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- PDB-7mgc: Concanavalin A bound to a DNA glycoconjugate, G(Man-T)AC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mgc
タイトルConcanavalin A bound to a DNA glycoconjugate, G(Man-T)AC
要素Concanavalin-A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN/DNA / Lectin / DNA complex / SUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-mannopyranoside / : / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Partridge, B.E. / Winegar, P.H. / Mirkin, C.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Office of Naval Research (ONR)N00014-15-1-0043 米国
Department of Defense (DOD, United States)FA9550-16-1-0150 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Redefining Protein Interfaces within Protein Single Crystals with DNA.
著者: Partridge, B.E. / Winegar, P.H. / Han, Z. / Mirkin, C.A.
履歴
登録2021年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-A
B: Concanavalin-A
C: Concanavalin-A
D: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,64616
ポリマ－102,4904
非ポリマー1,15712
水70339
1
A: Concanavalin-A
C: Concanavalin-A
ヘテロ分子

B: Concanavalin-A
D: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,64616
ポリマ－102,4904
非ポリマー1,15712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area8870 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area32670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.330, 117.340, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAASPASPAA1 - 2351 - 235
21ALAALAASPASPBB1 - 2351 - 235
12ALAALAASNASNAA1 - 2371 - 237
22ALAALAASNASNCC1 - 2371 - 237
13ASPASPASNASNAA2 - 2372 - 237
23ASPASPASNASNDD2 - 2372 - 237
14ALAALAASPASPBB1 - 2351 - 235
24ALAALAASPASPCC1 - 2351 - 235
15ASPASPALAALABB2 - 2362 - 236
25ASPASPALAALADD2 - 2362 - 236
16ASPASPASNASNCC2 - 2372 - 237
26ASPASPASNASNDD2 - 2372 - 237

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Concanavalin-A / Con A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866
#2: 糖
ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Sitting drop comprising 1 uL of Concanavalin A (40 uM) and G(Man-T)AC (160 uM) + 1 uL crystallization condition (Helix screen, condition H6: 0.1 M potassium chloride, 0.002 M spermine ...詳細: Sitting drop comprising 1 uL of Concanavalin A (40 uM) and G(Man-T)AC (160 uM) + 1 uL crystallization condition (Helix screen, condition H6: 0.1 M potassium chloride, 0.002 M spermine tetrahydrochloride, 0.05 M bis-Tris (pH 7), 15% w/v PEG 2000 MME). Reservoir contained 70 uL of crystallization condition

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0782 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→84.7 Å / Num. obs: 19900 / % possible obs: 94.25 % / 冗長度: 7.39 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 4.1051
反射 シェル解像度: 2.92→3.08 Å / 冗長度: 7.95 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 3178 / Rrim(I) all: 0.599 / % possible all: 99.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CNA

5cna


解像度: 2.92→84.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 26.133 / SU ML: 0.456 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.496 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE AUTHORS STATE THAT THE COORDINATES OF THE DNA COULD NOT BE RESOLVED IN THE ELECTRON DENSITY, PUTATIVELY DUE TO DISORDER, BUT ITS BINDING IS CONFIRMED BY THE OBSERVATION OF THE ...詳細: THE AUTHORS STATE THAT THE COORDINATES OF THE DNA COULD NOT BE RESOLVED IN THE ELECTRON DENSITY, PUTATIVELY DUE TO DISORDER, BUT ITS BINDING IS CONFIRMED BY THE OBSERVATION OF THE METHYLMANNOSE (THIS IS ACTUALLY PART OF A MANNOSE-SQUARAMIDE LINKER COVALENTLY BOUND TO THE DNA). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27679 1072 5.1 %RANDOM
Rwork0.22927 ---
obs0.23168 19900 94.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.932 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.25 Å20 Å2-0 Å2
2---7.81 Å20 Å2
3---1.56 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.92→84.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6859 0 60 39 6958
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137061
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5391.6389650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2461.57814125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5965929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.41523.833300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68915974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2161520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1035.3833731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1025.3823730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5438.0674652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5438.0674653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.775.4773330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7695.4773330
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1218.144998
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A67830.08
12B67830.08
21A66630.07
22C66630.07
31A66660.07
32D66660.07
41B66620.07
42C66620.07
51B67310.07
52D67310.07
61C68380.05
62D68380.05
LS精密化 シェル解像度: 2.924→3 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 91 -
Rwork0.333 1507 -
obs--99.69 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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