PDB-7mcm: Crystal Structure of Enoyl-CoA hydratase from Mycolicibacterium s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mcm

タイトル

Crystal Structure of Enoyl-CoA hydratase from Mycolicibacterium smegmatis

要素

Enoyl-CoA hydratase

キーワード

LYASE / SSGCID / MSMEG_3390 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Enoyl-CoA hydratase from Mycolicibacterium smegmatis
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mcm.cif.gz	216.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mcm.ent.gz	142.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mcm_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mcm_full_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示
XML形式データ	7mcm_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	7mcm_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mcm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3qmjS 4jcsS 4kd6S 4mi2S 6l3oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pe8-1 6rud-d 5xzd-d 3qyr-1 6paa-2 6v29-2 6ruf-d 1jja-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MysmA.00358.n

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase

B: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-CoA hydratase

B: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase

B: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase

B: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
165 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.130, 104.130, 83.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 3 through 50 or resid 52...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 3 through 50 or resid 52...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	THR	ILE	A	1 - 48
d_1	2	ens_1	VAL	ALA	A	50 - 107
d_1	3	ens_1	SER	PRO	A	109 - 132
d_1	4	ens_1	ALA	GLY	A	134 - 136
d_1	5	ens_1	ALA	ASN	A	138 - 162
d_1	6	ens_1	VAL	GLU	A	164 - 198
d_1	7	ens_1	THR	GLN	A	201 - 215
d_2	1	ens_1	THR	ILE	C	2 - 49
d_2	2	ens_1	VAL	ALA	C	51 - 108
d_2	3	ens_1	SER	PRO	C	110 - 133
d_2	4	ens_1	ALA	GLY	C	135 - 137
d_2	5	ens_1	ALA	ASN	C	139 - 163
d_2	6	ens_1	VAL	GLU	C	165 - 199
d_2	7	ens_1	THR	GLN	C	202 - 216

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.855036581672, 0.517960936195, -0.0250781294816), (0.517934539195, -0.855382439705, -0.00804331723991), (-0.0256175157069, -0.00611149895884, -0.999653136077) ...

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase 分子量: 27519.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_3390 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QXQ8, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen, condition B8: 200mM magnesium chloride, 100mM Tris / HCl pH 7.0, 10% (w/v) PEG 8000: MysmA.00358.n.a1.PS00566 at 8.7mg/ml: tray 319818 B8: cryo: 20% EG: puck ACC1-3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月4日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 32467 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.819 % / B_iso Wilson estimate: 40.877 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 0.9 / Net I/σ(I): 21.54

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.1	8.839	0.633	4.03	2379	0.933	0.672	100
2.1-2.16	8.836	0.488	5.22	2351	0.963	0.518	100
2.16-2.22	8.84	0.435	5.78	2250	0.974	0.461	100
2.22-2.29	8.875	0.308	8.05	2189	0.985	0.327	100
2.29-2.37	8.805	0.263	8.94	2148	0.99	0.279	100
2.37-2.45	8.858	0.217	10.86	2048	0.99	0.231	100
2.45-2.54	8.819	0.175	12.96	2007	0.994	0.186	100
2.54-2.65	8.831	0.151	14.48	1913	0.995	0.161	100
2.65-2.76	8.812	0.111	18.37	1852	0.997	0.118	100
2.76-2.9	8.827	0.082	23.29	1775	0.998	0.088	100
2.9-3.06	8.794	0.072	26.81	1671	0.998	0.077	100
3.06-3.24	8.861	0.06	32.01	1579	0.998	0.063	100
3.24-3.47	8.826	0.048	37.96	1499	0.999	0.051	100
3.47-3.74	8.822	0.043	42.18	1390	0.999	0.046	100
3.74-4.1	8.877	0.039	45.56	1273	0.999	0.042	100
4.1-4.58	8.806	0.038	49.13	1176	0.999	0.041	100
4.58-5.29	8.779	0.034	49.62	1022	0.999	0.037	100
5.29-6.48	8.812	0.033	48.73	878	0.999	0.035	99.9
6.48-9.17	8.661	0.033	52.57	681	0.999	0.036	100
9.17-50	8.083	0.033	53.12	386	0.999	0.035	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19 4175	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MR-rosetta based on top5 models from HHPRED: 4jcs, 4kd6, 6l3o, 3qmj, 4mi2

