PDB-7m92: Crystal structure of unknown function protein protein B9J08_00005...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m92

タイトル

Crystal structure of unknown function protein protein B9J08_000055 Candida auris

要素

Homoserine dehydrogenase

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

homoserine dehydrogenase / homoserine dehydrogenase activity / homoserine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida auris (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of unknown function protein protein B9J08_000055 Candida auris
著者: Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2021年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m92.cif.gz	285.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m92.ent.gz	232.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m92.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7m92_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m92_full_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示
XML形式データ	7m92_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	7m92_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/7m92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/7m92	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q7gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ebu-2 1ebu-1 1q7g-d 1ebf-d 1tve-d 2xw1-2 1x1t-1 4jk4-2 2nwq-d 6oz7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP98370

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Homoserine dehydrogenase

B: Homoserine dehydrogenase

77.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.263, 111.925, 124.207
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Homoserine dehydrogenase / HDH 分子量: 38634.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida auris (菌類) / 遺伝子: B9J08_000055 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H1A6V9, homoserine dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Sodium Citrate pH5.0 , 30% Jeffamine ED-2001 pH7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9789 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9789 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 30716 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 27.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.107 / Χ²: 0.908 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 187954

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.35-2.39	4.6	1	1369	0.658	0.5	1.122	0.849	89.9
2.39-2.43	5.3	0.877	1442	0.735	0.411	0.971	0.855	94.6
2.43-2.48	5.7	0.84	1498	0.795	0.379	0.924	0.881	98
2.48-2.53	6	0.859	1521	0.802	0.38	0.941	0.864	99.9
2.53-2.59	6.3	0.74	1514	0.865	0.321	0.808	0.875	99.9
2.59-2.65	6.3	0.676	1522	0.871	0.291	0.738	0.889	99.9
2.65-2.71	6.3	0.511	1517	0.924	0.22	0.557	0.912	99.9
2.71-2.79	6.3	0.422	1543	0.947	0.181	0.46	0.923	99.9
2.79-2.87	6.3	0.315	1536	0.963	0.136	0.344	0.924	99.9
2.87-2.96	6.2	0.252	1509	0.975	0.109	0.275	0.945	99.6
2.96-3.07	5.7	0.205	1558	0.981	0.093	0.226	1.005	99.9
3.07-3.19	6.1	0.171	1523	0.984	0.075	0.187	1.03	99.9
3.19-3.33	6.7	0.135	1543	0.99	0.056	0.146	0.934	99.9
3.33-3.51	6.6	0.108	1558	0.993	0.045	0.117	0.971	99.9
3.51-3.73	6.6	0.093	1569	0.991	0.039	0.101	0.961	100
3.73-4.02	6.5	0.084	1549	0.993	0.035	0.091	0.908	99.9
4.02-4.42	6.1	0.079	1542	0.99	0.035	0.087	0.955	99.7
4.42-5.06	6.2	0.072	1586	0.99	0.031	0.078	0.836	99.8
5.06-6.37	6.5	0.069	1606	0.993	0.029	0.075	0.711	100
6.37-50	5.8	0.083	1711	0.988	0.037	0.091	0.919	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SBC-Collect		データ収集
PHENIX	1.19_4092	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1q7g

1q7g

解像度: 2.35→48.17 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2471	1328	5.02 %
R_work	0.1988	25123	-
obs	0.2013	26451	85.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.11 Å² / B_iso mean: 39.4614 Å² / B_iso min: 10.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→48.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5434	0	0	252	5686
B_iso mean	-	-	-	31.75	-
残基数	-	-	-	-	716

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.35-2.45	0.2561	72	0.232	1252	1324	39
2.45-2.56	0.3102	105	0.239	2003	2108	62
2.56-2.69	0.3373	133	0.2463	2480	2613	77
2.69-2.86	0.2785	176	0.2479	2884	3060	90
2.86-3.08	0.2966	187	0.242	3187	3374	99
3.08-3.39	0.3314	155	0.2375	3246	3401	100
3.39-3.89	0.2365	161	0.1863	3296	3457	100
3.89-4.89	0.1988	169	0.1571	3297	3466	100
4.9-48.17	0.1881	170	0.1675	3478	3648	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4895	-0.1289	0.1242	2.4302	-1.0713	1.1872	-0.0646	0.231	-0.2684	-0.0872	0.2312	-0.3049	0.8748	0.5782	0.1007	0.5127	0.2495	0.0727	0.215	-0.0107	0.2129	17.5387	32.4802	85.5288
2	1.2841	-0.1437	0.058	1.1813	-0.0426	0.9282	-0.141	-0.0633	-0.166	0.537	0.0595	0.2888	0.6347	-0.1416	-0.0191	0.4327	0.046	0.13	0.1339	0.044	0.1851	4.2667	38.9336	88.6165
3	2.4803	0.0912	-0.715	1.1747	1.3331	2.3097	0.045	0.0654	-0.3432	-0.5234	0.0539	0.236	0.4552	-0.2436	-0.0109	0.247	-0.0524	-0.011	0.2027	0.0396	0.1958	-4.4333	45.2751	59.0363
4	0.9358	0.3009	0.1751	1.0838	0.3208	2.2559	-0.0549	0.0857	0.0336	-0.0697	0.018	0.346	0.149	-0.3401	0.0063	0.1364	-0.0231	0.0338	0.1852	0.0295	0.2809	-6.5265	50.4632	72.1621
5	1.4498	0.1814	0.6576	0.7946	0.1172	2.6133	0.0397	-0.0822	0.0924	0.1935	-0.0182	0.0495	-0.3772	0.0088	-0.0246	0.1914	0.0218	0.0665	0.1073	-0.0063	0.1507	16.4375	66.637	101.8449
6	2.2199	0.6139	-0.2662	2.5259	-0.1517	1.9504	0.025	0.5397	0.6397	-0.1875	-0.014	0.2764	-0.5756	0.0113	0.0265	0.2832	0.0084	0.0334	0.3454	0.1484	0.3465	15.4189	77.2083	72.1719
7	1.1688	0.5175	-0.1868	1.1399	0.3161	1.9437	-0.0458	0.2268	0.1007	-0.0836	0.0335	0.0656	-0.0545	-0.2351	-0.0335	0.0887	0.0343	0.0283	0.1858	0.0006	0.2012	9.0512	61.8643	80.7112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 51 )	A	2 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 172 )	A	52 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 173 through 215 )	A	173 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 216 through 359 )	A	216 - 359
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 150 )	B	2 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 151 through 304 )	B	151 - 304
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 305 through 359 )	B	305 - 359

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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