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- PDB-7mkk: Crystal structure of Drosophila Panoramix in complex with Sov NTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mkk
タイトルCrystal structure of Drosophila Panoramix in complex with Sov NTD
要素
  • Protein panoramix
  • Small ovary, isoform A
キーワードRNA BINDING/Metal Binding protein / Piwi / transposon silencing / heterochromatin formation / piRNA pathway / transcriptional silencing / RNA BINDING-Metal Binding protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


piRNA binding / RNA polymerase II transcription repressor complex / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / transposable element silencing by heterochromatin formation / transcription repressor complex / heterochromatin formation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein panoramix / Small ovary, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, J. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Panoramix SUMOylation on chromatin connects the piRNA pathway to the cellular heterochromatin machinery.
著者: Andreev, V.I. / Yu, C. / Wang, J. / Schnabl, J. / Tirian, L. / Gehre, M. / Handler, D. / Duchek, P. / Novatchkova, M. / Baumgartner, L. / Meixner, K. / Sienski, G. / Patel, D.J. / Brennecke, J.
履歴
登録2021年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Small ovary, isoform A
C: Protein panoramix
A: Small ovary, isoform A
D: Protein panoramix
E: Small ovary, isoform A
F: Protein panoramix
G: Small ovary, isoform A
H: Protein panoramix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4138
ポリマ－49,4138
非ポリマー00
水1,22568
1
B: Small ovary, isoform A
C: Protein panoramix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3532
ポリマ－12,3532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6120 Å2
手法PISA
2
A: Small ovary, isoform A
D: Protein panoramix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3532
ポリマ－12,3532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6010 Å2
手法PISA
3
E: Small ovary, isoform A
F: Protein panoramix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3532
ポリマ－12,3532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5570 Å2
手法PISA
4
G: Small ovary, isoform A
H: Protein panoramix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3532
ポリマ－12,3532
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area5910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.389, 127.389, 96.012
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-123-

HOH

21B-125-

HOH

31E-113-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Small ovary, isoform A / Small ovary / isoform B / isoform C


分子量: 9258.927 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: sov, Dmel\CG14438, EM25, fs(1)M105, l(1)6Dc, l(1)EA42, l(1)EM25, CG14438, Dmel_CG14438
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9W3W6
#2: タンパク質・ペプチド
Protein panoramix / Protein silencio


分子量: 3094.384 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Panx, CG9754 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9W2H9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 30% (w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 16430 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Num. unique obs: 2329 / CC1/2: 0.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→47.829 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 822 5.01 %
Rwork0.2266 15583 -
obs0.2282 16405 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.91 Å2 / Biso mean: 67.798 Å2 / Biso min: 26.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3004 0 0 68 3072
Biso mean---58.72 -
残基数----370
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5-2.65670.34881410.32552533
2.6567-2.86180.341210.31032535
2.8618-3.14970.36991240.30262574
3.1497-3.60530.28651410.25392565
3.6053-4.54180.23361340.19522620
4.5418-47.8290.2161610.19122756

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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