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- PDB-7mel: Sco GlgEI-V279S in complex with 4-alpha-glucoside of validamine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mel
タイトルSco GlgEI-V279S in complex with 4-alpha-glucoside of validamine
要素Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / CAZy glycoside hydrolase (GH)-like phosphorylase GH13_3 family / elongation of cytosolic glucan chains / maltosyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / hexosyltransferase activity / oligosaccharide catabolic process / alpha-amylase activity
類似検索 - 分子機能
: / GLGE, C-terminal / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-Z3D / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Jayasinghe, T.D. / Ronning, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI105084 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Stereoselective synthesis of a 4-alpha-glucoside of valienamine and its X-ray structure in complex with Streptomyces coelicolor GlgE1-V279S.
著者: Si, A. / Jayasinghe, T.D. / Thanvi, R. / Kapil, S. / Ronning, D.R. / Sucheck, S.J.
履歴
登録2021年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
B: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,15711
ポリマ－152,7892
非ポリマー1,3689
水28,8601602
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area51360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.049, 113.049, 311.506
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1 / GMPMT 1 / (1->4)-alpha-D-glucan:maltose-1-phosphate alpha-D-maltosyltransferase 1


分子量: 76394.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: glgE1, pep1, pep1A, pep1I, SCO5443, SC6A11.19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9L1K2, starch synthase (maltosyl-transferring)

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非ポリマー , 6種, 1611分子

#2: 化合物 ChemComp-Z3D / (1R,2R,3S,4S,6R)-4-amino-2,3-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)cyclohexyl alpha-D-glucopyranoside


分子量: 339.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H25NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 mM Sodium citrate pH 7 and 10 % PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→55.78 Å / Num. obs: 195923 / % possible obs: 96.21 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 23.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09187 / Rpim(I) all: 0.02625 / Rrim(I) all: 0.09576 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 1.308 / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 14983 / CC1/2: 0.357 / CC star: 0.725 / Rpim(I) all: 0.9307 / Rrim(I) all: 1.618 / % possible all: 71.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u31

4u31


解像度: 1.75→55.78 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1972 3734 1.02 %
Rwork0.1762 362436 -
obs0.1764 195923 94.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.13 Å2 / Biso mean: 26.4027 Å2 / Biso min: 13.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→55.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10238 0 88 1602 11928
Biso mean--29.96 33.83 -
残基数----1298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88914573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7911475
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.770.4437650.4576401646645
1.77-1.790.4065800.40318413849359
1.79-1.820.39621060.3385101541026071
1.82-1.850.33421230.3074117161183982
1.85-1.870.30261320.2732127671289990
1.87-1.90.28561410.2479135451368695
1.9-1.930.20931470.2362139711411898
1.93-1.970.27761440.22091424314387100
1.97-20.28641460.21571427114417100
2-2.040.24941480.21141421914367100
2.04-2.080.22051450.20661430914454100
2.08-2.130.27051490.17911432314472100
2.13-2.180.16841480.17281428014428100
2.18-2.230.17641470.17331422114368100
2.23-2.290.21151500.16971427614426100
2.29-2.360.2151460.17151432914475100
2.36-2.440.22251440.17361424314387100
2.44-2.520.17091520.17651428114433100
2.52-2.620.26621470.18231427714424100
2.62-2.740.20821460.18511426514411100
2.74-2.890.1791450.17861428514430100
2.89-3.070.24131450.18551427314418100
3.07-3.310.20291470.17551427814425100
3.31-3.640.16831470.15761430414451100
3.64-4.160.12711490.14231425614405100
4.16-5.250.14621450.12391426914414100
5.25-55.780.16021500.15271426714417100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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