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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7me3 | ||||||
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Title | YfeA oligomer crystal 3, form 2 | ||||||
![]() | Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / metal coordination | ||||||
Function / homology | ![]() cellular response to iron ion / iron ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Radka, C.D. / Aller, S.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Site 2 of the Yersinia pestis substrate-binding protein YfeA is a dynamic surface metal-binding site Authors: Radka, C.D. / Aller, S.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 238.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 189.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7me2C ![]() 5uxsS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36048.809 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.88 Å3/Da / Density % sol: 34.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion Details: 32% PEG 4000, 20 mM Bis-Tris propane, pH 6.3, 50 mM sodium chloride, 0.05%(w/v) sodium azide, 10 mM manganese chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Aug 24, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.283 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→45.5 Å / Num. obs: 52503 / % possible obs: 99.54 % / Redundancy: 2 % / CC1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 7.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.32 / Num. unique obs: 5090 / CC1/2: 0.654 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5UXS Resolution: 2.25→45.45 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.45 Å2 / Biso mean: 22.3236 Å2 / Biso min: 1.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→45.45 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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