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- PDB-3zt7: GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor with beta-cyclodextri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zt7
タイトルGlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor with beta-cyclodextrin and maltose bound
要素PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A
キーワードHYDROLASE / ALPHA-GLUCAN BIOSYNTHESIS / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 13_3
機能・相同性
機能・相同性情報


starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / hexosyltransferase activity / alpha-amylase activity / oligosaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / : / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / GLGE, C-terminal / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / : / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / GLGE, C-terminal / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / beta-cyclodextrin / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Rejzek, M. / Fairhurst, S.A. / Nair, A. / Bruton, C.J. / Field, R.A. / Chater, K.F. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of a Streptomyces Maltosyltransferase Glge: A Homologue of a Genetically Validated Anti-Tuberculosis Target.
著者: Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Rejzek, M. / Fairhurst, S.A. / Nair, A. / Bruton, C.J. / Field, R.A. / Chater, K.F. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.
履歴
登録2011年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22011年11月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A
B: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A
C: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A
D: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,24112
ポリマ－310,2594
非ポリマー5,9818
水6,648369
1
A: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A
B: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,1206
ポリマ－155,1302
非ポリマー2,9914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-25.5 kcal/mol
Surface area51660 Å2
手法PISA
2
C: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A
D: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,1206
ポリマ－155,1302
非ポリマー2,9914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-25.1 kcal/mol
Surface area51610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.270, 113.380, 315.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 15 - 663 / Label seq-ID: 35 - 683

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A / GLGE ISOFORM 1 / PEP1A / SCO5443 / 1-4-ALPHA-D-


分子量: 77564.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
株: M145 / プラスミド: PET15B-GLGE1-M145 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: Q9L1K2, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 多糖
Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細INCLUDES AN ADDITIONAL 20 RESIDUES AT THE N-TERMINUS FOR NICKEL AFFINITY PURIFICATION.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H,K,L10.553
11K,H,-L20.447
反射解像度: 2.5→71.42 Å / Num. obs: 140547 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -9 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0101精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZST

