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万見
- PDB-7mez: Structure of the phosphoinositide 3-kinase p110 gamma (PIK3CG) p1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mez
タイトルStructure of the phosphoinositide 3-kinase p110 gamma (PIK3CG) p101 (PIK3R5) complex
要素
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
  • Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5
キーワードTRANSFERASE / PI3K / p110 / PIK3CG / PIK3R5 / p101 / phosphoinositide 3-kinase / PIP3 / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / regulation of calcium ion transmembrane transport ...negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / phosphorylation / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / neutrophil chemotaxis / ephrin receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of endothelial cell migration / T cell activation / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / platelet aggregation / endocytosis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / kinase activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5/6 / Phosphoinositide 3-kinase gamma adapter protein p101 subunit / PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. ...Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5/6 / Phosphoinositide 3-kinase gamma adapter protein p101 subunit / PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5 / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Burke, J.E. / Dalwadi, U. / Rathinaswamy, M.K. / Yip, C.K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)168998 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: HDX-MS-optimized approach to characterize nanobodies as tools for biochemical and structural studies of class IB phosphoinositide 3-kinases.
著者: Manoj K Rathinaswamy / Kaelin D Fleming / Udit Dalwadi / Els Pardon / Noah J Harris / Calvin K Yip / Jan Steyaert / John E Burke /
要旨: There is considerable interest in developing antibodies as modulators of signaling pathways. One of the most important signaling pathways in higher eukaryotes is the phosphoinositide 3-kinase (PI3K) ...There is considerable interest in developing antibodies as modulators of signaling pathways. One of the most important signaling pathways in higher eukaryotes is the phosphoinositide 3-kinase (PI3K) pathway, which plays fundamental roles in growth, metabolism, and immunity. The class IB PI3K, PI3Kγ, is a heterodimeric complex composed of a catalytic p110γ subunit bound to a p101 or p84 regulatory subunit. PI3Kγ is a critical component in multiple immune signaling processes and is dependent on activation by Ras and G protein-coupled receptors (GPCRs) to mediate its cellular roles. Here we describe the rapid and efficient characterization of multiple PI3Kγ binding single-chain camelid nanobodies using hydrogen-deuterium exchange (HDX) mass spectrometry (MS) for structural and biochemical studies. We identify nanobodies that stimulated lipid kinase activity, block Ras activation, and specifically inhibited p101-mediated GPCR activation. Overall, our work reveals insight into PI3Kγ regulation and identifies sites that may be exploited for therapeutic development.
履歴
登録2021年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23808
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
B: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,0992
ポリマ－224,0992
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform / PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / PI3Kgamma / PtdIns-3-kinase subunit gamma / ...PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / PI3Kgamma / PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit gamma / PtdIns-3-kinase subunit p110-gamma / p110gamma / Phosphoinositide-3-kinase catalytic gamma polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CG / p120-PI3K


分子量: 126627.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CG
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol 3-kinase, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5 / PI3-kinase regulatory subunit 5 / IB PI3-kinase p101 subunit / PI3-kinase p101 subunit / ...PI3-kinase regulatory subunit 5 / IB PI3-kinase p101 subunit / PI3-kinase p101 subunit / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase regulatory subunit / PtdIns-3-kinase regulatory subunit / PtdIns-3-kinase p101 / p101-PI3K


分子量: 97471.805 Da / 分子数: 1 / Mutation: G473R, V530A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: PIK3R5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O02696

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of p110 gamma with p101 and a p101 binding nanobody
タイプ: COMPLEX
詳細: Nanobody binds to GBD domain, but was too fleixble to be built in the atomic model
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Sus scrofa (ブタ)9823
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8.5
詳細: Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane-Hydrochloric acidTrisHCl1
2100 mMSodium ChlorideNaCl1
350 mMAmmonium Sulfate(NH4)2SO41
40.5 mMTris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 0.45 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Specimen was a 1:1:1 molar ratio of p110g-p101-nanobody, purified to homogeneity by gel filtration.
試料支持詳細: Glow discharged using the Pelco EasiGlow. 15mA Current.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 1.5s blot time, -5 blot force

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 36.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6808
詳細: Movies were collected in super-resolution mode set to collect 3 shots per grid hole over 9 holes by beam-shift before applying a stage shift.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3CTF補正
10cryoSPARC3初期オイラー角割当
11cryoSPARC3最終オイラー角割当
13cryoSPARC3３次元再構成
画像処理詳細: All data processing carried out using cryoSPARC v2.18 or newer. Movies were subjected to patch motion correction and 2x2 binning. CTFs of the resulting micrographs were estimated using patch ...詳細: All data processing carried out using cryoSPARC v2.18 or newer. Movies were subjected to patch motion correction and 2x2 binning. CTFs of the resulting micrographs were estimated using patch CTF estimation. Template picking using 2D averages low-pass filtered to 20A was carried out before 1 round of 2D and 1 round of 3D classification. Best particles were refined by local motion correction, then subjected to 1 more round of 3D classification. Best class/particles were refined by homogeneous refinement, followed by CTF/defocus refinement and a final non-uniform refinement step.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3762631
詳細: Particles were picked using the cryoSPARC template picker
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 320179 / 詳細: cryoSPARC local refinement job (L) from v3.0 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00312647
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5517142
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6821660
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421933
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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