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- PDB-7m8w: XFEL crystal structure of the prostaglandin D2 receptor CRTH2 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m8w
タイトルXFEL crystal structure of the prostaglandin D2 receptor CRTH2 in complex with 15R-methyl-PGD2
要素Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / prostaglandin D2 receptor / CRTH2 / 15R-methyl-PGD2 / G protein-coupled receptor / GPCR / Endolysin fusion / LCP
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin J receptor activity / prostaglandin D receptor activity / prostaglandin F receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of male germ cell proliferation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide binding / neuropeptide signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway ...prostaglandin J receptor activity / prostaglandin D receptor activity / prostaglandin F receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of male germ cell proliferation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide binding / neuropeptide signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / chemotaxis / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / G alpha (i) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / neuron projection / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Formyl peptide receptor-related / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Formyl peptide receptor-related / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / 15R-methyl-prostaglandin D2 / Endolysin / Prostaglandin D2 receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Shiriaeva, A. / Han, G.W. / Cherezov, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for lipid recognition by the prostaglandin D 2 receptor CRTH2.
著者: Liu, H. / Deepak, R.N.V.K. / Shiriaeva, A. / Gati, C. / Batyuk, A. / Hu, H. / Weierstall, U. / Liu, W. / Wang, L. / Cherezov, V. / Fan, H. / Zhang, C.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2889
ポリマ－52,2291
非ポリマー1,0598
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.400, 67.800, 265.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera


分子量: 52228.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: PTGDR2, CRTH2, DL1R, GPR44, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y5Y4, UniProt: D9IEF7

-
非ポリマー , 5種, 20分子

#2: 化合物 ChemComp-YSS / 15R-methyl-prostaglandin D2 / (5Z,13E,15R,16E)-9alpha,15-dihydroxy-15-methyl-11-oxo-12alpha-prosta-5,13,16-trien-1-oic acid / (15R)-15-メチル-PGD2


分子量: 366.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 20358

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.22 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: sodium chloride, lithium sulphate, sodium citrate tribasic dihydrate, PEG 300, propylene glycol P400, PGD2

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.33 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月4日 / Frequency: 120
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.33 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→32.43 Å / Num. obs: 29269 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 61.8 % / CC star: 0.99 / R split: 0.264 / Net I/σ(I): 2.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 12462 / CC star: 0.512 / R split: 5.14 / % possible all: 90.6
Serial crystallography measurementCollection time total: 2 hours / Collimation: KB mirrors / Focal spot size: 2 µm2 / Pulse duration: 35 fsec. / Pulse energy: 0.1 µJ / Pulse photon energy: 9.5 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: LCP / 解説: LCP injector / Flow rate: 0.44 µL/min / Injector diameter: 50 µm / Injector temperature: 293 K / Jet diameter: 50 µm / Power by: HPLC pump
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 20358 / Frames total: 850000

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D27

6d27


解像度: 2.61→32.43 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 781 4.99 %
Rwork0.2291 14861 -
obs0.2311 15642 53.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.54 Å2 / Biso mean: 52.3671 Å2 / Biso min: 10.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.61→32.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3417 0 65 12 3494
Biso mean--68.02 38.22 -
残基数----437
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.61-2.770.4058270.3293854129
2.77-2.980.3855380.320565669415
2.98-3.280.2846600.2851274133428
3.28-3.760.29181540.26113021317565
3.76-4.730.2652450.207446594904100
4.73-32.430.24892570.223948665123100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99510.3968-0.27811.1180.31450.2731-0.29880.7457-0.1656-1.33230.50460.59140.3432-0.01730.01460.77130.039-0.11430.72960.14120.5198-7.22-57.0611531.3694
22.3665-0.00240.90191.3469-0.442.8493-0.18560.03440.1083-0.03920.0860.0027-0.0401-0.1793-0.07520.07370.1420.0586-0.02710.07790.1838-1.8174-55.2577560.471
32.6415-0.3103-0.64751.99351.09242.3411-0.2472-0.2398-0.02410.36970.5209-0.55160.50730.78060.00850.42790.1452-0.12310.4541-0.13010.42699.1162-48.084597.9843
41.99990.18531.59161.8119-0.81992.2363-0.1445-0.0281-0.1024-0.10820.09610.26930.6089-0.4409-0.05550.2414-0.0969-0.07760.0610.13860.2866-10.966-61.662561.9317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 32 )A3 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 903 )A33 - 1241
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 904 through 244 )A904 - 244
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 245 through 330 )A245 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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