PDB-7mjb: Crystal Structure of Nanoluc Luciferase Mutant R164Q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mjb

タイトル

Crystal Structure of Nanoluc Luciferase Mutant R164Q

要素

Nanoluc Luciferase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BIOLUMINESCENT PROTEIN / NANOLUC LUCIFERASE

機能・相同性

DECANOIC ACID / NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Oplophorus gracilirostris (甲殻類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Shabalin, I.G. / Reza, M.S. / Ai, H. / Minor, W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Nanoluc Luciferase Mutant R164Q
著者: Shabalin, I.G. / Reza, M.S. / Ai, H. / Minor, W.

履歴

登録	2021年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mjb.cif.gz	158.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mjb.ent.gz	122.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mjb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/7mjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/7mjb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iboS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i33-2 5ibo-1 3w8m-d 5qc2-2 1nl6-1 5i13-d 2hh5-1 6wj4-d 5r5x-d 2op3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nanoluc Luciferase

B: Nanoluc Luciferase

ヘテロ分子

41.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nanoluc Luciferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nanoluc Luciferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.180, 62.045, 97.304
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 171 / Label seq-ID: 14 - 184

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Nanoluc Luciferase 分子量: 20506.324 Da / 分子数: 2 / 変異: R164Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oplophorus gracilirostris (甲殻類) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 280分子

#2: 化合物	ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸分子量: 172.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₀O₂
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 0.2 ul of 9 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP. Precipitant: 0.2uL 0.2M Na nitrate, 20%w/v PEG 3350 (MCSG Suite 2 #34). Cryo- ...詳細: Protein: 0.2 ul of 9 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP. Precipitant: 0.2uL 0.2M Na nitrate, 20%w/v PEG 3350 (MCSG Suite 2 #34). Cryo-protection: air-drying (slow dehydration)

結晶

マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 0.2 ul of 9 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP. Precipitant: 0.2uL 0.2M Na nitrate, 20%w/v PEG 3350 (MCSG Suite 2 #34). Cryo- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日

放射

モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 40852 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 12.4 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.042 / Χ²: 0.908 / Net I/av σ(I): 41.9 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Χ²	% possible all
1.7-1.73	5.9	1.114	1.7	2016	0.682	0.901	0.496	1.221	1.114	0.961	100
1.73-1.76	5.9	0.96		2017	0.74		0.428	1.052		0.941	100
1.76-1.79	5.9	0.746		1988	0.796		0.335	0.82		0.968	99.8
1.79-1.83	5.8	0.588		2043	0.879		0.265	0.646		0.986	100
1.83-1.87	5.8	0.417		1994	0.928		0.189	0.458		0.966	99.9
1.87-1.91	5.7	0.305		2019	0.963		0.139	0.336		0.98	100
1.91-1.96	5.5	0.223		2028	0.973		0.103	0.246		1.016	99.9
1.96-2.02	5	0.179		1994	0.977		0.088	0.2		1.046	99.9
2.02-2.07	6	0.161		2048	0.987		0.072	0.177		0.949	100
2.07-2.14	5.9	0.125		2017	0.99		0.056	0.137		0.937	100
2.14-2.22	5.9	0.092		2050	0.994		0.041	0.101		0.922	100
2.22-2.31	5.9	0.075		2012	0.996		0.034	0.083		0.879	99.9
2.31-2.41	5.8	0.065		2040	0.996		0.029	0.071		0.817	100
2.41-2.54	5.3	0.051		2010	0.997		0.024	0.057		0.772	99.6
2.54-2.7	5.7	0.043		2060	0.998		0.02	0.047		0.794	100
2.7-2.91	6.1	0.035		2040	0.998		0.015	0.039		0.787	99.9
2.91-3.2	5.9	0.03		2080	0.998		0.013	0.033		0.809	100
3.2-3.66	5.4	0.027		2077	0.998		0.013	0.03		0.84	99.9
3.66-4.61	5.7	0.026		2100	0.999		0.012	0.029		0.935	99.7
4.61-50	5.3	0.026		2219	0.998		0.012	0.029		0.871	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IBO

