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- PDB-4nk6: Crystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nk6
タイトルCrystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG
要素Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase
キーワードISOMERASE / AlgG / Pseudomonas / parallel beta-helix / alginate / mannuronate / polysaccharide epimerase / lysine methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Parallel beta-helix repeat-2 / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like ...: / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Parallel beta-helix repeat-2 / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannuronan C5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.0974 Å
データ登録者Howell, P.L. / Wolfram, F. / Robinson, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Catalytic Mechanism and Mode of Action of the Periplasmic Alginate Epimerase AlgG.
著者: Wolfram, F. / Kitova, E.N. / Robinson, H. / Walvoort, M.T. / Codee, J.D. / Klassen, J.S. / Howell, P.L.
履歴
登録2013年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4061
ポリマ－55,4061
非ポリマー00
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8132
ポリマ－110,8132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area31810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.616, 126.616, 97.708
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-605-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase


分子量: 55406.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: algG, PSPTO_1238 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP
参照: UniProt: Q887Q3, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.26 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 22.1 % / 数: 699311 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Χ2: 1.17 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31575 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385010010.1022.43221
4.275.3810010.0851.49521.8
3.734.2710010.0881.21722.1
3.393.7310010.1131.16422.2
3.153.3910010.1541.02622.4
2.963.1510010.2170.97222.4
2.822.9610010.2870.92522.5
2.692.8210010.3710.88122.5
2.592.6910010.5340.8722.4
2.52.5910010.640.77622.3
反射解像度: 2.097→50 Å / Num. obs: 53161 / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル解像度: 2.097→2.18 Å / 冗長度: 21.5 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 6.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.69 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.61 / 反射: 31146 / Reflection acentric: 28646 / Reflection centric: 2500
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-500.890.930.7614591143316
4.5-7.10.890.910.742583764494
3.6-4.50.880.890.7552934826467
3.1-3.60.780.790.6352634900363
2.7-3.10.580.590.4892768705571
2.5-2.70.390.390.3255975308289

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE2.15位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.0974→47.813 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.95 / FOM work R set: 0.8403 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2146 2003 3.79 %
Rwork0.1882 --
obs0.1893 52894 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.39 Å2 / Biso mean: 41.4669 Å2 / Biso min: 23.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.0974→47.813 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3354 0 0 167 3521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1384632
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0191272
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0974-2.14990.27561400.22493507364797
2.1499-2.2080.25411430.22136133756100
2.208-2.2730.33311400.3013450359096
2.273-2.34630.23591420.205136513793100
2.3463-2.43020.21481420.185336153757100
2.4302-2.52750.25311430.192136223765100
2.5275-2.64250.26421440.196336443788100
2.6425-2.78180.24751400.192436113751100
2.7818-2.95610.22731440.203336713815100
2.9561-3.18430.19611420.201136513793100
3.1843-3.50470.22341450.199736593804100
3.5047-4.01160.20511440.169736713815100
4.0116-5.05330.16151390.14653698383799
5.0533-47.82580.20721550.195538283983100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9359-0.1209-0.15540.70230.32410.7080.40060.6276-0.6464-0.6354-0.43080.6149-0.042-0.27420.06630.51710.115-0.24810.5447-0.22180.5705-17.371347.1679-14.01
22.21860.87771.19433.62711.08530.7557-0.1333-0.2592-0.43050.5717-0.40851.0338-0.0269-0.6335-0.0740.2620.0632-0.04140.5889-0.14860.5491-28.369563.243812.8695
32.18310.1462-0.0851.24640.30721.64620.09230.08440.0653-0.3704-0.21780.4281-0.1889-0.49830.11130.34070.1486-0.16060.4995-0.12870.4918-26.895169.8014-1.2116
42.0005-0.5082-0.3062.16560.22691.3120.1022-0.04370.0443-0.2602-0.14590.2464-0.1007-0.34050.0730.24750.0746-0.0910.3887-0.07820.3043-15.690465.36751.2085
52.4798-1.2828-0.25442.41940.54771.37770.02620.0646-0.3571-0.3011-0.21520.35450.1529-0.28260.10160.24850.0016-0.08640.3534-0.08830.3135-13.627653.64680.8933
62.6255-0.6491-0.23082.2095-0.12711.50620.10940.0159-0.0895-0.2489-0.16160.08170.0778-0.12680.06660.24230.0134-0.0370.254-0.03680.27-0.70849.7841-1.3458
74.6227-0.5644-1.15671.4355-0.9274.80540.09550.046-0.1592-0.1765-0.10920.05780.18310.00130.0380.21990.0322-0.01980.2169-0.01370.31658.206642.3515-1.1665
84.4205-0.3086-1.07552.64-0.70894.4252-0.0532-0.8641-0.12580.3823-0.00150.2882-0.0635-0.2658-0.01190.26660.0188-0.0540.47390.02370.40038.112541.219110.6343
92.5403-1.60862.10886.05360.08912.55670.1676-0.0211-0.26930.02690.03770.04440.10910.0255-0.20080.26820.04360.00310.3458-0.02520.44418.157837.2794-2.7242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 69 through 96 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 97 through 119 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 120 through 188 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 189 through 258 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 259 through 315 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 316 through 388 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 389 through 428 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 429 through 463 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 464 through 492 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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