[日本語] English
万見
- PDB-7mk3: Crystal structure of NPR1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mk3
タイトルCrystal structure of NPR1
要素Regulatory protein NPR1
キーワードPLANT PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / NPR1 / SAR / plant immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of defense response to bacterium / response to herbivore / regulation of systemic acquired resistance / negative regulation of defense response / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / extracellular ATP signaling / induced systemic resistance / response to insect / salicylic acid binding ...regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of defense response to bacterium / response to herbivore / regulation of systemic acquired resistance / negative regulation of defense response / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / extracellular ATP signaling / induced systemic resistance / response to insect / salicylic acid binding / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / response to salicylic acid / plant-type hypersensitive response / defense response to fungus / transcription coregulator activity / response to bacterium / response to wounding / RNA polymerase II transcription regulator complex / response to heat / response to hypoxia / protein ubiquitination / nuclear body / defense response to bacterium / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger C2HC NPR-type profile. / NPR1/NIM1-like, C-terminal / Regulatory protein NPR, central domain / Regulatory protein NPR / Domain of unknown function (DUF3420) / NPR1/NIM1 like defence protein C terminal / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain ...Zinc finger C2HC NPR-type profile. / NPR1/NIM1-like, C-terminal / Regulatory protein NPR, central domain / Regulatory protein NPR / Domain of unknown function (DUF3420) / NPR1/NIM1 like defence protein C terminal / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein NPR1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Cheng, J. / Wu, Q. / Zhou, P.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)115355 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)118036 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)118036 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural basis of NPR1 in activating plant immunity.
著者: Shivesh Kumar / Raul Zavaliev / Qinglin Wu / Ye Zhou / Jie Cheng / Lucas Dillard / Jordan Powers / John Withers / Jinshi Zhao / Ziqiang Guan / Mario J Borgnia / Alberto Bartesaghi / Xinnian Dong / Pei Zhou /
要旨: NPR1 is a master regulator of the defence transcriptome induced by the plant immune signal salicylic acid. Despite the important role of NPR1 in plant immunity, understanding of its regulatory ...NPR1 is a master regulator of the defence transcriptome induced by the plant immune signal salicylic acid. Despite the important role of NPR1 in plant immunity, understanding of its regulatory mechanisms has been hindered by a lack of structural information. Here we report cryo-electron microscopy and crystal structures of Arabidopsis NPR1 and its complex with the transcription factor TGA3. Cryo-electron microscopy analysis reveals that NPR1 is a bird-shaped homodimer comprising a central Broad-complex, Tramtrack and Bric-à-brac (BTB) domain, a BTB and carboxyterminal Kelch helix bundle, four ankyrin repeats and a disordered salicylic-acid-binding domain. Crystal structure analysis reveals a unique zinc-finger motif in BTB for interacting with ankyrin repeats and mediating NPR1 oligomerization. We found that, after stimulation, salicylic-acid-induced folding and docking of the salicylic-acid-binding domain onto ankyrin repeats is required for the transcriptional cofactor activity of NPR1, providing a structural explanation for a direct role of salicylic acid in regulating NPR1-dependent gene expression. Moreover, our structure of the TGA3-NPR1-TGA3 complex, DNA-binding assay and genetic data show that dimeric NPR1 activates transcription by bridging two fatty-acid-bound TGA3 dimers to form an enhanceosome. The stepwise assembly of the NPR1-TGA complex suggests possible hetero-oligomeric complex formation with other transcription factors, revealing how NPR1 reprograms the defence transcriptome.
履歴
登録2021年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein NPR1
B: Regulatory protein NPR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,78319
ポリマ－86,5542
非ポリマー1,22917
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.980, 78.980, 395.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Regulatory protein NPR1 / BTB/POZ domain-containing protein NPR1 / Non-inducible immunity protein 1 / Nim1 / Nonexpresser of ...BTB/POZ domain-containing protein NPR1 / Non-inducible immunity protein 1 / Nim1 / Nonexpresser of PR genes 1 / Salicylic acid insensitive 1 / Sai1


分子量: 43277.023 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 39-410 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NPR1, NIM1, SAI1, At1g64280, F15H21.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93002
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 60 mM HEPES, pH 7.5, 9.5% PEG3350, 0.125 M tri-sodium citrate, 75 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→49.47 Å / Num. obs: 24848 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 42.7 % / Biso Wilson estimate: 113.82 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 21.56
反射 シェル解像度: 3.06→3.17 Å / Num. unique obs: 2429 / CC1/2: 0.83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSBuilt=20200417データ削減
XSCALEBuilt=20200417データスケーリング
PHASERdev_3922位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7MK2

7mk2


解像度: 3.06→49.42 Å / SU ML: 0.5425 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.1233
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 1241 5 %
Rwork0.2441 23585 -
obs0.2454 24826 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 110.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5467 0 67 0 5534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00165607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43847592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0364919
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.657790
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.06-3.180.45211350.41132564X-RAY DIFFRACTION99.96
3.18-3.330.35781350.34742548X-RAY DIFFRACTION99.89
3.33-3.50.29381350.29252557X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.720.32741350.28622570X-RAY DIFFRACTION99.96
3.72-4.010.31511370.27762593X-RAY DIFFRACTION99.96
4.01-4.410.29511370.22862606X-RAY DIFFRACTION99.96
4.41-5.050.24441380.22692609X-RAY DIFFRACTION99.57
5.05-6.360.29391390.27422663X-RAY DIFFRACTION99.82
6.36-49.420.21861500.20072875X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46746348616-0.208791830339-1.541575967990.7258956101981.292704879755.313169862970.0469143318679-0.0598055089287-0.046234411162-0.146168002140.0909563872951-0.192710160519-0.3360790376330.171425318131-0.1814138815490.854587941868-0.0902214018568-0.06519244052210.6547121272580.02989458532030.80569248734423.588389586178.8329606488118.727853128
23.7086323495-2.13808214052-0.8362276419145.734879554242.427399683874.80961913863-0.2646277949970.02719115918460.02416903521991.094624280660.1832125228510.07472806452270.22177335966-0.1504263696250.05906037421941.00052920576-0.0117552738816-0.09431877532030.6392126159660.06743107705820.97311778951424.477045097179.2781063263148.976752708
30.7259992873470.134471238794-1.127975798822.149616502321.248018353415.96579679420.110653607954-0.042067976541-0.039465273391-0.114911214020.185533585021-0.0485126969319-0.1941114626730.451911362851-0.281298212580.577581517705-0.0757045410384-0.03001202240010.8097667017710.08955202133990.76962286076935.389190356966.262913585478.8081578247
44.28898091503-1.61632069216-2.061942132294.162693483710.9511994815114.059109730860.2754066012380.457977699987-0.247974356862-0.0287841349294-0.3145259838550.1651345840470.104196687438-0.1445947988890.02044682741620.59278842535-0.0424283513525-0.08292366460650.985192957405-0.01659996973060.94396025613935.595691906265.636630541248.675071206
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 39 through 256 )AA39 - 2561 - 213
22chain 'A' and (resid 257 through 404 )AA257 - 404214 - 361
33chain 'B' and (resid 39 through 255 )BC39 - 2551 - 215
44chain 'B' and (resid 256 through 405 )BC256 - 405216 - 365

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る