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- PDB-7mfd: Autoinhibited BRAF:(14-3-3)2:MEK complex with the BRAF RBD resolved -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mfd
タイトルAutoinhibited BRAF:(14-3-3)2:MEK complex with the BRAF RBD resolved
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードSIGNALING PROTEIN/TRANSFERASE / B-Raf / MEK / 14-3-3 / B-Raf complex / B-Raf monomer / Inactive B-Raf / Serine/threonine-protein kinase B-raf / RBD / signaling protein / SIGNALING PROTEIN-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic target recognition / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / Golgi reassembly / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / positive regulation of axon regeneration ...synaptic target recognition / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / Golgi reassembly / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / mitogen-activated protein kinase kinase / establishment of Golgi localization / positive regulation of muscle contraction / Golgi inheritance / placenta blood vessel development / Signalling to p38 via RIT and RIN / MAP kinase scaffold activity / regulation of axon regeneration / respiratory system process / cerebellar cortex formation / labyrinthine layer development / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / tube formation / melanosome transport / endothelial cell apoptotic process / regulation of synapse maturation / Signaling by MAP2K mutants / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / Rap1 signalling / establishment of protein localization to membrane / type B pancreatic cell proliferation / central nervous system neuron differentiation / vesicle transport along microtubule / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / positive regulation of axonogenesis / trachea formation / negative regulation of protein localization to nucleus / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / triglyceride homeostasis / regulation of early endosome to late endosome transport / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of stress-activated MAPK cascade / GP1b-IX-V activation signalling / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / face development / endodermal cell differentiation / MAP kinase kinase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / thyroid gland development / positive regulation of ATP biosynthetic process / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Uptake and function of anthrax toxins / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / synaptic vesicle exocytosis / Activation of BAD and translocation to mitochondria / phosphoserine residue binding / MAP kinase kinase kinase activity / protein kinase activator activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Schwann cell development / response to axon injury / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein targeting / cellular response to glucose starvation / keratinocyte differentiation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / neuron projection morphogenesis / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of TORC1 signaling / myelination / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / lung development / positive regulation of autophagy / cellular response to calcium ion
類似検索 - 分子機能
: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / : ...: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / : / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CHU / Serine/threonine-protein kinase B-raf / 14-3-3 protein zeta/delta / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Martinez Fiesco, J.A. / Ping, Z. / Durrant, D.E. / Morrison, D.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ZIA BC 011744 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ZIA BC 010329 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the BRAF monomer-to-dimer transition mediated by RAS binding.
著者: Juliana A Martinez Fiesco / David E Durrant / Deborah K Morrison / Ping Zhang /
要旨: RAF kinases are essential effectors of RAS, but how RAS binding initiates the conformational changes needed for autoinhibited RAF monomers to form active dimers has remained unclear. Here, we present ...RAF kinases are essential effectors of RAS, but how RAS binding initiates the conformational changes needed for autoinhibited RAF monomers to form active dimers has remained unclear. Here, we present cryo-electron microscopy structures of full-length BRAF complexes derived from mammalian cells: autoinhibited, monomeric BRAF:14-3-3:MEK and BRAF:14-3-3 complexes, and an inhibitor-bound, dimeric BRAF:14-3-3 complex, at 3.7, 4.1, and 3.9 Å resolution, respectively. In both autoinhibited, monomeric structures, the RAS binding domain (RBD) of BRAF is resolved, revealing that the RBD forms an extensive contact interface with the 14-3-3 protomer bound to the BRAF C-terminal site and that key basic residues required for RBD-RAS binding are exposed. Moreover, through structure-guided mutational studies, our findings indicate that RAS-RAF binding is a dynamic process and that RBD residues at the center of the RBD:14-3-3 interface have a dual function, first contributing to RAF autoinhibition and then to the full spectrum of RAS-RBD interactions.
履歴
登録2021年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23813
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23813
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
C: 14-3-3 protein zeta/delta
D: 14-3-3 protein zeta/delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,3487
ポリマ－183,7464
非ポリマー6023
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 84697.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MAP kinase kinase 1 / MAPKK 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 43493.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase
#3: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 27777.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63104
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CHU / N-(3-fluoro-4-{[4-methyl-2-oxo-7-(pyrimidin-2-yloxy)-2H-chromen-3-yl]methyl}pyridin-2-yl)-N'-methylsulfuric diamide / CH5126766


分子量: 471.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18FN5O5S
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Autoinhibited B-Raf:(14-3-3)2:MEK complex with resolved RBDCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2B-rafCOMPLEX#11RECOMBINANT
3MEKCOMPLEX#21NATURAL
414-3-3 protein zeta/deltaCOMPLEX#31NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris1
2200 mMSodium chlorideNaCl1
310 mMDTT1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 20mAmp / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 57 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142852 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049293
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66512529
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.3273512
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0451386
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051631

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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