3zst


解像度: 2.5→55.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 9.738 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22117 6958 5 %RANDOM
Rwork0.19159 ---
obs0.19305 133513 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.93 Å20 Å20 Å2
2--30.01 Å20 Å2
3----10.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→55.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20354 0 400 369 21123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02121393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0214400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4471.96729340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.231334866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85352592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11322.525994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.394153062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.16115204
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.23310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02123694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.024466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A247920.04
12B247920.04
21A249340.03
22C249340.03
31A247320.03
32D247320.03
41B247570.04
42C247570.04
51B246440.03
52D246440.03
61C247180.03
62D247180.03
LS精密化 シェル解像度: 2.496→2.561 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 485 -
Rwork0.402 9209 -
obs--93.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5868-0.17860.4051.077-0.13943.78190.02850.14610.1012-0.0519-0.0349-0.049-0.13170.00950.00640.09040.02040.0120.05550.03760.0643-4.0731-11.44641.6206
23.1419-0.8855-1.80411.9451.48313.03690.00370.23050.0198-0.1602-0.02320.07080.0382-0.17220.01950.15330.0046-0.01120.03230.00710.1373-19.26010.113163.062
32.04530.2332-0.38140.03950.28513.2313-0.23210.09930.1118-0.053-0.01740.0216-0.47250.35010.24950.13630.03270.01140.0860.00960.0830.8195-9.07738.5207
40.9614-0.0268-0.04850.4197-0.04710.5939-0.01590.1301-0.0263-0.06540.01320.00380.01440.03550.00270.09290.00130.00560.24280.02130.07-2.963-24.10886.0742
51.74140.62950.65791.33550.38571.941-0.0351-0.14410.08510.263-0.01420.43880.0137-0.29670.04930.19860.01090.04120.31430.03470.1837-30.3158-27.128224.9457
60.9787-0.19480.38510.6105-0.32873.7582-0.04140.1782-0.0006-0.06060.03990.01070.03240.1470.00140.07160.0167-0.01070.1111-0.01760.100116.4766-32.164136.9472
70.3942-0.3619-0.48083.93740.63413.3065-0.03680.0315-0.01920.15970.018-0.04730.2787-0.10980.01880.2249-0.010.02330.2925-0.04740.224828.114-47.20416.0326
81.6001-0.3559-4.37761.3157-1.221616.91270.22740.17790.09810.0887-0.083-0.1754-0.86590.0126-0.14430.04940.0072-0.0130.1954-0.02280.091219.0817-27.315340.1912
90.3060.02880.08111.1418-0.04880.55040.02850.00560.010.1285-0.00630.02330.01250.038-0.02210.10640.0055-0.00820.003-0.00330.02224.1918-31.039772.7611
101.61591.18350.43472.249-0.00152.3166-0.02920.2161-0.2658-0.40610.06550.01860.44350.0227-0.03620.33450.0421-0.0420.0429-0.04450.15361.1707-58.328753.9442
110.7985-0.20970.26240.87230.33613.5811-0.02150.1605-0.0208-0.0250.0086-0.019-0.14140.04010.0130.07670.0322-0.01470.13320.03460.079650.4754-72.21543.3158
121.85110.1002-0.51921.90331.53382.68-0.09270.0991-0.0399-0.0206-0.13790.14560.0347-0.13930.23060.13010.0176-0.00620.0601-0.01410.098437.5227-62.028866.696
131.17850.1630.54241.14053.261316.01620.27880.11210.1312-0.09590.2842-0.0843-0.14610.7374-0.5630.0985-0.02070.02490.15120.04310.076655.186-69.745140.1106
140.9446-0.07250.04990.31730.0220.974-0.02780.1357-0.0354-0.07940.01430.0015-0.0306-0.02510.01350.0989-0.01630.00320.29130.01150.071149.1385-81.34296.5918
151.25891.0880.78631.63820.04441.6638-0.0213-0.0410.00520.1910.01610.22040.0497-0.14780.00520.2472-0.00290.0620.38150.02690.233422.5895-85.549225.9652
161.1889-0.15740.34330.4942-0.1943.73810.04360.13930.0614-0.0237-0.06620.04750.07610.14210.02260.11020.04350.00580.1706-0.02770.07369.9182-93.235235.6216
170.39150.6182-0.33243.18420.82421.588-0.00930.1022-0.12160.082-0.04840.09060.2057-0.00410.05760.30830.06860.01950.4039-0.04610.237779.7036-106.506212.4985
180.7728-0.19711.69751.6096-5.358119.2858-0.06970.11330.0344-0.01330.04340.007-0.04390.02520.02630.14660.08440.01350.16760.02760.00772.6679-88.739738.9625
190.4187-0.07670.04641.0775-0.16860.65890.00380.0666-0.02630.0822-0.02580.05560.05150.00760.0220.08490.00210.00560.0491-0.01050.021860.1845-94.532272.0776
200.3650.0850.10811.48260.32950.9286-0.04160.1495-0.2503-0.26920.03210.16340.3411-0.10110.00960.3513-0.0356-0.02440.1959-0.0670.258754.3759-120.178151.7525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3A193 - 205
4X-RAY DIFFRACTION4A206 - 573
5X-RAY DIFFRACTION5A574 - 663
6X-RAY DIFFRACTION6B15 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7B109 - 192
8X-RAY DIFFRACTION8B193 - 205
9X-RAY DIFFRACTION9B206 - 573
10X-RAY DIFFRACTION10B574 - 663
11X-RAY DIFFRACTION11C15 - 108
12X-RAY DIFFRACTION12C109 - 192
13X-RAY DIFFRACTION13C193 - 205
14X-RAY DIFFRACTION14C206 - 573
15X-RAY DIFFRACTION15C574 - 663
16X-RAY DIFFRACTION16D15 - 108
17X-RAY DIFFRACTION17D109 - 192
18X-RAY DIFFRACTION18D193 - 205
19X-RAY DIFFRACTION19D206 - 573
20X-RAY DIFFRACTION20D574 - 663

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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