualization of de novo transcription initiation by Saccharomyces cerevisiae RNA polymerase II.
著者: Chun Yang / Rina Fujiwara / Hee Jong Kim / Pratik Basnet / Yunye Zhu / Jose J Gorbea Colón / Stefan Steimle / Benjamin A Garcia / Craig D Kaplan / Kenji Murakami /
要旨: Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous ...Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous to capture pol II in the initiating state. Here, we report multiple structures of initiation complexes converted de novo from a 33-subunit yeast pre-initiation complex (PIC) through catalytic activities and subsequently stalled at different template positions. We determine that PICs in the initially transcribing complex (ITC) can synthesize a transcript of ∼26 nucleotides before transitioning to an elongation complex (EC) as determined by the loss of general transcription factors (GTFs). Unexpectedly, transition to an EC was greatly accelerated when an ITC encountered a downstream EC stalled at promoter proximal regions and resulted in a collided head-to-end dimeric EC complex. Our structural analysis reveals a dynamic state of TFIIH, the largest of GTFs, in PIC/ITC with distinct functional consequences at multiple steps on the pathway to elongation.
履歴
登録2021年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23904
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4
M: Transcription initiation factor IIB
Q: Transcription initiation factor IIF subunit alpha
R: Transcription initiation factor IIF subunit beta
W: Transcription initiation factor IIE subunit alpha
X: Transcription initiation factor IIE subunit beta
O: TATA-box-binding protein
T: template strand DNA
N: non-template strand DNA
0: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
1: DNA-directed RNA polymerase subunit
4: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
6: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
2: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
5: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
3: BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1
7: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,280,88447
ポリマ－1,279,39628
非ポリマー1,48819
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assembly was confirmed using glycerol gradient sedimentation followed by SDS-PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 9種, 9分子 ABCDGIK14

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1P2, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4H2, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0Z3
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4


分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTI6
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7


分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q270
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9EWC2
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q7A1
#22: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 58551.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: DNA-directed RNA polymerase
#23: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4


分子量: 37430.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q456
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q8C2

+
タンパク質 , 5種, 5分子 FMO23

#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZRI7
#13: タンパク質 Transcription initiation factor IIB / General transcription factor TFIIB / Transcription factor E


分子量: 38257.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29055
#18: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TBP / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription factor ...TATA sequence-binding protein / TBP / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription factor D / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 27042.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P13393
#25: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2


分子量: 58602.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2X3
#27: タンパク質 BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0047880.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0047830.mRNA.1.CDS.1


分子量: 38188.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9BTI9

+
DNA-directed RNA polymerases II subunit ... , 2種, 2分子 JL

#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q7Q6
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PY05

+
Transcription initiation factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 QR

#14: タンパク質 Transcription initiation factor IIF subunit alpha / TFIIF-alpha / TFIIF large subunit / Transcription factor G 105 kDa subunit / P105


分子量: 82320.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41895
#15: タンパク質 Transcription initiation factor IIF subunit beta


分子量: 46684.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PZ00

+
Transcription initiation factor IIE subunit ... , 2種, 2分子 WX

#16: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit alpha


分子量: 54804.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTU5
#17: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit beta


分子量: 37050.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PS93

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 TN

#19: DNA鎖 template strand DNA


分子量: 20240.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#20: DNA鎖 non-template strand DNA


分子量: 20436.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ... , 2種, 2分子 07

#21: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD


分子量: 89899.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1C1, DNA helicase
#28: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB / TFIIH subunit XPB / DNA repair helicase RAD25 / RNA polymerase II transcription factor B subunit ...TFIIH subunit XPB / DNA repair helicase RAD25 / RNA polymerase II transcription factor B subunit SSL2 / TFB subunit SSL2 / Suppressor of stem-loop mutation 2


分子量: 95461.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q00578, DNA helicase

+
General transcription and DNA repair factor IIH subunit ... , 2種, 2分子 65

#24: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1


分子量: 52024.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#26: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 / TFIIH subunit TFB5 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 5


分子量: 8243.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7C1

+
非ポリマー , 3種, 19分子

#29: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#30: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#31: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1)COMPLEXcomposite map assembled from 3 independently refined domains#1-#280NATURAL
2Pol II + TFIIBCOMPLEX#1-#131NATURAL
3DNA+TBP+TFIIE+TFIIFCOMPLEX#14-#201NATURAL
4TFIIHCOMPLEX#21-#281NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
41NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
32Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
43Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
54Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
12RELION3.1分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137466
詳細: Final map is a composite of 3 separately refined domains.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5OQJ

5oqj

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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