PDB-7me2: YfeA oligomer crystal 2, form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7me2

タイトル

YfeA oligomer crystal 2, form 2

要素

Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

キーワード

METAL TRANSPORT / metal coordination

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to iron ion / iron ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Radka, C.D. / Aller, S.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Site 2 of the Yersinia pestis substrate-binding protein YfeA is a dynamic surface metal-binding site
著者: Radka, C.D. / Aller, S.G.

履歴

登録	2021年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7me2.cif.gz	246.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7me2.ent.gz	195.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7me2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7me2_validation.pdf.gz	5.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7me2_full_validation.pdf.gz	5.1 MB	表示
XML形式データ	7me2_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	7me2_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7me2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7me2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7me3C 5uxsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7me3-1 5dco-d 5uu8-d 1ux6-d 3g9i-d 3g8x-d 4bvn-d 3a8t-d 1ea4-2 6tdc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

B: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

ヘテロ分子

72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, crystallographic oligomer but monomer in solution
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.310, 76.430, 107.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA 分子量: 36048.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yfeA, YPO2439, y1897, YP_2227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56952
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.78 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 32% PEG 4000, 20 mM Bis-Tris propane, pH 6.3, 50 mM sodium chloride, 0.05%(w/v) sodium azide, 10 mM manganese chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.74 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.74 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50.51 Å / Num. obs: 89302 / % possible obs: 94.93 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.67
反射シェル	解像度: 1.85→1.916 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / Num. unique obs: 6433 / CC_1/2: 0.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UXS

5uxs

解像度: 1.85→50.51 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1839	3989	4.68 %
R_work	0.1523	81195	-
obs	0.1538	85184	93.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.82 Å² / B_iso mean: 25.359 Å² / B_iso min: 3.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→50.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4354	0	12	609	4975
B_iso mean	-	-	52.74	33.23	-
残基数	-	-	-	-	554

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.3554	71	0.3114	1942	2013	61
1.87-1.9	0.2876	102	0.2697	2157	2259	70
1.9-1.92	0.2756	128	0.2362	2470	2598	78
1.92-1.95	0.2671	143	0.2082	2826	2969	92
1.95-1.98	0.2712	162	0.1813	2868	3030	93
1.98-2	0.2491	138	0.1798	2958	3096	95
2-2.04	0.2344	96	0.1668	2944	3040	94
2.04-2.07	0.2128	165	0.1702	2910	3075	95
2.07-2.11	0.2208	124	0.1746	2941	3065	94
2.11-2.14	0.2155	124	0.1711	3009	3133	95
2.14-2.18	0.2052	152	0.175	2960	3112	95
2.18-2.23	0.2051	134	0.1597	2953	3087	95
2.23-2.28	0.1702	133	0.1491	3031	3164	96
2.28-2.33	0.1909	142	0.1389	2950	3092	96
2.33-2.39	0.1869	146	0.1409	3022	3168	96
2.39-2.45	0.1684	131	0.1535	3020	3151	97
2.45-2.53	0.1914	171	0.1492	2921	3092	96
2.53-2.61	0.1869	133	0.1473	3026	3159	96
2.61-2.7	0.1728	161	0.1494	3020	3181	97
2.7-2.81	0.1727	149	0.1504	3036	3185	97
2.81-2.94	0.1853	166	0.1551	2990	3156	98
2.94-3.09	0.2078	157	0.1516	3053	3210	98
3.09-3.28	0.1654	179	0.1438	3009	3188	98
3.29-3.54	0.1853	151	0.1339	3031	3182	98
3.54-3.89	0.1384	180	0.1312	3040	3220	98
3.89-4.46	0.1435	139	0.1215	3056	3195	98
4.46-5.61	0.1382	144	0.1274	3064	3208	98
5.62-50.51	0.1845	168	0.1595	2988	3156	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5928	-0.6823	-0.9706	2.6198	-0.8671	2.3679	0.1373	0.2219	-0.3279	-0.3172	-0.0267	0.2721	0.3572	-0.3287	-0.038	0.1438	-0.0222	-0.0438	0.1122	-0.029	0.1446	-13.633	5.907	-15.103
2	0.7889	0.1241	-0.0827	0.921	0.1254	1.0439	0.0262	0.041	-0.1174	-0.0151	0.0031	-0.0935	0.0942	0.0501	-0.0282	0.0856	0.009	-0.0061	0.0904	-0.0076	0.1196	-2.186	9.138	-8.147
3	2.0428	-1.1707	-1.0967	4.3931	3.3747	5.7656	0.1337	0.2352	-0.0042	-0.301	-0.3872	0.242	-0.5109	-0.4656	0.0776	0.1445	0.0388	-0.0306	0.1448	0.0141	0.1121	-16.533	21.305	-16.615
4	1.9462	-0.1159	-0.6322	2.3205	0.9338	2.5067	0.0804	-0.2874	0.1958	0.2049	0.0278	-0.155	-0.1854	0.1234	-0.0738	0.13	-0.0366	0.0201	0.1427	-0.0377	0.107	-4.543	25.287	10.414
5	1.1457	-0.2066	-0.2639	1.0939	0.3161	1.6574	-0.0303	-0.2108	-0.0016	0.2444	-0.0055	0.1778	-0.0594	-0.1645	0.0699	0.1237	0.0033	0.0308	0.1802	0.0057	0.1186	-16.579	20.854	9.968
6	3.4133	-1.157	-1.1919	3.1239	-1.0124	1.5163	0.1168	0.2405	-0.2266	-0.2973	-0.0395	0.2592	0.2572	-0.1704	-0.045	0.1325	-0.0234	-0.0184	0.091	-0.0265	0.1413	-13.416	45.796	-16.907
7	0.7442	-0.1219	0.2068	1.0516	0.1685	1.2742	-0.0397	0.0278	0.0057	-0.0421	0.0339	-0.1075	0.0697	0.1061	0.0076	0.0824	-0.008	0.0149	0.0868	0.0059	0.1214	-1.975	48.983	-9.868
8	1.886	-0.5195	-0.5126	2.8321	2.8407	6.3128	0.0278	-0.0278	0.1894	-0.1893	-0.0943	0.1314	-0.256	-0.325	0.0738	0.0922	0.0059	-0.0211	0.1232	0.0298	0.1547	-17.776	60.857	-14.787
9	1.8369	0.6469	-1.1107	2.3615	1.13	4.2254	-0.1739	-0.5633	0.3308	0.4943	0.1879	-0.2605	-0.1484	0.2026	0.0037	0.1745	0.0395	-0.0442	0.2262	-0.0844	0.1245	-4.915	59.743	12.184
10	1.1546	-0.8622	0.4838	1.7647	-0.0996	2.0262	-0.1004	-0.3525	-0.0296	0.3237	0.1512	0.1803	0.1057	-0.4387	0.0344	0.1226	-0.0077	0.0426	0.2438	0.0155	0.1408	-14.495	52.718	9.199

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 38:67 )	A	38 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 68:164 )	A	68 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 165:192 )	A	165 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 193:248 )	A	193 - 248
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 249:318 )	A	249 - 318
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 38:67 )	B	38 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 68:164 )	B	68 - 164
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 165:192 )	B	165 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 193:248 )	B	193 - 248
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 249:310 )	B	249 - 310

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関連情報:EMDBヘッダ

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