解像度: 2.05→39.7 Å / SU ML: 0.1899 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.218
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	1904	5.87 %	0
R_work	0.1661	30538	-	-
obs	0.1681	32442	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3129	0	4	253	3386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8733	4446
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0582	530
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.1375	1149

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.47518560528 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.1	0.23	122	0.1907	2176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.16	0.18	147	0.1718	2165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.22	0.2279	111	0.1992	2211	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.22-2.29	0.2339	140	0.1741	2140	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.29-2.38	0.2548	114	0.194	2213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.47	0.2367	147	0.1869	2163	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.47-2.58	0.2657	141	0.1992	2145	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.58-2.72	0.24	146	0.1943	2177	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.72-2.89	0.2341	140	0.1943	2173	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.11	0.2707	126	0.1866	2191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.43	0.2175	133	0.1841	2184	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.92	0.1873	150	0.1485	2170	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.94	0.1431	159	0.1278	2188	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.94-39.7	0.1667	128	0.1503	2242	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.246225973754	-0.892310246038	-0.149071340699	3.19845228004	-0.0886415089522	3.10718104455	-0.31181671481	-0.294398403136	-0.693866527308	0.516501014962	0.343572902468	1.90832506659	0.382962098073	-0.437913474359	-0.0126638583309	0.284397505671	0.0109655915161	0.113635134319	0.417056105808	0.0196841224633	0.830502971942	21.0961074809	26.0696438668	40.0513548181
2	3.86885141114	0.468569160699	1.55066289837	6.95203579154	-1.03797039605	4.70008606071	0.0636781014661	-0.0413417839319	-0.63876591429	-0.175486402159	-0.0937095129984	1.32836882956	0.333972205911	-0.299024033339	-0.0102815375223	0.197765048939	0.026133963786	0.0694005026141	0.315935150707	-0.0446065110737	0.632952682407	26.0512134368	20.4634821403	36.3518788093
3	4.23438113288	-1.892220378	-0.951373628327	4.45353820121	0.725190948757	0.532532668861	-0.158825357822	-0.256556404552	-0.148795441851	0.274504186098	0.0947884400414	0.317663569812	0.150755033678	-0.0977855822096	0.0800744483891	0.266191600358	0.00700766388863	0.0401938336055	0.233127125281	0.0333825111551	0.223673271771	40.6730688072	20.115707915	40.1633884132
4	1.58160141349	0.958000771246	-1.02136638624	4.18914445599	-4.55733569901	6.41919550333	0.0110525859849	-0.635183672661	-0.116122792755	1.61543357183	0.286583633997	1.1470664637	-0.319996334496	-0.188188749279	-0.418345962323	0.50234321962	0.0777681643183	0.184396078066	0.485985780025	-0.046810850046	0.560435345157	29.4375855376	32.6121967856	49.655514929
5	3.07708038719	0.0162810756505	-0.0882378327339	9.0861285428	-1.71302780779	5.21121097763	0.218863749008	0.0143196792302	0.0941988579075	-1.04099575644	0.109096498462	-0.00408383220394	0.0260878191823	0.376702462094	-0.126073395976	0.283260365718	0.0307426297247	-0.0244750255499	0.244236638927	-0.0612903227779	0.217127223363	36.2247021417	38.4012632978	31.8621304213
6	9.94396183163	5.3167659538	3.78416225185	7.53313423041	-0.79689745845	8.8576407531	0.114238603296	0.326769993185	0.493794219476	-0.36939719587	0.0490174292456	0.0154606901869	-0.776869032629	0.319350024014	-0.126749180052	0.381877559576	0.02893807731	0.0196442466637	0.351698262118	-0.0114062568316	0.198371906462	44.190096596	43.5371488644	24.0452456243
7	6.11730003989	-2.70724997808	0.474817832921	4.43044089896	0.492792950773	5.15008885018	-0.0991489611184	-0.0189262417382	-1.06864719896	-0.588214063951	0.392989894725	1.74439386834	0.264109149155	-0.721356874848	-0.273667863704	0.295977950633	-0.105905705593	-0.0607945300355	0.420555505439	0.103075474385	0.631126402946	22.8707716129	17.9406852479	2.01594595257
8	4.68397576574	-1.74243712663	-0.0656737756263	5.13424645048	-1.62941975168	5.68712081351	-0.140431806295	-0.0995899612697	-0.237862683905	0.227563714256	0.21073001488	0.774452715958	0.0222617440884	-0.522872338282	-0.0921512065151	0.220809016638	-0.0429543249507	0.0338368595185	0.259367254121	0.0247273565642	0.389280766397	24.805427689	22.7007204019	6.86706284648
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11	2.07010826453	1.20230180046	0.0603103770203	6.18411596152	2.28364905171	4.48291814217	-0.0568873076011	0.119916342166	-0.0101823296942	-0.105980181991	0.0270050368002	-0.166541472348	0.19342857904	0.0531750869829	0.0200620822377	0.200914230836	0.0522326772238	0.00994438427657	0.253687091702	0.0202318389302	0.241934750507	42.2867062398	34.6509830485	-2.01393688108
12	9.20066142714	-6.95352390761	5.0834258082	9.23104414299	-5.99009755681	4.05509664946	0.442384254075	0.645186717521	-0.472135448543	-1.41112569609	-0.210360430193	0.870573154529	0.705355865254	-0.327134968947	-0.269598846753	0.443316610918	-0.00283272058105	-0.108751945108	0.354783396867	-0.139280107097	0.408217204893	33.6074530179	16.1305139229	-8.31544218275
13	2.36514520298	3.38031196397	2.18823348182	5.86342833252	2.04887109773	7.26270270624	-0.128471346968	-0.303482935004	-0.132366213776	0.472642331814	0.387714896576	0.134109959172	-0.469406747719	0.15206155882	-0.132128161274	0.39510139852	0.058418343213	0.0132684741764	0.290337224479	-0.0300563767164	0.296755614468	42.5808791812	13.768774258	9.45948945566
14	9.63938803294	-4.20748787898	-0.259376537472	7.10233548008	0.614526769625	2.18107049674	-0.126767666921	-0.233880421245	-0.348970088748	0.430171002593	0.222467041709	0.141776413306	0.429180423419	-0.213923818389	-0.0542069198733	0.401090937298	-0.0272991207556	0.0251382593407	0.365223395964	-0.0175073908372	0.166982664761	51.3569297623	14.513210119	17.0336683308

