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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mcm
タイトルCrystal Structure of Enoyl-CoA hydratase from Mycolicibacterium smegmatis
要素Enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / SSGCID / MSMEG_3390 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Enoyl-CoA hydratase from Mycolicibacterium smegmatis
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1003
ポリマ-55,0382
非ポリマー621
4,558253
1
A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,3019
ポリマ-165,1156
非ポリマー1863
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.130, 104.130, 83.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 50 or resid 52...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 50 or resid 52...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRILEA1 - 48
d_12ens_1VALALAA50 - 107
d_13ens_1SERPROA109 - 132
d_14ens_1ALAGLYA134 - 136
d_15ens_1ALAASNA138 - 162
d_16ens_1VALGLUA164 - 198
d_17ens_1THRGLNA201 - 215
d_21ens_1THRILEC2 - 49
d_22ens_1VALALAC51 - 108
d_23ens_1SERPROC110 - 133
d_24ens_1ALAGLYC135 - 137
d_25ens_1ALAASNC139 - 163
d_26ens_1VALGLUC165 - 199
d_27ens_1THRGLNC202 - 216

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.855036581672, 0.517960936195, -0.0250781294816), (0.517934539195, -0.855382439705, -0.00804331723991), (-0.0256175157069, -0.00611149895884, -0.999653136077) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.855036581672, 0.517960936195, -0.0250781294816), (0.517934539195, -0.855382439705, -0.00804331723991), (-0.0256175157069, -0.00611149895884, -0.999653136077)
ベクター: -7.10230318511, 29.0264976905, 42.5405741751)

