+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7me2 | ||||||
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Title | YfeA oligomer crystal 2, form 2 | ||||||
Components | Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / metal coordination | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to iron ion / iron ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Yersinia pestis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Radka, C.D. / Aller, S.G. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2021 Title: Site 2 of the Yersinia pestis substrate-binding protein YfeA is a dynamic surface metal-binding site Authors: Radka, C.D. / Aller, S.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7me2.cif.gz | 246.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7me2.ent.gz | 195.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7me2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7me2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7me2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7me3C 5uxsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36048.809 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis (bacteria) / Gene: yfeA, YPO2439, y1897, YP_2227 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q56952 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion Details: 32% PEG 4000, 20 mM Bis-Tris propane, pH 6.3, 50 mM sodium chloride, 0.05%(w/v) sodium azide, 10 mM manganese chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1.74 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Aug 24, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.74 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50.51 Å / Num. obs: 89302 / % possible obs: 94.93 % / Redundancy: 2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.67 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.916 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / Num. unique obs: 6433 / CC1/2: 0.92 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5UXS Resolution: 1.85→50.51 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.82 Å2 / Biso mean: 25.359 Å2 / Biso min: 3.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→50.51 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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