5ibo

解像度: 1.7→39.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 4.564 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1995	1837	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1726	-	-	-
obs	0.1739	35957	92.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.59 Å² / B_iso mean: 30.486 Å² / B_iso min: 1.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→39.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2628	0	43	273	2944
B_iso mean	-	-	30.72	33.38	-
残基数	-	-	-	-	337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.631	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.36	1.576	6109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.042	5	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.094	23.308	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.399	15	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.235	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	625

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4963 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	67	-
R_work	0.241	1333	-
all	-	1400	-
obs	-	-	47.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0009	1.1064	0.1212	3.5563	0.7694	2.9847	-0.2863	0.1158	0.1859	-0.4619	0.1327	-0.0468	-0.2486	-0.0419	0.1535	0.0843	-0.005	-0.0271	0.0838	-0.0249	0.0537	0.578	14.418	34.636
2	5.9057	1.5651	-0.7499	2.1599	0.3772	1.9691	-0.2446	0.0582	0.0399	-0.2025	0.1873	-0.0777	-0.0398	0.2402	0.0574	0.0264	-0.0045	-0.0015	0.0935	-0.0266	0.0288	8.135	9.608	38.12
3	2.9882	-0.0872	0.0352	8.7346	2.2451	3.4105	-0.0682	-0.1242	-0.0226	-0.2048	0.256	-0.9638	-0.0146	0.5258	-0.1879	0.022	-0.0206	0.0411	0.1532	-0.043	0.1271	18.26	2.542	33.401
4	4.4141	0.3897	-0.4364	1.5773	0.3795	1.2715	-0.1276	-0.1445	0.2456	0.0862	0.1284	-0.086	-0.0925	0.0991	-0.0007	0.026	-0.0003	-0.015	0.1635	-0.0734	0.0688	5.392	16.626	47.891
5	2.8953	3.1091	1.301	7.0021	2.1933	3.07	-0.1506	-0.0359	0.2443	-0.4942	0.0628	0.1576	-0.2769	-0.0234	0.0878	0.0524	-0.0071	-0.0106	0.0837	-0.0047	0.0629	-0.514	16.524	34.045
6	4.5162	1.4599	0.1601	5.3673	2.5809	7.6775	-0.0888	0.0676	0.1903	-0.6147	-0.035	-0.3198	-0.2717	0.3257	0.1238	0.3457	-0.0062	0.0383	0.1016	0.0465	0.0661	14.452	4.166	13.502
7	3.7261	-1.4494	-2.515	7.5603	3.0618	8.7608	0.1687	0.0698	0.2746	-0.8222	-0.0152	-0.0635	-0.359	-0.045	-0.1534	0.4556	-0.0268	0.014	0.1782	0.0126	0.0532	6.76	7.325	9.447
8	8.4351	0.3571	-1.9615	5.5444	0.9464	5.9218	0.0568	0.2071	1.2231	-0.6267	0.0282	0.2531	-0.7745	0.0537	-0.0851	0.3887	-0.0115	-0.0643	0.1647	0.0443	0.1941	-2.989	18.327	15.41
9	5.5586	-3.6173	-6.4155	5.9665	7.0179	10.4535	0.3074	0.0305	0.3343	-1.1081	0.1858	-0.419	-0.6031	0.173	-0.4931	0.7757	-0.0344	0.1285	0.2391	0.0436	0.0938	10.062	10.509	0.93
10	1.569	0.5574	-1.1187	5.6214	-0.756	6.1988	-0.0359	0.0009	0.0391	-1.0684	-0.0743	-0.7494	-0.364	0.6515	0.1103	0.5513	-0.0588	0.1742	0.2065	0.0104	0.1504	17.653	5.723	8.965

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	27 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	59 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	96 - 140
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	141 - 171
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 26
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	27 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	59 - 91
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	92 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	117 - 171

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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