PDB-7me3: YfeA oligomer crystal 3, form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7me3

タイトル

YfeA oligomer crystal 3, form 2

要素

Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

キーワード

METAL TRANSPORT / metal coordination

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to iron ion / iron ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Radka, C.D. / Aller, S.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Site 2 of the Yersinia pestis substrate-binding protein YfeA is a dynamic surface metal-binding site
著者: Radka, C.D. / Aller, S.G.

履歴

登録	2021年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7me3.cif.gz	238.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7me3.ent.gz	189.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7me3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7me3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7me3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7me2C 5uxsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7me2-1 1ux6-d 6f65-d 4hr0-d 5dco-d 1ea4-2 5omj-d 5uu8-d 5omk-d 3g9i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

B: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, crystallographic oligomer but monomer in solution
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.090, 75.850, 106.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA 分子量: 36048.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yfeA, YPO2439, y1897, YP_2227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56952
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.58 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 32% PEG 4000, 20 mM Bis-Tris propane, pH 6.3, 50 mM sodium chloride, 0.05%(w/v) sodium azide, 10 mM manganese chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.283 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→45.5 Å / Num. obs: 52503 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.32 / Num. unique obs: 5090 / CC_1/2: 0.654

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UXS

5uxs

解像度: 2.25→45.45 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2178	2513	5.09 %
R_work	0.1663	46891	-
obs	0.1689	49404	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.45 Å² / B_iso mean: 22.3236 Å² / B_iso min: 1.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→45.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4354	0	8	299	4661
B_iso mean	-	-	12.41	25.99	-
残基数	-	-	-	-	554

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.25-2.29	0.2538	93	0.2231	2578	2671	96
2.29-2.34	0.2407	151	0.1953	2574	2725	100
2.34-2.39	0.2425	139	0.1826	2603	2742	100
2.39-2.45	0.2388	154	0.1854	2636	2790	100
2.45-2.51	0.2407	134	0.1847	2602	2736	100
2.51-2.58	0.2386	139	0.1777	2645	2784	100
2.58-2.65	0.2572	128	0.1837	2600	2728	99
2.65-2.74	0.2584	169	0.1908	2590	2759	98
2.74-2.83	0.2829	133	0.167	2594	2727	100
2.83-2.95	0.2032	155	0.1751	2608	2763	100
2.95-3.08	0.2311	158	0.1676	2611	2769	100
3.08-3.24	0.2206	137	0.1609	2624	2761	100
3.24-3.45	0.2092	128	0.1586	2606	2734	99
3.45-3.71	0.2067	166	0.1548	2620	2786	100
3.71-4.09	0.2209	127	0.1437	2621	2748	99
4.09-4.68	0.1903	154	0.1333	2595	2749	100
4.68-5.89	0.1846	110	0.1528	2641	2751	99
5.89-45.45	0.161	138	0.1659	2543	2681	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3671	-0.9065	-1.1578	4.009	-0.2438	3.2146	0.0836	0.2339	-0.3041	-0.3677	0.0994	0.4069	0.4206	-0.6585	0.0992	0.1272	-0.0299	-0.0475	0.0725	-0.0064	0.1065	-13.56	5.671	-14.995
2	1.0426	0.0965	-0.0058	1.0944	-0.0062	1.3445	0.0208	-0.0122	-0.072	-0.0213	0.0312	-0.1009	0.0944	0.0685	-0.0301	0.0428	0.0053	-0.011	0.0505	-0.0095	0.0927	-2.179	8.937	-8.064
3	2.0207	-1.342	-0.8324	3.8903	2.7966	4.9501	0.0316	0.1284	-0.0476	-0.3005	-0.2635	0.3195	-0.5845	-0.1458	0.0182	0.1018	0.0238	-0.0361	0.1078	0.0092	0.1106	-16.51	21.168	-16.411
4	1.3201	-0.292	-0.2505	2.1384	0.2032	2.2756	0.0411	-0.2864	0.1689	0.1285	0.0819	-0.1821	-0.1193	0.086	-0.0102	0.0843	-0.0185	-0.0056	0.1066	-0.0415	0.0706	-4.515	25.084	10.376
5	0.8674	-0.1114	-0.0221	2.2703	0.169	2.0837	-0.1453	-0.2285	-0.0553	0.5612	0.1568	0.4608	-0.1989	-0.095	0.1069	-0.0132	0.0208	0.0066	0.2231	0.0005	0.0704	-16.525	20.701	9.932
6	2.9457	-1.0761	-1.1135	3.4596	-0.4141	1.8053	-0.0561	0.2901	-0.237	-0.1839	-0.0063	0.3835	0.3574	-0.4414	-0.013	0.1169	-0.0288	-0.0081	0.0653	-0.0117	0.1147	-13.382	45.332	-16.842
7	0.9995	-0.3564	0.1501	1.0569	0.1896	1.4753	-0.0422	0.0002	-0.0299	-0.0097	0.022	-0.1079	0.1498	0.1102	0.0171	0.0514	-0.0088	0.0146	0.0546	0.0135	0.0873	-1.938	48.492	-9.852
8	1.6437	-0.4323	-0.318	2.6393	2.7758	5.8537	0.1075	-0.0713	0.1386	-0.1666	-0.1312	0.0376	-0.3428	-0.407	0.1484	0.0534	0.0063	-0.0108	0.1201	-0.001	0.116	-17.712	60.471	-14.699
9	1.3379	0.3827	-0.4263	2.1868	0.6042	3.6651	-0.1708	-0.5536	0.3335	0.4141	0.138	-0.2958	-0.2016	0.0964	-0.0321	0.173	0.0623	-0.0351	0.208	-0.0701	0.125	-4.919	59.267	12.256
10	1.4519	-0.1785	-0.3421	2.247	0.447	2.8737	-0.1334	-0.2527	0.0356	0.6494	0.048	0.0485	0.3823	-0.2739	0.0347	0.2062	0.0187	0.0246	0.2222	0.0026	0.1037	-10.856	51.493	16.688
11	2.2175	-0.1472	-0.3376	1.3984	0.2708	2.4726	0.0803	-0.7329	-0.1679	0.5269	-0.1336	0.5605	0.1313	-0.8737	0.1898	-0.1701	-0.0401	0.0366	0.1891	0.026	0.1117	-16.763	52.663	0.696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 38:67 )	A	38 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 68:164 )	A	68 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 165:192 )	A	165 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 193:248 )	A	193 - 248
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 249:318 )	A	249 - 318
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 38:67 )	B	38 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 68:164 )	B	68 - 164
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 165:192 )	B	165 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 193:248 )	B	193 - 248
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 249:279 )	B	249 - 279
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 280:310 )	B	280 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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