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase


分子量: 27519.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_3390 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QXQ8, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen, condition B8: 200mM magnesium chloride, 100mM Tris / HCl pH 7.0, 10% (w/v) PEG 8000: MysmA.00358.n.a1.PS00566 at 8.7mg/ml: tray 319818 B8: cryo: 20% EG: puck ACC1-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月4日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 32467 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.819 % / Biso Wilson estimate: 40.877 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 21.54
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.18.8390.6334.0323790.9330.672100
2.1-2.168.8360.4885.2223510.9630.518100
2.16-2.228.840.4355.7822500.9740.461100
2.22-2.298.8750.3088.0521890.9850.327100
2.29-2.378.8050.2638.9421480.990.279100
2.37-2.458.8580.21710.8620480.990.231100
2.45-2.548.8190.17512.9620070.9940.186100
2.54-2.658.8310.15114.4819130.9950.161100
2.65-2.768.8120.11118.3718520.9970.118100
2.76-2.98.8270.08223.2917750.9980.088100
2.9-3.068.7940.07226.8116710.9980.077100
3.06-3.248.8610.0632.0115790.9980.063100
3.24-3.478.8260.04837.9614990.9990.051100
3.47-3.748.8220.04342.1813900.9990.046100
3.74-4.18.8770.03945.5612730.9990.042100
4.1-4.588.8060.03849.1311760.9990.041100
4.58-5.298.7790.03449.6210220.9990.037100
5.29-6.488.8120.03348.738780.9990.03599.9
6.48-9.178.6610.03352.576810.9990.036100
9.17-508.0830.03353.123860.9990.03597.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19 4175精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MR-rosetta based on top5 models from HHPRED: 4jcs, 4kd6, 6l3o, 3qmj, 4mi2
解像度: 2.05→39.7 Å / SU ML: 0.1899 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.218
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1904 5.87 %0
Rwork0.1661 30538 --
obs0.1681 32442 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3129 0 4 253 3386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87334446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.13751149
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.47518560528 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10.231220.19072176X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.160.181470.17182165X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.220.22791110.19922211X-RAY DIFFRACTION99.91
2.22-2.290.23391400.17412140X-RAY DIFFRACTION99.91
2.29-2.380.25481140.1942213X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.470.23671470.18692163X-RAY DIFFRACTION99.96
2.47-2.580.26571410.19922145X-RAY DIFFRACTION99.91
2.58-2.720.241460.19432177X-RAY DIFFRACTION99.96
2.72-2.890.23411400.19432173X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.110.27071260.18662191X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.430.21751330.18412184X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.920.18731500.14852170X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.940.14311590.12782188X-RAY DIFFRACTION99.96
4.94-39.70.16671280.15032242X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.246225973754-0.892310246038-0.1490713406993.19845228004-0.08864150895223.10718104455-0.31181671481-0.294398403136-0.6938665273080.5165010149620.3435729024681.908325066590.382962098073-0.437913474359-0.01266385833090.2843975056710.01096559151610.1136351343190.4170561058080.01968412246330.83050297194221.096107480926.069643866840.0513548181
23.868851411140.4685691606991.550662898376.95203579154-1.037970396054.700086060710.0636781014661-0.0413417839319-0.63876591429-0.175486402159-0.09370951299841.328368829560.333972205911-0.299024033339-0.01028153752230.1977650489390.0261339637860.06940050261410.315935150707-0.04460651107370.63295268240726.051213436820.463482140336.3518788093
34.23438113288-1.892220378-0.9513736283274.453538201210.7251909487570.532532668861-0.158825357822-0.256556404552-0.1487954418510.2745041860980.09478844004140.3176635698120.150755033678-0.09778558220960.08007444838910.2661916003580.007007663888630.04019383360550.2331271252810.03338251115510.22367327177140.673068807220.11570791540.1633884132
41.581601413490.958000771246-1.021366386244.18914445599-4.557335699016.419195503330.0110525859849-0.635183672661-0.1161227927551.615433571830.2865836339971.1470664637-0.319996334496-0.188188749279-0.4183459623230.502343219620.07776816431830.1843960780660.485985780025-0.0468108500460.56043534515729.437585537632.612196785649.655514929
53.077080387190.0162810756505-0.08823783273399.0861285428-1.713027807795.211210977630.2188637490080.01431967923020.0941988579075-1.040995756440.109096498462-0.004083832203940.02608781918230.376702462094-0.1260733959760.2832603657180.0307426297247-0.02447502554990.244236638927-0.06129032277790.21712722336336.224702141738.401263297831.8621304213
69.943961831635.31676595383.784162251857.53313423041-0.796897458458.85764075310.1142386032960.3267699931850.493794219476-0.369397195870.04901742924560.0154606901869-0.7768690326290.319350024014-0.1267491800520.3818775595760.028938077310.01964424666370.351698262118-0.01140625683160.19837190646244.19009659643.537148864424.0452456243
76.11730003989-2.707249978080.4748178329214.430440898960.4927929507735.15008885018-0.0991489611184-0.0189262417382-1.06864719896-0.5882140639510.3929898947251.744393868340.264109149155-0.721356874848-0.2736678637040.295977950633-0.105905705593-0.06079453003550.4205555054390.1030754743850.63112640294622.870771612917.94068524792.01594595257
84.68397576574-1.74243712663-0.06567377562635.13424645048-1.629419751685.68712081351-0.140431806295-0.0995899612697-0.2378626839050.2275637142560.210730014880.7744527159580.0222617440884-0.522872338282-0.09215120651510.220809016638-0.04295432495070.03383685951850.2593672541210.02472735656420.38928076639724.80542768922.70072040196.86706284648
93.6429624640.8211341351433.595310951617.07974294082.982118055984.526981504690.0960483786317-0.2063415690430.886692932537-0.332907921326-0.1573922170620.566764956129-1.12204915551-1.210364348090.2231730387870.3643844657830.0558589545734-0.04684805078710.425255171160.03148866693390.4931001321724.939555204733.4545299743-0.773930617251
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112.070108264531.202301800460.06031037702036.184115961522.283649051714.48291814217-0.05688730760110.119916342166-0.0101823296942-0.1059801819910.0270050368002-0.1665414723480.193428579040.05317508698290.02006208223770.2009142308360.05223267722380.009944384276570.2536870917020.02023183893020.24193475050742.286706239834.6509830485-2.01393688108
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149.63938803294-4.20748787898-0.2593765374727.102335480080.6145267696252.18107049674-0.126767666921-0.233880421245-0.3489700887480.4301710025930.2224670417090.1417764133060.429180423419-0.213923818389-0.05420691987330.401090937298-0.02729912075560.02513825934070.365223395964-0.01750739083720.16698266476151.356929762314.51321011917.0336683308
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 19 )AA3 - 191 - 17
22chain 'A' and (resid 20 through 91 )AA20 - 9118 - 66
33chain 'A' and (resid 92 through 191 )AA92 - 19167 - 166
44chain 'A' and (resid 192 through 207 )AA192 - 207167 - 182
55chain 'A' and (resid 208 through 226 )AA208 - 226183 - 201
66chain 'A' and (resid 227 through 240 )AA227 - 240202 - 215
77chain 'B' and (resid 2 through 19 )BC2 - 191 - 18
88chain 'B' and (resid 20 through 57 )BC20 - 5719 - 56
99chain 'B' and (resid 58 through 91 )BC58 - 9157 - 67
1010chain 'B' and (resid 92 through 151 )BC92 - 15168 - 127
1111chain 'B' and (resid 152 through 191 )BC152 - 191128 - 167
1212chain 'B' and (resid 192 through 207 )BC192 - 207168 - 183
1313chain 'B' and (resid 208 through 225 )BC208 - 225184 - 201
1414chain 'B' and (resid 226 through 241 )BC226 - 241202 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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