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 19 )	A	A	3 - 19	1 - 17
2	2	chain 'A' and (resid 20 through 91 )	A	A	20 - 91	18 - 66
3	3	chain 'A' and (resid 92 through 191 )	A	A	92 - 191	67 - 166
4	4	chain 'A' and (resid 192 through 207 )	A	A	192 - 207	167 - 182
5	5	chain 'A' and (resid 208 through 226 )	A	A	208 - 226	183 - 201
6	6	chain 'A' and (resid 227 through 240 )	A	A	227 - 240	202 - 215
7	7	chain 'B' and (resid 2 through 19 )	B	C	2 - 19	1 - 18
8	8	chain 'B' and (resid 20 through 57 )	B	C	20 - 57	19 - 56
9	9	chain 'B' and (resid 58 through 91 )	B	C	58 - 91	57 - 67
10	10	chain 'B' and (resid 92 through 151 )	B	C	92 - 151	68 - 127
11	11	chain 'B' and (resid 152 through 191 )	B	C	152 - 191	128 - 167
12	12	chain 'B' and (resid 192 through 207 )	B	C	192 - 207	168 - 183
13	13	chain 'B' and (resid 208 through 225 )	B	C	208 - 225	184 - 201
14	14	chain 'B' and (resid 226 through 241 )	B	C	226 - 241	202 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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