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- PDB-7mie: Crystal structure of the Borreliella burgdorferi PlzA protein in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mie
タイトルCrystal structure of the Borreliella burgdorferi PlzA protein in complex with c-di-GMP
要素PlzA
キーワードSIGNALING PROTEIN / Tick-borne pathogens / Borreliella burgdorferi / PilZ domain / c-di-GMP-binding receptor Signaling
機能・相同性Chem-C2E / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Davies, C. / Singh, A.
引用ジャーナル: Pathog Dis / 年: 2021
タイトル: High-resolution crystal structure of the Borreliella burgdorferi PlzA protein in complex with c-di-GMP: new insights into the interaction of c-di-GMP with the novel xPilZ domain.
著者: Singh, A. / Izac, J.R. / Schuler, E.J.A. / Patel, D.T. / Davies, C. / Marconi, R.T.
履歴
登録2021年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PlzA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5877
ポリマ－31,9411
非ポリマー1,6476
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.699, 36.861, 64.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PlzA


分子量: 31940.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
遺伝子: BB_0733 / プラスミド: pET-45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O51675

-
非ポリマー , 5種, 128分子

#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP / Cyclic di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: Plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→32.26 Å / Num. obs: 35870 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.659 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.634.50.57316190.8710.2680.6350.53489.3
1.63-1.664.40.51116750.8910.2450.5690.56892.5
1.66-1.694.50.47117460.8870.2290.5270.57296.2
1.69-1.725.40.42218110.9250.190.4650.60698.8
1.72-1.766.10.39117820.9560.1650.4260.66998.7
1.76-1.86.30.34318080.9620.1450.3730.70599.2
1.8-1.856.50.29618110.970.1240.3210.79499.5
1.85-1.96.50.25718050.980.1080.280.84799.4
1.9-1.956.40.21518210.9780.0920.2340.97899
1.95-2.026.30.18217990.9790.080.1991.12599.5
2.02-2.096.20.15518290.9860.0690.171.37499.1
2.09-2.175.90.13118080.9860.060.1451.6598.9
2.17-2.275.50.12318100.9870.0580.1371.84298.7
2.27-2.395.30.10717640.9880.0520.1192.03997.2
2.39-2.546.20.09918320.9910.0440.1092.1399.3
2.54-2.746.30.0918180.9920.0410.0992.43199.1
2.74-3.015.80.08218140.9920.0390.0912.8798.1
3.01-3.455.40.07217940.9940.0350.0813.50596.5
3.45-4.345.10.06218190.9940.0310.0693.89397.3
4.34-505.90.06219050.9950.0280.0683.70398.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→32.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.284 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 1719 4.8 %RANDOM
Rwork0.1908 ---
obs0.1921 34140 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.75 Å2 / Biso mean: 35.6 Å2 / Biso min: 17.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.47 Å20 Å20.87 Å2
2---2.51 Å2-0 Å2
3---2.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→32.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1925 0 108 122 2155
Biso mean--34.14 40.4 -
残基数----242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0122091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7161.6342825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0455246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.02723.10387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.13115393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.286158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021486
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 97 -
Rwork0.277 2272 -
all-2369 -
obs--88.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.024 Å / Origin y: -1.592 Å / Origin z: 21.782 Å
111213212223313233
T0.017 Å20.0057 Å2-0.0266 Å2-0.0351 Å2-0.018 Å2--0.0597 Å2
L0.2417 °2-0.1967 °2-0.0916 °2-0.451 °2-0.191 °2--0.2972 °2
S0.0271 Å °-0.0051 Å °-0.0215 Å °-0.0565 Å °-0.0464 Å °0.0327 Å °0.0074 Å °0.0249 Å °0.0192 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 261
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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