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- PDB-7mk0: Trypanosoma cruzi Nucleoside Diphosphate Kinase 1 form a quinary ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mk0
タイトルTrypanosoma cruzi Nucleoside Diphosphate Kinase 1 form a quinary multihexameric structure
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / Kinase / cruzi / ndpk1
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Gomez, J.A. / Aguilar, C.F.
資金援助 ブラジル, アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel ブラジル
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT) アルゼンチン
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: X-ray diffraction and in vivo studies reveal the quinary structure of Trypanosoma cruzi nucleoside diphosphate kinase 1: a novel helical oligomer structure.
著者: Gomez Barroso, J.A. / Miranda, M.R. / Pereira, C.A. / Garratt, R.C. / Aguilar, C.F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallographica Section F Structural Biology and Crystallization Communications
年: 2010
タイトル: Protein preparation, crystallization and preliminary X-ray analysis of Trypanosoma cruzi nucleoside diphosphate kinase 1
著者: Gomez, J.A. / Aguilar, C.F.
履歴
登録2021年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
D: Nucleoside diphosphate kinase
E: Nucleoside diphosphate kinase
F: Nucleoside diphosphate kinase
G: Nucleoside diphosphate kinase
H: Nucleoside diphosphate kinase
I: Nucleoside diphosphate kinase
J: Nucleoside diphosphate kinase
K: Nucleoside diphosphate kinase
L: Nucleoside diphosphate kinase
M: Nucleoside diphosphate kinase
N: Nucleoside diphosphate kinase
O: Nucleoside diphosphate kinase
P: Nucleoside diphosphate kinase
Q: Nucleoside diphosphate kinase
R: Nucleoside diphosphate kinase
S: Nucleoside diphosphate kinase
T: Nucleoside diphosphate kinase
U: Nucleoside diphosphate kinase
V: Nucleoside diphosphate kinase
W: Nucleoside diphosphate kinase
X: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,81224
ポリマ－401,81224
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
D: Nucleoside diphosphate kinase
E: Nucleoside diphosphate kinase
F: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4536
ポリマ－100,4536
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15550 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area35480 Å2
手法PISA
2
G: Nucleoside diphosphate kinase
H: Nucleoside diphosphate kinase
I: Nucleoside diphosphate kinase
J: Nucleoside diphosphate kinase
K: Nucleoside diphosphate kinase
L: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4536
ポリマ－100,4536
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16680 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area34570 Å2
手法PISA
3
M: Nucleoside diphosphate kinase
N: Nucleoside diphosphate kinase
O: Nucleoside diphosphate kinase
P: Nucleoside diphosphate kinase
Q: Nucleoside diphosphate kinase
R: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4536
ポリマ－100,4536
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16170 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area35590 Å2
手法PISA
4
S: Nucleoside diphosphate kinase
T: Nucleoside diphosphate kinase
U: Nucleoside diphosphate kinase
V: Nucleoside diphosphate kinase
W: Nucleoside diphosphate kinase
X: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4536
ポリマ－100,4536
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16220 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area35200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.842, 127.842, 275.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3

-
要素

#1: タンパク質 ...
Nucleoside diphosphate kinase


分子量: 16742.168 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C3747_234g48, C3747_68g44, C4B63_80g21 / プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2V2WVR0, nucleoside-diphosphate kinase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: PEG3350 20% Magnesium chloride 200mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.45 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.291
11-K, -H, -L20.237
11K, H, -L30.24
11-h,-k,l40.232
反射解像度: 3→86.38 Å / Num. obs: 58612 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 3.498→3.69 Å / Rmerge(I) obs: 1.121 / Num. unique obs: 9287 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA5.6.0117データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BBC

3bbc


解像度: 3.5→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.432 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.387 / SU B: 11.722 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2777 3266 5.4 %RANDOM
Rwork0.2686 ---
obs0.2691 57214 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 275.14 Å2 / Biso mean: 15.659 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.76 Å20 Å20 Å2
2--2.76 Å20 Å2
3----5.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28296 0 0 0 28296
残基数----3624
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.577 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 254 -
Rwork0.192 3794 -
obs--96.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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